在股权转让过程中，如果转让股权方为自然人股东个人所得税由谁来缴纳？如何缴纳？缴纳过程中应注意哪些问题？下面我们来仔细分析一下：
一.股权转让个人所得税的纳税主体
根据国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告【2014年第67号】（以下简称67号文件）第五条 规定：个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
二.股权转让个人所得税的纳税时间
根据67号文件第六条规定：扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关。被投资企业应当详细记录股东持有本企业股权的相关成本，如实向税务机关提供与股权转让有关的信息，协助税务机关依法执行公务。
67号文第二十条规定： 具有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：（一）受让方已支付或部分支付股权转让价款的；（二）股权转让协议已签订生效的；（三）受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的；（四）国家有关部门判决、登记或公告生效的；（五）本办法第三条第四至第七项行为已完成的；（六）税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。
三.股权转让个人所得税纳税地点
根据国家税务总局公告2014年第67号第十九条规定：个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。
四.股权转让个人所得税纳税金额如何确定？
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，对于自然人股东取得股权转让所得，应按“财产转让所得”项目征收个人所得税，适用税率为20%.财产转让所得以个人每次转让财产取得的收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。即具体计税公式为：应纳税所得额=财产转让收入-财产原值-转让中发生的合理费用；应缴个人所得税=应纳税所得额×20%。
1.个人转让股权的原值如何确认？
根据67号文件第十五条规定
（一）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；（二）以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；（三）通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；（四）被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；（五）除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
需要注意的是，在计算缴纳的税款时，必须提供有关合法凭证，“纳税义务人未提供完整、准确的财产原值凭证，不能正确计算财产原值的，由主管税务机关核定其财产原值。”（《个人所得税法实施条例》第十九条）
2.个人转让股权的合理费用如何确认？
合理费用，是指转让股权时按照规定支付的有关费用包含支付的相关税费。
例如：王先生取得A公司股权时支付人民币100万元，现与刘先生签订股权转让协议，要将其所持有的A公司股权作价人民币200万元转让给刘先生。现行税法规定，对于股权转让时所订立的股权转让协议属产权转移书据，立据双方还应按协议价格（所载金额）的万分之五缴纳印花税。则该股权转让应缴交印花税2000000×0.0005＝1000（元），应缴交个人所得税=（2000000－1000000－1000）×20%＝199800（元）（假设转让过程中未支付其他费用）
五.股权转让个人所得税纳税监管
根据67号文件规定，对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额等其他方法核定股权转让收入。
67号文件第十四条规定： 主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入
（一）净资产核定法 股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
（二）类比法
1.参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定；
2.参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。
（三）其他合理方法
主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。
综上所述：自然人股东发生转让股权情形时应严格按照《个人所得税法及实施条例》以及67号文件的要求，由受让方到主管税务机关履行代扣代缴个人所得税义务，被投资企业协助税务机关依法执行公务，纳税人不得拒绝缴纳，以保证国家税收完整入库。
财税专家简介：
邸晓欣，女，会计师，河北长河税务师事务所有限公司项目经理，毕业于河北财经学院会计专业，从事税务代理、税务筹划、税务咨询工作二十余年，曾为多家大中型企业、上市公司提供财务、税收、管理咨询、税务筹划服务，担任多家大中型企业财税顾问。