Linux下生物信息学软件的选择

引入

生信分析，第一步最重要的是了解自己用的是什么系统（64 or 32 or Linux 版本），该用什么软件。

1）软件选择

网上的教程很多，注意安装最新版本的软件，查看最新版本，并注意修改安装命令。

2）软件各版本区别（可能遇到的情况）：

1.binary是编译好的二进制文件，可以直接使用，
2.source是还没编译过的源代码，需要自行编译。
3.rpm包在红帽LINUX、SUSE、Fedora可以直接进行安装，但在Ubuntu中却无法识别；
4.dpkg包，如software-1.2.3-1.deb。是Ubuntu的专利，在Ubuntu中双击deb包就可以进入自动安装进程；当然还有直接标注的，如 Ubuntu Linux 64 bit architecture。
5.tar包，如software-1.2.3-1.tar.gz。它是使用UNIX系统的打包工具tar打包的。

3）系统的识别

查看系统是64还是32位：

uname –m

i386：即32位版本
i686 只是i386的一个子集，i686为32位
x86: 一般意义上的32位Intel处理器
x86_64：即64位版本

4）java版本

java区别.jpg

生信软件安装，时常依赖java，java安装不对，影响软件运行。

JDK：java development kit （java开发工具）

JRE：java runtime environment （java运行时环境）

引申出JVM
JVM：java virtuak machine （java虚拟机）

5）参考来源（如果侵权请联系我）

https://blog.csdn.net/iamlaosong/article/details/50114993
https://www.cnblogs.com/jyginger/archive/2010/07/25/1784599.html
https://blog.csdn.net/heimao0307/article/details/79790081
https://blog.csdn.net/singit/article/details/62040688