conda与bioconda解决生信软件安装困扰

简介

conda原本是为了解决Python模块安装的依赖问题，然而可能是无心栽柳柳成荫，conda目前已经超越了其最初目的而存在，可以解决大多数软件的安装和配置，包括各种本身与python毫无关系的包，也就涵盖了，我们大多数的生物信息学软件。而为此conda的软件源有多种，其中专门收录了生物信息学软件的软件源，亦即bioconda。所以bioconda仅仅是conda的软件源之一，与bioconductor之于CRAN，bioperl之于CPAN是类似的。所以掌握bioconda，事实上也就是掌握conda，反之亦然。

安装

conda

可以安装Anaconda，也可以安装miniconda，具体如果没有root权限，建议安装后者，安装过程类似，简单，

wget "https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh"
# 安装程序
sudo sh Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh
# 添加以下环境变量
sudo vim /etc/bashrc
export PATH=/tools/anaconda3/bin:$PATH

安装完了conda，剩下的其实就只配置bioconda（其实就只是添加软件源）

如果root身份运行则添加到全局，如果是用户身份运行则会修改用户主目录下的.condarc文件，与bashrc, bashprofile等类似

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

以上，无论是conda默认的软件源还是bioconda软件源都是国外的，速度非常慢，
所以需要增加国内软件源，同时bioconda已经有清华，中科大两个国内镜像，也添加进去

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --set show_channel_urls yes
# 在广州应该使用中科大的bioconda源（清华的源可能远水救不了近火...） - 20181222
 conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
# 查看目前conda软件源情况
conda info

使用

使用conda/bioconda的过程其实也就是使用conda进行软件的安装和配置过程
主要的使用方法有两种：

直接配置到默认环境（适合root用户安装）

对于root，，有时候其他用户需要一些软件，安装起来还是比较麻烦的，此时直接使用conda安装，可能会非常方便，举例，安装bw
conda install bwa
如此，bwa的安装就完成了，可以直接在所有客户的默认环境中使用，

在当前环境下直接使用conda进行软件的安装，事实上就与yum apt-get dnf类似，安装软件，同时将软件配置到当前环境变量，对于anoconda而言，可能是 PATH/anaconda3/bin/bwa, 其中，在安装anoconda的时候，PATH/anoconda/bin已经被添到环境变量中 - 如果没有，请自行添加

模拟虚拟环境（适合所有用户，有root和没有root都有OK）

对于非root用户而言，如果直接运行conda install bwa，那么可能会受到写入权限的限制，此时可以使用conda最灵活的操作，模拟虚拟环境（注意不是创建），

# 创建环境
conda create -n bioinfoSpace
# 加载环境--事实上，就是将这个环境中安装了的软件路径添加到$PATH中
source activate  bioinfoSpace
# 安装各种自己需要的软件，以供使用 --- 注意，此时已经在模拟的虚拟环境中
conda install bwa bowtie
#  此时可以使用这些软件了
#  使用结束，可以退出环境，---conda也就是将这些软件的路径从$PATH变量中删去
source deactivate

此外，对于模拟虚拟环境的这种使用方法上，其实还有一种非常常见的应用场景，
亦即，服务器上安装的是pythono3 而此时我们需要使用以下python2.7 ,却不想调整系统配置，如何处理

conda create-n py2 python=2.7
activate py2
# 使用完毕之后，退出
source  deactivate

如果需要特定版本的软件，比如samtools，怎么办？
conda install samtools=0.1.19
以上，在生物信息软件中conda的安装和使用，应该都非常清楚了，
详细的使用方法，可以参考conda 的 conda cheat sheet

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