电影一开始，主角说：“醒来的时候，不知道自己为什么哭，时常会有的事情，做过的梦总是回想不起，只是一种有什么消失的丧失感……”
千年后即将再度回归的彗星造访地球前一个月，住在深山小镇的高中女生三叶，每天都过着忧郁的生活。
正处在一个事事在意别人眼光的年龄，她的烦恼不仅来自于自家正在竞选的镇长爸爸，还有她祖上经营的神社。
每一次祭祀时，她和妹妹四叶都要盛装舞蹈以后当着大家的面制作口嚼酒。她实在是很向往东京的生活，宁愿做一个男生也再所不惜。
谁料醒来以后真的变成了一个男生，她开始代替这个叫泷的男生过起忙碌的东京生活。而泷一觉醒来，也发现自己不一样了。
但是每一次再互换回身体以后，他们都不会记得彼此的名字。
为了便于大家在互换以后也能融入到彼此的现实生活，他们通过手机编辑日记来交流，而这两颗年轻的心开始越来越靠拢。
泷跟打工餐厅的前辈约完会，一个人寂寞的走在人行天桥上，看着手机上三叶的手机号码。
跟前辈之间的一切进展还是三叶促成的呢，可这次约会，他没有一点喜悦之情。
他明白自己有可能喜欢上三叶了，终于鼓起勇气拨通电话，却一直没有联系上她。
三叶还在手机上留下当晚有彗星的消息，而当天却并没有，泷感到莫名奇妙。
从此以后他们也再也没有互换过身体。
泷实在是放不下也忘不了，凭着一些记忆开始不断修改自己的画稿，直到完整画出了他记忆中的那个小镇。
他收拾好画稿之后就踏上了寻找之路。担心他的前辈和他的好朋友司也陪同他一起上了火车，但是他却并不知道这一次的目的地在哪？
最后，耗尽心力还是没有找到。
不料，在一家拉面馆被店主认出画中的地方叫“糸（mi四声）守”，而这个小镇在三年前被彗星分裂后落下的陨石击中，整个小镇都沉入画稿中的那个高山湖泊之中了。
前辈和司帮助泷找到了许多当时的资料，他迫不及待的想知道到底是怎么回事！
而泷也在死难者名单上发现了三叶两个好朋友敕使、早赖香的名字，旁边就是宫水三叶的名字。
这，到底是不是一场梦啊？
泷慢慢回忆起，三年前在电车上，被一个女孩搭讪，而他并不认识她。
快下车时他叫住了她，想问她的名字，却没有听清楚，女孩只抛给了他一条头绳，三年来他一直戴在手腕上。
彗星造访地球当天，三叶确实去了东京找泷，但是他们之间隔着三年，那时候的泷还不认识三叶。
三叶以为之前的一切都是梦，回来以后剪短了头发，和小伙伴们穿上和服，一起去参加秋年祭。而陨石击中的地方正是大家聚集的神社。
泷想起某一次交换身体以后，外婆带着三叶和妹妹，去了祭拜神的地方。
外婆给她们讲过“结灵”的故事，它连接着人和人，也连接着时间。
那天，她们将口嚼酒留在那了就是举行连接神与人之间的仪式，外婆说那是三叶的“半身”留在那了。
泷赶紧去找祭拜的地方，当那块岩石出现在他眼前时，他明白了一切都不是梦。
他喝下三叶做的口嚼酒，通过手腕上三叶的头绳，得到了“结灵”的力量，得以穿越时空，并见证了三叶从出生到死亡的过程。
当他再次醒来时，他又和三叶互换了身体。
他知道彗星即将毁灭小镇，迫不及待开始和三叶的两个好朋友试图扭转这一切。但是，没有人相信他，连三叶的爸爸都觉得他是神经病。
泷决定去把三叶找回来，让她去告诉自己的父亲即将到来的灾难，终于，在黄昏时刻，他们在高山之崖相遇了。
激动的两个人，终于见了面，互相告白。当他们准备在彼此手上写下自己的名字并永远铭记时，泷刚写完，三叶就消失了，他们俩的时空，分离了。
三叶还记得有一场灾难正在逼近，她飞快去找父亲。在奔跑过程中，她开始记不起泷的名字，而她手心，只有“我喜欢你”四个字。
泷也以自己的身体回到了现实世界，而他更记不起她的名字来。
失去有关三叶记忆的他，觉得自己进行了一场莫名其妙的旅行，转而回到了东京。
自那次旅行之后，泷一直对陨石事故有关的信息很注意，他查了许多资料，无非都是事故当天，小镇居民正好在举行避难演习，所有人都聚集在镇高中的操场，无一人遇难，他不知道自己究竟在寻找什么，也许就是一种在寻找某个人的感觉。
在便利店喝着咖啡的他，听到旁边一对快乐的男女在讨论婚礼，女生叫那个男生为“敕使”，泷不禁望过去，看着他们走出便利店，门外正下着密集的大雪。
泷走在雪地里，经过一座天桥，一名打伞的女生与他擦肩而过，走不远后却侧身停下，伞下只露出一节头绳。
冬天很快过去，又到了樱花盛开的季节。
泷已经是一名上班族，每天乘电车上下班。
飞快交错的对面电车上，一张女孩的脸吸引了他，那女孩也在紧紧盯着他。
两人都飞快下车，好像在寻找什么。
泷走到一个台阶下面，一抬头，在台阶上头正好站着一个女孩。
两人对视一眼，泷低头上台阶。
待他上来以后，他鼓起勇气朝已经走到台阶脚下的女孩喊了一声：
“我好像在哪里见过你！”
女孩望向他说：“我也有这种感觉！”
两人都脱口而出：
“你的名字是……”
“你的名字是……”
小刀叨逼叨：
世间所有的相遇都是久别重逢。
现实生活中，我们不可能像三叶和泷那样逆转时间，改变未来。
我们也无法确认是否还有平行世界？！
是否有那么一个人，他（她）只存在在你的梦境里呢？
于千万人之中遇见你所遇见的人,于千万年之中,时间的无涯的荒野里,没有早一步,也没有晚一步,刚巧赶上了……
你会怎么开口呢？
