shell遍历目录下的所有文件(包括文件名有空格的情况)+gz解压脚本

遍历目录下的所有文件，并将文件解压到对应的文件夹里。

1 遍历文件

#!/bin/bash
function getdir(){
    for element in `ls $1`
    do  
        dir_or_file=$1"/"$element
        if [ -d $dir_or_file ]
        then 
            rename 's/ /_/g' $dir_or_file/*
            getdir $dir_or_file
        else
            echo $dir_or_file
        fi  
    done
}
root_dir="/home/zhanghan/huangle/fugi/fungi_download"
getdir $root_dir

2遍历文件+解压脚本

#!/bin/bash
function getdir(){
    for element in `ls $1`
    do  
        dir_or_file=$1"/"$element
        if [ -d $dir_or_file ]
        then 
            rename 's/ /_/g' $dir_or_file/* #将该路径下带有空格的文件名全都换成下划线
            getdir $dir_or_file#递归
        else
            #echo $dir_or_file
            for key1 in ${arr[@]}; 
            do
            #key1="CDS"
            new_path=~/huangle/fugi/$key1
            if [ ! -d $new_path ];then #没有key1文件夹，创建该文件夹
            mkdir "$new_path"
            fi
            result=$(echo $element | grep "${key1}")#判断element 是否包含 key1
            if [[ "$result" != "" ]]
            then
            echo $element
            gunzip -c $dir_or_file > ~/huangle/fugi/$key1/$element.txt #解压该路径下的所有.gz文件
            fi
            done
            

        fi  
    done
}
arr=("CDS" "KEGG" "GO" "IPR" "KOG" "SigP" "gff3" "genes" "proteins" "AssemblyScaffolds_Repeatmasked")
root_dir="/home/zhanghan/huangle/fugi/fungi_download"
getdir $root_dir