学习小组Day3笔记--徐沫沫

滴滴滴~~~第三天打卡 (￣︶￣)

今天的主要内容是学会在linux环境下安装软件

准备工作

• 检查有没有bzip2软件
  输入bzip2，查看有无此软件，没有的话安装一个。

软件管理Miniconda

相当于App store

• 下载

1. 浏览器搜索“miniconda”网站，复制python3.6对应的版本下载链接；
2. 代码输入 wget 和链接，回车下载：
   wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3. 下载完成后安装： bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ，按提示操作，有需要的地方输入yes；
4. 激活conda：source ~/.bashrc
5. 测试是否安装成功：输入conda会出现参数等信息，说明成功；

• 添加国内镜像
  复制粘贴输入以下代码
  conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  conda config --set show_channel_urls yes
• 使用conda

1. 查看当前所有软件列表，命令： conda list
2. 搜索软件命令： conda search 软件名
   例fastqc ： conda search fastqc
3. 安装软件，命令： conda install fastqc -y
   参数 -y 是自动安装
   可安装指定版本，默认安装最新版本
4. 卸载软件，命令： conda remove fastqc -y

• conda环境

1. 查看当前conda有哪些环境，命令：conda info --envs
   前面带*的就是默认的

   
   
   

   image.png

2. 新建立conda环境，然后指定python版本是3：
   conda create -n rna-seq python=3

3. 激活新的conda环境：
   source activate rna-seq
   这时默认的*就会转移到rna-seq前面，用户名root前面出现了(rna-seq)；

4. 安装软件fastqc、trimmomatic，可以和建立环境一起进行：
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

5. 卸载某环境中的软件
   conda remove -n rna-seq fastqc -y

6. 卸载环境（全部卸载）
   conda remove -n rna-seq --all

7. 退出当前环境
   source deactivate
   注意啦：卸载环境的时候，需要先退出当前环境！

明天见~~~~