做生物信息,个人感觉R与python都挺重要的,个人更加喜欢python,因为其除了R的功能以外还可以做很多事情,可以成为一个全技jian工程师,当然公认的python的画图还是没有R强大。做python的科学计算,不得不提到大名鼎鼎的跨平台管理工具conda了,其有许多优势,再也不要看
pip
缺少什么依赖环境了,同时可以在任意版本的python中进行切换以及构建环境,非常好用。
管理环境
对于conda,你可以创建,输出,列出,移出和升级环境,可以切换你的不同版本的包环境。假如希望看到所有的命令文档,你可以使用--help
进行查看,例如,了解conda环境命令:
conda env --help
简单的参数文档可以在commnand reference documentation进行查阅。
创建环境
为了管理环境,我们需要创建至少两个环境来进行移动切换他们,为了创建新的环境,使用conda create命令,如下:
conda create --name snowflakes biopython
其将会创建一个名为/envs/snowflakes
的新环境,包括biopython项目,这个环境使用的python版本为现在所使用的版本,因为你没有特别的指定版本。
改变环境(activate/deactivate)
激活
Linux,OS X: source activate snowflakes
Windows: activate snowflakes
conda 添加path名(snowflakes)在你的系统命令中
TIP:环境默认安装在conda目录,你也可以特别的指定其它目录,具体查看create --help
来获取更多描述
失活
Linux, OS X: source deactivate
**Windows: ** deactivate
conda将移出路径(snowflakes)于你的系统命令
创建独立的环境
你可以创建新的环境采用不同的python版本,安装不同的包等等,例如:
conda create --name bunnies python=3 astroid babel
列出所有的环境
可以通过info信息来列出所有环境内容:
conda info --envs
你可以列出所有的环境参数:
conda environments:
snowflakes /home/username/miniconda/envs/snowflakes
bunnies /home/username/miniconda/envs/bunnies
验证当前环境
conda info --envs
conda 将列出所有环境,当前环境会高亮且带有'*'的特征符
克隆环境
conda create --name flowers --clone snowflakes
删除环境
conda remove --name flowers --all
设置国内镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
设置了清华大学镜像源,速度肯定嗖嗖的。
但是清华大学的镜像包还是不够给力,我们可以增加bioconda隧道,这样就不用在官网龟速安装了~
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
执行完上述命令后,会生成~/.condarc(Linux/Mac)
或C:\Users\USER_NAME\.condarc
文件,记录着我们对conda的配置,直接手动创建、编辑该文件是相同的效果。
参考资料:
Conda-Anaconda的虚拟环境和包管理功能
Anaconda使用总结
简单例子
创建一个python2.7环境
激活环境并下载wxpython
activate wxpython
pip install expython
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