DTminer:疾病与基因关系的文献挖掘工具

生物医学研究人员如果想要知道基因与疾病间的关系，往往需要查阅大量的文献，耗时耗力。那生物医学文献的自动挖掘，基因与疾病关系的自动提取就成为一种需要。

一、DTminer简介

这里，我介绍给大家一个网页工具DTminer。2016年，这个工具在『Bioinformatics』杂志上发表。

惯例，先给出文章
DTMiner: identification of potential disease targets through biomedical literature mining
网址：https://gdr-web.rwebox.com/public_html/index.php

该网页工具有上海交大的研究人员开发，主页如下：

主页

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二、DTminer中的信息来源

1. Gene library

基因信息主要来自于NCBI中的gene数据库、HGNC、Uniprot数据库

2. Disease term library

Disease Ontology、MedDRA、UMLS、IDDB

3. Biomedical literature database

MEDLINE 、the U.S. National Library of Medicine journal citation database

4. Annotated data

Genetic Association Databases、MEDLINE

5. Ground truth

DisGeNET

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二、DTminer使用

1. 查找疾病相关基因(以lung cancer为例)

点击『Disease Search』或者『Disease Syn』，输入『lung cancer』，点击submit后，出现所有与lung cancer有关的词[Figure 1-1]。

Figure 1-1

此处我选择第一个词，出现Figure 1-2

Figure 1-2

在Figure 1-2中，我尝试点击『Evidence』下的"-->"，进入参考文献界面，如下图所示，

Figure 1-3

在Figure 1-2中，我尝试点击『Gene Name』下的"epidermal growth factor receptor"，进入基因相关疾病界面，如下图所示，

Figure 1-4

2. 查找基因相关疾病(以tp53为例)

点击『Gene Search』或者『Gene Syn』，输入『tp53』，点击submit后，出现所有与tp53有关的词[Figure 2-1]。

Figure 2-1

同样的，这里我选择第一个词，进入如下界面：

Figure 2-2

大家观察一下就可以发现Figure 2-2与Figure 1-4是相似的，这里我就不再多介绍了。

三、DTminer可能使用场景

(1)刚研究某个疾病，需要全面了解一下与该疾病相关的一些基因；
(2)实验或者数据库中挖掘出一个感兴趣的基因，想知道该基因是否与某个疾病相关；
。。。。。。

四、小任务

我想知道哪些基因与糖尿病性高血压有关~~~

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