- Psychology 心理学
the 8th dwarf
English心理学
psychology心理学mind心理,心灵,精神soul灵魂behavior行为psychologist心理学家philosophy哲学philosopher哲学家Empiricism经验主义Positivism实证主义biology生物学evolution进化genetics遗传学physiology生理学endocrine内分泌physics物理学psychophysics心理物理学Prin
- 跟着Nature Genetics 学画图:R语言ggplot2一次性画好多个饼状图
小明的数据分析笔记本
今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b,很多个饼状图放到一起image.png最基本的想法就是单独画好多个饼状图,然后通过拼图实现,但是因为之前重复
- 阅读笔记4:Metabolic co-dependence of the oocyte and cumulus cells: essential role in determining oocyte
盲人骑瞎马5555
生殖医学笔记
Metabolicco-dependenceoftheoocyteandcumuluscells:essentialroleindeterminingoocytedevelopmentalcompetence作者:DulamaRichani,KylieRDunning,JeremyGThompson,RobertBGilchrist发表期刊:HumanReproductionUpdate发表时间:
- Nature Genetics | 全蛋白质组关联研究(PWAS)发现阿尔茨海默症发病新机制
ee00dc6faab7
编者按全球有3500万人深受阿尔茨海默症(AD)的困扰,但目前尚无临床有效的治疗手段。为了促进AD治疗手段的发展,研究者进行了大量的遗传学研究。已有研究者通过GWAS鉴定出许多阿尔茨海默症风险基因,但这些风险基因是如何导致阿尔茨海默症的尚不十分清楚。全蛋白质组关联研究(Proteome-WideAssociationStudy,PWAS)通过蛋白质的功能变化将基因和表型联系起来,是一种新型的以蛋白
- 跟着Nature Genetics学画图:R语言ggplot2画折线图并添加误差线
小明的数据分析笔记本
折线图添加误差线是非常常用的一种可视化方法,今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2作图的代码。模仿的是论文Phaseddiploidgenomeassembliesandpan-genomesprovideinsightsintothegenetichistoryofappledomestication中的Figure3中的d图image.png第一步是准备数据image.png数据保存为c
- 跟着Nature Genetics学作图:R语言ggplot2散点图及多图共享图例
小明的数据分析笔记本
论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
- 跟着Nature Genetics学作图:R语言ggplot2散点图突出强调其中某些点
小明的数据分析笔记本
论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
- 跟着Nature Genetics学作图:R语言ggplot2普通箱线图/分组箱线图/分面箱线图
小明的数据分析笔记本
论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
- 比特币越来越流行
闯哥带你看大势
新技术采用人群1斯德哥尔摩的岛上人民仍然在努力的赚取叶子,他们觉得,叶子是真正的财富,是唯一的依靠,是合法的货币,它比黄金还要金贵,比钻石还要坚挺,只是他们不知道,恶汉已经不在乎他们手里的那些叶子了。http://www.8btc.com/bitcoin-stockholm-syndrome?from=timeline&isappinstalled=02比特币的一涨一跌让你欢喜让你愁,买定离手才是
- 重复一篇文献的GWAS(二):用GEMMA跑GWAS
TOP生物信息
上一篇写的是:重复一篇文献的GWAS(一):基因型数据整理这一篇主要讲GWAS的核心流程和画图。软件使用参考:使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)https://www.jianshu.com/p/d31404620c9bgithubhttps://github.com/genetics-statistics/GEMMAhttps://github.com/genetics-st
- 跟着Nature Genetics学画图:R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值
小明的数据分析笔记本
看论文Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajunceaimage.png本地pdf文件s41588-021-00922-y.pdf今天的推文试着模仿一下论文中的Figure2dimage.png好多有关群体遗传的论文里都有这个图,每一个点是群体内的多样性用pi来衡量,连线表示群体之间的分化程度用
- 【ONE·English || 翻译作业 Development: Mendel‘s Legacy to Genetics】
藏鹤虞渊
#【ONE·学习】学习
总言 作业:没有严格按照语句结构进行翻译,有不规范之处。下述目录中每一小节是按照原文段落划分。 相关链接:pubmed中查阅的链接,提供了两处文章平台。 文章目录总言part11.11.21.3part2:Entwicklunganddevelopment2.12.22.32.42.52.6part3:Development—aworldview3.13.23.43.5part4:Men
- 跟着Nature Genetics学画图:R语言ggbio包画基因结构图
小明的数据分析笔记本
论文是Pan-genomeanalysishighlightstheextentofgenomicvariationincultivatedandwildriceimage.png今天重复的图是来自于论文中的figure3bimage.png下半部分表示SNP的内容如何做暂时没有思路,今天的代码先介绍一些山半部分的基因结构,后面想到了实现办法再来记录画上半部分的基因结构用到了ggbio这个包,这个
- 使用MAKER进行注释: 学习MAKER的配置参数
xuzhougeng
MAKER配置文件详解本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_control_files_explainedMAKER会生成三个配置文件,如下maker_opts.ctl:控制MAKER分析行为的主要配置文件maker_bopts.ctl:BLAST和Exnerate的过滤阈值maker_exe.
- Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱
木舟笔记
PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet(2021).https://doi.org/10.1038/s41576-021-0
- [医学资讯]最新DNA工具可准确预测身高、教育程度及严重疾病风险
陈数羊
2018年10月4日,密歇根州立大学在《遗传学》(Genetics)上发布文章“NewDNAtoolpredictsheight,showspromiseforseriousillnessassessment”,介绍其研究小组开发出的一款DNA工具。该工具可通过分析基因构成准确预测人们的身高、骨密度及教育程度等,可以用于评估人们患心脏病和癌症等严重疾病的风险。AnewDNAtoolcreatedb
- Metablolic Software Product Management Intern 面经
Ezio Tong
面试面试产品运营
文章目录MetablolicSoftwareProductManagement面经概况InterviewerInterviewQ&AConclusionMetablolicSoftwareProductManagement面经概况Metabolic领英主页MetabolicPosition:SoftwareProductManagementBase:AmsterdamSemptember2023,
- Increased accuracy of artificial selection by using the realized relationship matrix
虾里巴人
文章来源:https://www.cambridge.org/core/journals/genetics-research/article/increased-accuracy-of-artificial-selection-by-using-the-realized-relationship-matrix/52CE559816ADC28084C9B68EA82E28AE通过使用已实现的关系矩阵
- Nature Genetics|东亚肺腺癌的基因组全景
概普生信
今天跟大家分享的是二月份发表在NatureGenetics(IF:25.455)杂志上的一篇文章GenomiclandscapeoflungadenocarcinomainEastAsians。作者对东亚人群的肺腺癌的基因图谱进行了系统地描述和分析,并和欧洲人群的肺腺癌基因组特征进行比较,为更好理解肺腺癌种族差异的全貌并探索其起源进化规律提供理论指导。Genomiclandscapeoflunga
- Phantom limb syndrome
此锅非本锅
Phantomlimbsyndromeiscausedbyamisalignmentbetweenourinternalbodyimageandthephysicalbody.Johnwasanaspiringathleteuntilhelostoneofhisarmsinacaraccident.But,thoughhisarmwasgone,Johncontinuedtofeelasthoug
- 跟着Nature Genetics 学画图:R语言ggplot2散点图展示PCA结果
小明的数据分析笔记本
论文是Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的,代码也公开了一部分,那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来学习一些论文中Fig1c的画图代码,如下image.png数据对应的是论文中的sou
- Nature Genetics发布最大规模生菜全基因组重测序研究
尐尐呅
深圳华大生命科学研究院、深圳国家基因库在四年前启动了生菜重测序计划,与荷兰遗传资源中心合作,对该中心保有的2500多份生菜及野生育种材料展开种质数字化。项目团队对一期的445份重测序数据进行了分析,4月12日,研究成果以“Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedl
- 资源帖:Population genetics and genomics in R
OmicsAcademy
PopulationgeneticsandgenomicsinRhttps://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/index.html
- 跟着Nature Genetics学画图:R语言ggplot2画曼哈顿图展示XP-CLR score
小明的数据分析笔记本
今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure3a,,曼哈顿图展示的是XP-CLRscore,这个分支具体是什么含义还得仔细学习,群体基因组类的论文通常都有这个数据
- Manthan, Codefest 16 C. Spy Syndrome 2(dp、trie|哈希)
TaoSama
动态规划字符串-Triedptrie
题意:给定一个长度为N≤104的加密句子,加密方式为将句子每个单词翻转,并移除空格,句子字母全为小写现给定M≤105个单词wi,大小写均有,|wi|≤103且∑wi≤106现用这些单词解密句子,每个
- Nature genetics|病毒与癌症
概普生信
今天跟大家分享的是三月份发表在naturegenetics杂志(IF:25.455)上的一篇文章Thelandscapeofviralassociationsinhumancancers,文章主要讲的是对38种癌型的肿瘤样本进行全基因组和转录组的分析,研究了癌症样本与其中潜在的病毒病原体的关系。并具体的分析了几种病毒在癌症中的特征。Thelandscapeofviralassociationsin
- newick 树文件转换为matrix矩阵
了尘兰若
newick格式说明:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.htmlnewick转换为两两对象间的距离矩阵:http://www.trex.uqam.ca/index.php?action=matrixToNewick&project=trex
- Nature Reviews Genetics:3D基因组组织工程
生信start_site
今天是在NYU搬砖的最后一天了~下周一就要去MSKCC报道了。心里还是有一些些小惆怅的~但是文献的学习还是不能停下的,不然到新的实验室会闹笑话~这篇笔记记录的是一篇发表在NatureReviewsGenetics上的综述(影响因子41)。发表时间是今年的2月8号。文章题目:Engineering3Dgenomeorganization目前关于3D基因组组织的解释和研究越来越多。3D基因组与基因表达
- 跟着Nature Genetics学二代测序数据分析:使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组
小明的数据分析笔记本
论文是Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的,代码也公开了一部分,那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来试着使用NOVOplasty这个软件来组装生菜的叶绿体基因组论文的方法部分写道Tor
- ProtTrans-Glutar: 整合来自Pre-trained Transformer-Based Models的特征用于预测谷氨酰化位点【Frontiers in Genetics,2022】
@ZyuanZhang
论文学习论文学习
研究背景:氨基酸的PTM(post-translationalmodification)能够改变蛋白的功能,其中赖氨酸谷氨酰化修饰(lysineglutarylation)指的是谷氨酰基团连接到赖氨酸残基上,这种修饰可以通过免疫印迹和质谱分析等生化方法进行鉴定。赖氨酸谷氨酰化修饰可能是衰老和细胞压力的一种分子标记,谷氨酰化修饰的紊乱与一些代谢疾病(比如I型戊二酸血症、糖尿病、癌症等)相关。用蛋白组
- js动画html标签(持续更新中)
843977358
htmljs动画mediaopacity
1.jQuery 效果 - animate() 方法 改变 "div" 元素的高度: $(".btn1").click(function(){ $("#box").animate({height:"300px
- springMVC学习笔记
caoyong
springMVC
1、搭建开发环境
a>、添加jar文件,在ioc所需jar包的基础上添加spring-web.jar,spring-webmvc.jar
b>、在web.xml中配置前端控制器
<servlet>
&nbs
- POI中设置Excel单元格格式
107x
poistyle列宽合并单元格自动换行
引用:http://apps.hi.baidu.com/share/detail/17249059
POI中可能会用到一些需要设置EXCEL单元格格式的操作小结:
先获取工作薄对象:
HSSFWorkbook wb = new HSSFWorkbook();
HSSFSheet sheet = wb.createSheet();
HSSFCellStyle setBorder = wb.
- jquery 获取A href 触发js方法的this参数 无效的情况
一炮送你回车库
jquery
html如下:
<td class=\"bord-r-n bord-l-n c-333\">
<a class=\"table-icon edit\" onclick=\"editTrValues(this);\">修改</a>
</td>"
j
- md5
3213213333332132
MD5
import java.security.MessageDigest;
import java.security.NoSuchAlgorithmException;
public class MDFive {
public static void main(String[] args) {
String md5Str = "cq
- 完全卸载干净Oracle11g
sophia天雪
orale数据库卸载干净清理注册表
完全卸载干净Oracle11g
A、存在OUI卸载工具的情况下:
第一步:停用所有Oracle相关的已启动的服务;
第二步:找到OUI卸载工具:在“开始”菜单中找到“oracle_OraDb11g_home”文件夹中
&
- apache 的access.log 日志文件太大如何解决
darkranger
apache
CustomLog logs/access.log common 此写法导致日志数据一致自增变大。
直接注释上面的语法
#CustomLog logs/access.log common
增加:
CustomLog "|bin/rotatelogs.exe -l logs/access-%Y-%m-d.log 
- Hadoop单机模式环境搭建关键步骤
aijuans
分布式
Hadoop环境需要sshd服务一直开启,故,在服务器上需要按照ssh服务,以Ubuntu Linux为例,按照ssh服务如下:
sudo apt-get install ssh
sudo apt-get install rsync
编辑HADOOP_HOME/conf/hadoop-env.sh文件,将JAVA_HOME设置为Java
- PL/SQL DEVELOPER 使用的一些技巧
atongyeye
javasql
1 记住密码
这是个有争议的功能,因为记住密码会给带来数据安全的问题。 但假如是开发用的库,密码甚至可以和用户名相同,每次输入密码实在没什么意义,可以考虑让PLSQL Developer记住密码。 位置:Tools菜单--Preferences--Oracle--Logon HIstory--Store with password
2 特殊Copy
在SQL Window
- PHP:在对象上动态添加一个新的方法
bardo
方法动态添加闭包
有关在一个对象上动态添加方法,如果你来自Ruby语言或您熟悉这门语言,你已经知道它是什么...... Ruby提供给你一种方式来获得一个instancied对象,并给这个对象添加一个额外的方法。
好!不说Ruby了,让我们来谈谈PHP
PHP未提供一个“标准的方式”做这样的事情,这也是没有核心的一部分...
但无论如何,它并没有说我们不能做这样
- ThreadLocal与线程安全
bijian1013
javajava多线程threadLocal
首先来看一下线程安全问题产生的两个前提条件:
1.数据共享,多个线程访问同样的数据。
2.共享数据是可变的,多个线程对访问的共享数据作出了修改。
实例:
定义一个共享数据:
public static int a = 0;
- Tomcat 架包冲突解决
征客丶
tomcatWeb
环境:
Tomcat 7.0.6
win7 x64
错误表象:【我的冲突的架包是:catalina.jar 与 tomcat-catalina-7.0.61.jar 冲突,不知道其他架包冲突时是不是也报这个错误】
严重: End event threw exception
java.lang.NoSuchMethodException: org.apache.catalina.dep
- 【Scala三】分析Spark源代码总结的Scala语法一
bit1129
scala
Scala语法 1. classOf运算符
Scala中的classOf[T]是一个class对象,等价于Java的T.class,比如classOf[TextInputFormat]等价于TextInputFormat.class
2. 方法默认值
defaultMinPartitions就是一个默认值,类似C++的方法默认值
- java 线程池管理机制
BlueSkator
java线程池管理机制
编辑
Add
Tools
jdk线程池
一、引言
第一:降低资源消耗。通过重复利用已创建的线程降低线程创建和销毁造成的消耗。第二:提高响应速度。当任务到达时,任务可以不需要等到线程创建就能立即执行。第三:提高线程的可管理性。线程是稀缺资源,如果无限制的创建,不仅会消耗系统资源,还会降低系统的稳定性,使用线程池可以进行统一的分配,调优和监控。
- 关于hql中使用本地sql函数的问题(问-答)
BreakingBad
HQL存储函数
转自于:http://www.iteye.com/problems/23775
问:
我在开发过程中,使用hql进行查询(mysql5)使用到了mysql自带的函数find_in_set()这个函数作为匹配字符串的来讲效率非常好,但是我直接把它写在hql语句里面(from ForumMemberInfo fm,ForumArea fa where find_in_set(fm.userId,f
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-迭代器模式-Iterator
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
import java.util.Arrays;
import java.util.List;
/**
* Iterator模式提供一种方法顺序访问一个聚合对象中各个元素,而又不暴露该对象内部表示
*
* 个人觉得,为了不暴露该
- 常用SQL
chenjunt3
oraclesqlC++cC#
--NC建库
CREATE TABLESPACE NNC_DATA01 DATAFILE 'E:\oracle\product\10.2.0\oradata\orcl\nnc_data01.dbf' SIZE 500M AUTOEXTEND ON NEXT 50M EXTENT MANAGEMENT LOCAL UNIFORM SIZE 256K ;
CREATE TABLESPA
- 数学是科学技术的语言
comsci
工作活动领域模型
从小学到大学都在学习数学,从小学开始了解数字的概念和背诵九九表到大学学习复变函数和离散数学,看起来好像掌握了这些数学知识,但是在工作中却很少真正用到这些知识,为什么?
最近在研究一种开源软件-CARROT2的源代码的时候,又一次感觉到数学在计算机技术中的不可动摇的基础作用,CARROT2是一种用于自动语言分类(聚类)的工具性软件,用JAVA语言编写,它
- Linux系统手动安装rzsz 软件包
daizj
linuxszrz
1、下载软件 rzsz-3.34.tar.gz。登录linux,用命令
wget http://freeware.sgi.com/source/rzsz/rzsz-3.48.tar.gz下载。
2、解压 tar zxvf rzsz-3.34.tar.gz
3、安装 cd rzsz-3.34 ; make posix 。注意:这个软件安装与常规的GNU软件不
- 读源码之:ArrayBlockingQueue
dieslrae
java
ArrayBlockingQueue是concurrent包提供的一个线程安全的队列,由一个数组来保存队列元素.通过
takeIndex和
putIndex来分别记录出队列和入队列的下标,以保证在出队列时
不进行元素移动.
//在出队列或者入队列的时候对takeIndex或者putIndex进行累加,如果已经到了数组末尾就又从0开始,保证数
- C语言学习九枚举的定义和应用
dcj3sjt126com
c
枚举的定义
# include <stdio.h>
enum WeekDay
{
MonDay, TuesDay, WednesDay, ThursDay, FriDay, SaturDay, SunDay
};
int main(void)
{
//int day; //day定义成int类型不合适
enum WeekDay day = Wedne
- Vagrant 三种网络配置详解
dcj3sjt126com
vagrant
Forwarded port
Private network
Public network
Vagrant 中一共有三种网络配置,下面我们将会详解三种网络配置各自优缺点。
端口映射(Forwarded port),顾名思义是指把宿主计算机的端口映射到虚拟机的某一个端口上,访问宿主计算机端口时,请求实际是被转发到虚拟机上指定端口的。Vagrantfile中设定语法为:
c
- 16.性能优化-完结
frank1234
性能优化
性能调优是一个宏大的工程,需要从宏观架构(比如拆分,冗余,读写分离,集群,缓存等), 软件设计(比如多线程并行化,选择合适的数据结构), 数据库设计层面(合理的表设计,汇总表,索引,分区,拆分,冗余等) 以及微观(软件的配置,SQL语句的编写,操作系统配置等)根据软件的应用场景做综合的考虑和权衡,并经验实际测试验证才能达到最优。
性能水很深, 笔者经验尚浅 ,赶脚也就了解了点皮毛而已,我觉得
- Word Search
hcx2013
search
Given a 2D board and a word, find if the word exists in the grid.
The word can be constructed from letters of sequentially adjacent cell, where "adjacent" cells are those horizontally or ve
- Spring4新特性——Web开发的增强
jinnianshilongnian
springspring mvcspring4
Spring4新特性——泛型限定式依赖注入
Spring4新特性——核心容器的其他改进
Spring4新特性——Web开发的增强
Spring4新特性——集成Bean Validation 1.1(JSR-349)到SpringMVC
Spring4新特性——Groovy Bean定义DSL
Spring4新特性——更好的Java泛型操作API
Spring4新
- CentOS安装配置tengine并设置开机启动
liuxingguome
centos
yum install gcc-c++
yum install pcre pcre-devel
yum install zlib zlib-devel
yum install openssl openssl-devel
Ubuntu上可以这样安装
sudo aptitude install libdmalloc-dev libcurl4-opens
- 第14章 工具函数(上)
onestopweb
函数
index.html
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/
- Xelsius 2008 and SAP BW at a glance
blueoxygen
BOXelsius
Xelsius提供了丰富多样的数据连接方式,其中为SAP BW专属提供的是BICS。那么Xelsius的各种连接的优缺点比较以及Xelsius是如何直接连接到BEx Query的呢? 以下Wiki文章应该提供了全面的概览。
http://wiki.sdn.sap.com/wiki/display/BOBJ/Xcelsius+2008+and+SAP+NetWeaver+BW+Co
- oracle表空间相关
tongsh6
oracle
在oracle数据库中,一个用户对应一个表空间,当表空间不足时,可以采用增加表空间的数据文件容量,也可以增加数据文件,方法有如下几种:
1.给表空间增加数据文件
ALTER TABLESPACE "表空间的名字" ADD DATAFILE
'表空间的数据文件路径' SIZE 50M;
&nb
- .Net framework4.0安装失败
yangjuanjava
.netwindows
上午的.net framework 4.0,各种失败,查了好多答案,各种不靠谱,最后终于找到答案了
和Windows Update有关系,给目录名重命名一下再次安装,即安装成功了!
下载地址:http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=17113
方法:
1.运行cmd,输入net stop WuAuServ
2.点击开