RNA

在R中读入h5ad文件，并转换为seurat对象

/(ㄒoㄒ)/~~library(Seurat)library(SeuratDisk)pbmc10kmono=paste0(path,'/pbmc10k/use_data/rna_mono.h5ad')

拜托啦！狮子·2025-03-22 12:20

Linux环境下进行本地Blast比对——操作流程

首先，需要准备RNA数据和蛋白质数据，本次利用蛋白质数据建立索引库，然后将RNA比对到蛋白质序列。RNA数据创建一个目录，导入mRNA序列数据，通常是一个fasta后缀文件。

生信分析笔记·2025-03-03 11:34

R语言关联TCGA数据库下载的RNA-SEQ数据和临床信息

刚开始学习TCGA数据处理和分析，记下来方便以后查看setwd("E:/MyData/luadRNA-SEQ-20201028")#把工作目录定位到manifest文件所在的位置manifest="gdc_manifest.2020-10-28.txt"x=read.table(manifest,header=T)#header为TRUE表示读取第一行作为变量名表格已经建好了，可以view(x)，

胖胖的胖球·2025-02-23 04:20

RNA-seq 差异分析的细节详解 (8)

引言本系列将开展全新的转录组分析专栏，主要针对使用DESeq2时可能出现的问题和方法进行展开描述。想要学习更多内容可以添加文末的学习交流群或客服QQ:941844452。Wald检验的各个步骤DESeq函数依次运行以下函数：dds<-estimateSizeFactors(dds)dds<-estimateDispersions(dds)dds<-nbinomWaldTest(dds)用于估计尺寸

·2025-02-19 15:37

单细胞分析（11）——scRNA-seq数据整合

单细胞RNA-seq数据整合：SeuratIntegrationandHarmony1.研究背景在单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中，批次效应（batcheffect）是不可忽视的问题。

生信小鹏·2025-02-16 01:15

R中单细胞RNA-seq分析教程 (6)

引言本系列开启R中单细胞RNA-seq数据分析教程，持续更新，欢迎关注，转发！简介现在，很少有人只进行一次单细胞RNA测序实验并仅产生一份数据。

·2025-02-13 20:18

调控元件，顺式作用元件和反式作用因子

常见类型：启动子（Promoters）：位于基因转录起始点上游，是RNA聚合酶结合的位点。增强子（E

梦云澜·2025-02-09 05:36

小麦雌蕊相关基因和网络的共表达网络分析

11个小麦组织的RNA-seq数据来自美国国家生物技术信息中心（NCBI），包括CSTP的雄蕊和HTS-1的雌蕊和雌蕊。鲑鱼程序用于量化11种

请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

deseq2进行差异分析时的分组问题

这段代码是使用DESeq2包进行RNA-Seq数据差异表达分析的示例。它展示了如何在不同实验设计下进行差异表达分析，包括两组比较、两条件两基因型的交互作用，以及两条件三基因型的分析。

请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用...

GeneSetTestingforRNA-seq-fgsea教程RNA-seq是利器，大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据，所以RNA-seq的分析需求应该是很大的（大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧

weixin_30294709·2025-01-28 18:30

【阅读总结】AlphaFold3 unedited version 通读 + 服务器使用总结

省流：AlphaFold3能做什么：预测蛋白质、DNA、RNA与允许的配体/离子/共价修饰的复合物结构为什么要用AlphaFold3：有强大的泛化性和准确率，除了RNA结构略差于AIchemy_RNA2

Lasgalena·2025-01-25 16:56

9.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：利用多种方法来评估聚类选择的PC基于重要的PC执行单细胞聚类单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经整合了高质量的细胞，我们想知道我们的细胞群中存在的不同细胞类型。

denghb001·2024-09-15 02:52

全球核酸样品制备市场展望：2030年预计达到6387.4百万美元

核酸样品制备主要用于提取和纯化DNA和RNA样本，以供后续的分子生

恒州诚思CC·2024-09-14 17:19

用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类型的数据。可以是任意features的count数据，比如对各个基因的count，或者外显子，或者CHIP-seq的一些feature，都可以用来做差异分析。使用这个包也是需要三个数据：表达矩阵分组矩阵

Seurat_Satija·2024-09-13 23:49

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究

图灵基因·2024-09-12 15:12

7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！

本研究从GEO数据库下载单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，根据原始研究中定义的细胞标记重新注释各种免疫细胞，以确定其特异性标志。

生信小课堂·2024-09-11 14:08

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值，就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下：#样本间相似性：R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000

武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:17

salmon分析RNA-seq实战

Salmon应用查看帮助文档#查看可用的命令###Salmonv0.9.1salmon-h#查看帮助文档之Salmon'squasi-mapping-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-reads#查看帮助文档之Salmon'salignment-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-alig

超级无敌大蜗牛·2024-09-07 02:46

lncRNA数据分析专题

lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码RNA,虽然没有编码蛋白的功能，但是却具有很重要的调控作用，可以在表观遗传水平，转录水平，转录后水平等多个层次调控基因的表达，广泛参与各种生物学过程，本文整理了

生信修炼手册·2024-09-03 09:30

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。

纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

遗传算法：启发自真实现象

DanielShiffman译者：周晗彬ISBN：978-7-115-36947-5第9章目录9.1遗传算法：启发自真实现象1、目标我们的目标不是深入研究遗传和进化的科学原理，我们不会研究旁氏表、核苷酸、蛋白质合成、RNA

大龙10·2024-08-30 18:20

病毒的自述

我，一个RNA病毒。我的中文名字叫做新冠病毒。英文名字叫做COVID-19（CoronaVirusDisease2019）。

浅_2d78·2024-08-29 23:01

上海交大RFect siRNA转染试剂成功转染胆囊癌细胞系（NOZ、GBC-SD）

上海交通大学研究团队在探讨RNA甲基转移酶NSUN2在胆囊癌中的功能作用相关研究中，使用RFectsiRNA转染试剂将NSUN2及其他相关基因的siRNA转染到胆囊癌细胞系NOZ和GBC-SD细胞中。

清风拂面vv·2024-08-28 09:41

用Python实现生信分析——基序（Motif）识别详解

在生物信息学中，基序（Motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留，因为它们在生物学功能中起着重要作用。

写代码的M教授·2024-08-28 08:19

医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读

转录组学则是一门描绘细胞内全基因转录产物（RNA）图谱的科学，其核心在于揭示基因表达的动态变化及其调控机制，从分子层面解码生命的语言。

Magigene·2024-08-27 10:28

科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用

哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官，单细胞RNA测序技术可以鉴定到大多数肝细胞类型，但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况，并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生

晶典教你玩转科研·2024-08-26 23:34

PEI转染试剂配制方法

PEI转染试剂是一种常用于细胞实验中的试剂，主要用于将DNA、RNA等核酸分子转移到细胞内，促使基因表达或基因沉默。PEI是聚乙烯亚胺的缩写，是一种阳离子高分子化合物。

chenlili2017new·2024-08-22 10:28

RNA-seq数据分析_未完成

目录基础分析1.质控（reads）2.比对3.质控（alignment）4.定量5.样本合并差异表达1.质控（cohort）2.差异分析3.可视化（差异）富集分析肿瘤免疫1.免疫组库2.免疫浸润3.免疫响应4.新抗原预测微生物组参考本文主要覆盖了肿瘤样本bulkRNA-seq数据常见的分析步骤，并从实践角度出发，较为具体地介绍了每一步骤依赖的工具和数据集。另外，尽管本文适用于肿瘤样本，但其中的一些

子诚之·2024-03-28 11:43

10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析

单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况

Seurat_Satija·2024-03-09 16:31

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致？！

转录组测序（RNA-seq）将细胞内某一类型（或全部）的RNA逆转录成DNA，通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。

Seurat_·2024-02-20 20:22

11.8 RNA-seq表达rpkm数据操作实践（二）

接下来，我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。一篇文章说：RPKMvalueswerelog2transformedbeforegeneratingheatmaps.TheheatmapwasgeneratedbyBARHeatmapperPlus(http://bar.utoronto.ca/ntools/cgi-bin/ntools_heatmapper_plus.cgi)on

KK_f2d5·2024-02-20 19:56

2021-05-29 m6A reader——IGF2BPs

m6Areader鉴定的经典套路——m6A修饰RNA探针的RNApulldown结合质谱。今天分享的这项研究就是使用这种方法鉴定到新的m6Ainteractor——IGF2BP1-3。

NAome·2024-02-20 10:25

宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定

require(GDCRNATools))BiocManager::install("GDCRNATools")library(GDCRNATools)这里使用的是作者给的示例数据，RNA-seq是1000

小洁忘了怎么分身·2024-02-15 09:09

生信地基系列--常规分析流程

领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、RNA-seq和其他方法。

可能性之兽·2024-02-14 18:17

遗传学经典选择题

（c）A先天性疾病B家族性疾病C遗传物质改变引起的疾病D不可医治的疾病2.DOWN综合征是（b）A单基因遗传病B多基因遗传病C染色体遗传病D线粒体遗传病3基因表达时，遗传信息的基本流动方向是（d）A.RNA

JQYP·2024-02-14 06:59

Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程

在前面的教程中，我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程，在本节教程中，我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。

Starlitnightly·2024-02-14 06:18

单细胞测序最好的教程（二）：归一化

由于单细胞测序技术的限制，我们在样本中获得RNA的时候，经过了分子捕获，逆转录还有测序。

Starlitnightly·2024-02-14 06:18

Python版RNA-seq分析教程：DEseq2差异表达基因分析

BulkRNA-seq分析的一个重要任务是分析差异表达基因，我们可以用omicverse包来完成这个任务。在omicverse中，除了最简单的ttest外，在这里，我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。原教程地址：https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-bulk/t_deseq2/环境的下载在这里我们只

Starlitnightly·2024-02-14 06:48

python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组测序（差异分析篇）...

原标题：一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。

weixin_39607873·2024-02-14 06:17

SLICER：从单细胞RNA-seq数据推断分支的非线性细胞轨迹

image.pngSLICER是一种构建轨迹的算法，该轨迹描述了某些生物学过程中基因表达的变化。SLICER可以捕获高度非线性的基因表达变化，自动选择与该过程相关的基因，并检测轨迹中的多个分支和loopfeatures。SLICER（SelectiveLocallyLinearInferenceofCellularExpressionRelationships），是一种使用局部线性嵌入（LLE）重

生信编程日常·2024-02-14 00:51

内源性逆转录病毒一(基础知识)

内源性逆转录病毒概念：逆转录病毒属于逆转录病毒科(Retroviridae)，是一类仅感染脊椎动物的单链正义不分节RNA病毒。

吕强强学生信·2024-02-13 21:24

春天长高季，除了补钙，这几种营养也不能缺了

维生素A维生素A参与细胞的RNA、DNA的合成，对细胞的分化、组织更新有一定影响。充足的维生素A有益于增强长骨骨骺软骨中的细胞活

纤云营养师·2024-02-13 21:05

【算法详解】STitch3D：空间转录组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法，实现更高分辨率的3D结构重建

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维

yaoyao255·2024-02-13 18:32

2021-06-04 双管齐下——mTORC1调控m6A

研究结果显示，mTORC1通路可以通过调控m6AWriter中的WTAP的表达与m6A的甲基供体SAM的水平调控RNA的m6A修饰。mTOR

NAome·2024-02-13 05:05

10.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量，并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经进行了整合，我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型

denghb001·2024-02-13 01:02

新版EvidenceModeler基因组注释方法

EvidenceModeler用于将多种方法的注释结果合并整理从头预测的结果，同源注释结果，RNA-seq辅助注释结果，EST注释结果等等。

在学生信秃头中·2024-02-12 22:41

小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞rna-seq

猫姐Lily·2024-02-12 06:26

链特异性测序及在IGV中的可视结果

dUTP方法是先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉。

LeoinUSA·2024-02-11 09:26

lncRNA转录组分析泌乳母猪热应激机制

长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是，lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。

felix108·2024-02-11 06:37

温故知新之CRISPR/Cas9原理

温故知新之CRISPR/Cas9原理CRISPR/Cas9基因编辑系统由一个具有核酸内切酶功能的Cas9蛋白(或其他同源蛋白)和一条单链向导RNA(singleguide,sgRNA)组成。

Seurat_·2024-02-10 22:19

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