RNA

2021.11.20【读书笔记】|差异可变剪接事件及DTU分析

一、可变剪接(AlternativeSplicing)定义：同一前体mRNA分子，可以在不同的剪接位点发生剪接反应，生成不同的mRNA分子，最终产生不同的蛋白质分子的一种RNA剪切方式。

穆易青·2025-06-23 21:48

将seurat对象转换为h5ad文件

/all_dataTOh5ad/')rna<-readRDS('.

拜托啦！狮子·2025-06-16 13:26

Trinity安装与使用-Trinity-v2.15.1（bioinfomatics tools-006）

内容如下：参考转录组的组装、构建和注释使用fastp软件(v0.23.1)(Chenetal.,2018)对RNA-seq测序产生的原始数据进行质控。

让学习成为一种生活方式·2025-06-15 23:54

【Python】BioPython

在这里，生命的蓝图——DNA、RNA和蛋白质——不再仅仅是湿实验（wetlab）中的化学实体，它们被转化为海量的、以GB乃至TB计的数字信息。

宅男很神经·2025-06-13 20:20

PostgreSQL 在生物信息学中的应用

1.多类型数据存储基因组数据：存储DNA/RNA序列、基因注释（如GTF/GFF文件）、变异数据（VCF格式）等。例：将基因组序

belldeep·2025-06-05 23:46

免疫浸润分析

为了准确评估肿瘤微环境中免疫细胞的构成，我们可以通过很多方法从RNA-seq数据中量化肿瘤浸润的免疫细胞。免疫浸润分析的方法大体包括两个思想，一个是markergene，还有一个是反卷积思想。

绵羊2023·2025-05-29 06:54

RIP（RNA免疫沉淀）实验技术介绍

RIP（RNA免疫沉淀）实验技术介绍一、技术概述RIP（RNAImmunoprecipitation）是一种通过特异性抗体富集与目标蛋白结合的RNA分子的技术，广泛应用于研究RNA与蛋白质的相互作用。

如期生物·2025-05-16 15:09

常见生信分析

内容概览文章主要分为以下几个部分：TCGA数据挖掘GEO数据库挖掘单细胞全流程数据分析空间转录组分析多组学整合分析影像组学分析医学临床数据库介绍孟德尔随机化分析1.TCGA数据挖掘常见挖掘方向基因表达差异分析（RNA-seq

请你喝好果汁641·2025-05-16 01:29

百图生科：基于 JuiceFS 构建生命科学大模型存储平台，成本降 90%

公司推出了全球最大的生命科学AI基础模型xTrimoV3，拥有2100亿参数，覆盖蛋白质、DNA、RNA等多个生命科学领域。随着生命科学领域数据量的爆发式增长，存储成本日益增加。

·2025-05-07 20:38

【Datawhale AI春训营】RNA结构预测（AI+创新药）Task 学习笔记

赛题介绍：RNA(核糖核酸)在细胞生命活动中扮演着至关重要的角色，从基因表达调控到催化生化反应，都离不开RNA的参与。RNA的功能很大程度上取决于其三维(3D)结构。

m0_57932792·2025-04-24 06:00

Datawhale Al春训营 --RNA结构预测（AI+创新药）代码记录

#模型训练与验证classRNADataset(torch.utils.data.Dataset):def__init__(self,coords_dir,seqs_dir):self.samples=[]#读取所有数据并转换为图forfnameinos.listdir(coords_dir):#加载坐标数据coord=np.load(os.path.join(coords_dir,fname))

2 0 1 2·2025-04-24 06:29

RNA-seq(2)

2.数据质量过滤数据质量检测(FastQC、MultiQC)FastQC、MulitiQC结果：数据过滤参考资料：上篇主要简单介绍了RNA-seq流程及简单的概念，这篇博文主要讲获取数据后的一些操作。

ersanshi055·2025-04-15 22:42

2021.04.22【RNA-seq流程】丨count值转换为FPKM值优化2.0

优化内容解决每次转换需要设置样本数和基因数目实现基因count值与length精准匹配摘要大概半年前，我写过一篇将HTseq生成的基因COUNT值转换为FPKM值文章，用于对count的入门级均一化处理。随着项目越做越多，逐渐发现了之前写的脚本的局限性。比如，每次换算都需要设置包括样品数，基因数目等参数。另外，以前的转换脚本哪怕使用同一个gff文件，定量得到的基因数目和makeTxDbFromGF

穆易青·2025-04-11 04:19

SNU-638 Cells人胃癌传代细胞|有STR图谱

超微结构研究表明细胞质中有Clara细胞的特征结构细胞表达主要的肺表面结合蛋白SP-A的蛋白和RNA。不表达SP-B和SP-C。他们在软琼脂中的克隆形成效率为０.８３

quanliangcells06·2025-04-08 18:30

Needleman-Wunsch 算法（C++实现）

该算法是生物信息学中用于比较两个DNA、RNA或蛋白质序列的经典算法，通过动态规划找到最优的全局比对。问题描述给定两个生物序列seq1和seq2，如何找到它们的最优全局比对，使得比对得分最大化？

饕餮怪程序猿·2025-04-05 19:54

在R中读入h5ad文件，并转换为seurat对象

/(ㄒoㄒ)/~~library(Seurat)library(SeuratDisk)pbmc10kmono=paste0(path,'/pbmc10k/use_data/rna_mono.h5ad')

拜托啦！狮子·2025-03-22 12:20

Linux环境下进行本地Blast比对——操作流程

首先，需要准备RNA数据和蛋白质数据，本次利用蛋白质数据建立索引库，然后将RNA比对到蛋白质序列。RNA数据创建一个目录，导入mRNA序列数据，通常是一个fasta后缀文件。

生信分析笔记·2025-03-03 11:34

R语言关联TCGA数据库下载的RNA-SEQ数据和临床信息

刚开始学习TCGA数据处理和分析，记下来方便以后查看setwd("E:/MyData/luadRNA-SEQ-20201028")#把工作目录定位到manifest文件所在的位置manifest="gdc_manifest.2020-10-28.txt"x=read.table(manifest,header=T)#header为TRUE表示读取第一行作为变量名表格已经建好了，可以view(x)，

胖胖的胖球·2025-02-23 04:20

RNA-seq 差异分析的细节详解 (8)

引言本系列将开展全新的转录组分析专栏，主要针对使用DESeq2时可能出现的问题和方法进行展开描述。想要学习更多内容可以添加文末的学习交流群或客服QQ:941844452。Wald检验的各个步骤DESeq函数依次运行以下函数：dds<-estimateSizeFactors(dds)dds<-estimateDispersions(dds)dds<-nbinomWaldTest(dds)用于估计尺寸

·2025-02-19 15:37

单细胞分析（11）——scRNA-seq数据整合

单细胞RNA-seq数据整合：SeuratIntegrationandHarmony1.研究背景在单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中，批次效应（batcheffect）是不可忽视的问题。

生信小鹏·2025-02-16 01:15

R中单细胞RNA-seq分析教程 (6)

引言本系列开启R中单细胞RNA-seq数据分析教程，持续更新，欢迎关注，转发！简介现在，很少有人只进行一次单细胞RNA测序实验并仅产生一份数据。

·2025-02-13 20:18

调控元件，顺式作用元件和反式作用因子

常见类型：启动子（Promoters）：位于基因转录起始点上游，是RNA聚合酶结合的位点。增强子（E

梦云澜·2025-02-09 05:36

小麦雌蕊相关基因和网络的共表达网络分析

11个小麦组织的RNA-seq数据来自美国国家生物技术信息中心（NCBI），包括CSTP的雄蕊和HTS-1的雌蕊和雌蕊。鲑鱼程序用于量化11种

请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

deseq2进行差异分析时的分组问题

这段代码是使用DESeq2包进行RNA-Seq数据差异表达分析的示例。它展示了如何在不同实验设计下进行差异表达分析，包括两组比较、两条件两基因型的交互作用，以及两条件三基因型的分析。

请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用...

GeneSetTestingforRNA-seq-fgsea教程RNA-seq是利器，大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据，所以RNA-seq的分析需求应该是很大的（大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧

weixin_30294709·2025-01-28 18:30

【阅读总结】AlphaFold3 unedited version 通读 + 服务器使用总结

省流：AlphaFold3能做什么：预测蛋白质、DNA、RNA与允许的配体/离子/共价修饰的复合物结构为什么要用AlphaFold3：有强大的泛化性和准确率，除了RNA结构略差于AIchemy_RNA2

Lasgalena·2025-01-25 16:56

9.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：利用多种方法来评估聚类选择的PC基于重要的PC执行单细胞聚类单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经整合了高质量的细胞，我们想知道我们的细胞群中存在的不同细胞类型。

denghb001·2024-09-15 02:52

全球核酸样品制备市场展望：2030年预计达到6387.4百万美元

核酸样品制备主要用于提取和纯化DNA和RNA样本，以供后续的分子生

恒州诚思CC·2024-09-14 17:19

用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类型的数据。可以是任意features的count数据，比如对各个基因的count，或者外显子，或者CHIP-seq的一些feature，都可以用来做差异分析。使用这个包也是需要三个数据：表达矩阵分组矩阵

Seurat_Satija·2024-09-13 23:49

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究

图灵基因·2024-09-12 15:12

7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！

本研究从GEO数据库下载单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，根据原始研究中定义的细胞标记重新注释各种免疫细胞，以确定其特异性标志。

生信小课堂·2024-09-11 14:08

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值，就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下：#样本间相似性：R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000

武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:17

salmon分析RNA-seq实战

Salmon应用查看帮助文档#查看可用的命令###Salmonv0.9.1salmon-h#查看帮助文档之Salmon'squasi-mapping-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-reads#查看帮助文档之Salmon'salignment-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-alig

超级无敌大蜗牛·2024-09-07 02:46

lncRNA数据分析专题

lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码RNA,虽然没有编码蛋白的功能，但是却具有很重要的调控作用，可以在表观遗传水平，转录水平，转录后水平等多个层次调控基因的表达，广泛参与各种生物学过程，本文整理了

生信修炼手册·2024-09-03 09:30

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。

纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

遗传算法：启发自真实现象

DanielShiffman译者：周晗彬ISBN：978-7-115-36947-5第9章目录9.1遗传算法：启发自真实现象1、目标我们的目标不是深入研究遗传和进化的科学原理，我们不会研究旁氏表、核苷酸、蛋白质合成、RNA

大龙10·2024-08-30 18:20

病毒的自述

我，一个RNA病毒。我的中文名字叫做新冠病毒。英文名字叫做COVID-19（CoronaVirusDisease2019）。

浅_2d78·2024-08-29 23:01

上海交大RFect siRNA转染试剂成功转染胆囊癌细胞系（NOZ、GBC-SD）

上海交通大学研究团队在探讨RNA甲基转移酶NSUN2在胆囊癌中的功能作用相关研究中，使用RFectsiRNA转染试剂将NSUN2及其他相关基因的siRNA转染到胆囊癌细胞系NOZ和GBC-SD细胞中。

清风拂面vv·2024-08-28 09:41

用Python实现生信分析——基序（Motif）识别详解

在生物信息学中，基序（Motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留，因为它们在生物学功能中起着重要作用。

写代码的M教授·2024-08-28 08:19

医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读

转录组学则是一门描绘细胞内全基因转录产物（RNA）图谱的科学，其核心在于揭示基因表达的动态变化及其调控机制，从分子层面解码生命的语言。

Magigene·2024-08-27 10:28

科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用

哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官，单细胞RNA测序技术可以鉴定到大多数肝细胞类型，但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况，并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生

晶典教你玩转科研·2024-08-26 23:34

PEI转染试剂配制方法

PEI转染试剂是一种常用于细胞实验中的试剂，主要用于将DNA、RNA等核酸分子转移到细胞内，促使基因表达或基因沉默。PEI是聚乙烯亚胺的缩写，是一种阳离子高分子化合物。

chenlili2017new·2024-08-22 10:28

RNA-seq数据分析_未完成

目录基础分析1.质控（reads）2.比对3.质控（alignment）4.定量5.样本合并差异表达1.质控（cohort）2.差异分析3.可视化（差异）富集分析肿瘤免疫1.免疫组库2.免疫浸润3.免疫响应4.新抗原预测微生物组参考本文主要覆盖了肿瘤样本bulkRNA-seq数据常见的分析步骤，并从实践角度出发，较为具体地介绍了每一步骤依赖的工具和数据集。另外，尽管本文适用于肿瘤样本，但其中的一些

子诚之·2024-03-28 11:43

10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析

单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况

Seurat_Satija·2024-03-09 16:31

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致？！

转录组测序（RNA-seq）将细胞内某一类型（或全部）的RNA逆转录成DNA，通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。

Seurat_·2024-02-20 20:22

11.8 RNA-seq表达rpkm数据操作实践（二）

接下来，我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。一篇文章说：RPKMvalueswerelog2transformedbeforegeneratingheatmaps.TheheatmapwasgeneratedbyBARHeatmapperPlus(http://bar.utoronto.ca/ntools/cgi-bin/ntools_heatmapper_plus.cgi)on

KK_f2d5·2024-02-20 19:56

2021-05-29 m6A reader——IGF2BPs

m6Areader鉴定的经典套路——m6A修饰RNA探针的RNApulldown结合质谱。今天分享的这项研究就是使用这种方法鉴定到新的m6Ainteractor——IGF2BP1-3。

NAome·2024-02-20 10:25

宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定

require(GDCRNATools))BiocManager::install("GDCRNATools")library(GDCRNATools)这里使用的是作者给的示例数据，RNA-seq是1000

小洁忘了怎么分身·2024-02-15 09:09

生信地基系列--常规分析流程

领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、RNA-seq和其他方法。

可能性之兽·2024-02-14 18:17

遗传学经典选择题

（c）A先天性疾病B家族性疾病C遗传物质改变引起的疾病D不可医治的疾病2.DOWN综合征是（b）A单基因遗传病B多基因遗传病C染色体遗传病D线粒体遗传病3基因表达时，遗传信息的基本流动方向是（d）A.RNA

JQYP·2024-02-14 06:59

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