miRNA

外泌体多组学11-血浆中胞外囊泡miRNA有效数据

血液中循环的细胞外囊泡被描述为癌症生物标志物的宝库文章信息文献标题：PlasmaextracellularRNAprofilesinhealthyandcancerpatientsDoi：10.18632/oncotarget.8124发表时间：20January2016ScientificReports通讯作者：LiangWang威斯康星医学院病理学和MCW癌症中心学系数据情况来自192个样本的

信你个鬼·2024-09-12 05:24

lncRNA数据分析专题

首先是lncRNA的数据库，和miRNA不同，lncRNA虽然是研究的热点之一，但是其数量众多，没有统一的命名方式，这就要求我们对不同数

生信修炼手册·2024-09-03 09:30

cytoscape构建ceRNA网络的输入文件如何制作

生信交流平台·2024-08-24 05:51

microRNA数据库与预测、功能分析软件大全

1.miRBase:http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一

Seurat_Satija·2024-02-09 20:51

miRNA的体内加工过程

ProductionofmiRNAsstartswiththetranscriptionofgenomicDNAintolongprimarytranscriptscalledprimiRNAs.Thepri-miRNAsaresubsequentlycleavedbyRNaseIIIDroshaintoshorterprecursortranscriptswithhairpinstructure

Famvicrox·2024-01-30 03:40

Allergy（IF: 12.4）| 肥胖相关的低2型哮喘特异性细胞外囊泡miRNA的鉴定

哮喘是下呼吸道的一种慢性炎症，根据主要的潜在免疫机制，主要分为2型哮喘和非/低2型哮喘两种亚型。血浆细胞外囊泡(EVs)是健康和疾病状态分子信息的重要来源，EVs携带的内容物可以预测疾病表型背后的特定病理机制。近期，一篇“IdentificationofextracellularvesiclemicroRNAsignaturesspecificallylinkedtoinflammatoryand

华盈生物·2024-01-26 17:50

血浆血清miRNA提取试剂盒，提取的miRNA产量高吗？

产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的miRNA；◎miRNA产量更高，较国内部分同类产品CT值小1-2个；◎样本范围广，可广泛应用于血清、血浆、胸腹水等液体样本中miRNA的提取。

清风拂面vv·2024-01-22 21:54

ceRNA：一种全新的基因表达调控模式

竞争性内源RNA（ceRNA）是近几年来备受学术界关注的对象，它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因

Seurat_Satija·2024-01-19 08:51

samtools老司机的翻车之旅

这两天在处理一批miRNA-seq数据，公司返回了原始数据和他们处理过的干净数据。通常而言，我都是直接无视他们的干净数据，一般要自己走一遍QC。

xuzhougeng·2024-01-19 03:36

文献翻译--ASpedia:人类选择性剪切的综合百科全书

然而，其他功能特征，如miRNA靶位点、磷酸化位点和单核苷酸变异直接受到选择性剪接的影响，并影响下游功能。因此，我们建立了一个ASpedia数据库:一个全面的人

ECHO1216·2024-01-18 03:06

circNet:人类环状RNA数据库

circNet是一个环状RNA的数据库，不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下http://syslab5

生信修炼手册·2024-01-14 19:38

一篇WGCNA文章复现-GSE85589-下集

前面由于对miRNA的探针数目没有正确的理解，以为数据一直没有下载完全，折腾了一番。后来经老大jimmy提醒了，miRNA有2000左右的探针就是正常的呀。所以就可以愉快地继续进行分析啦！

小梦游仙境·2024-01-09 19:18

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

_十三·2024-01-07 05:24

MicroRNA目标识别和调控功能

MicroRNATargetRecognitionandRegulatoryFunctionsPMID:19167326doi:10.1016/j.cell.2009.01.002文章比较久远，仅列出自己需要的内容摘要MicroRNA（miRNA

奶盐味·2024-01-06 03:51

Paper 1：转录组+miRNA+降解组相关文章

Paper1：转录组+miRNA+降解组相关文章标题：Transcriptome-wideidentificationofmiRNAtargetsandaTAS3-homologousgeneinPopulus

催催莎·2024-01-03 19:02

假基因调节mRNA

本文提出的ceRNA假说：PTEN抑癌基因—PTENP假基因—miRNA作者提出了竞争性内源RNA(ceRNA)作用机制假说，并且可

奶盐味·2023-12-25 22:45

TCGA数据库详解

NationalHumanGenomeResearchInstitute（NHGRI，美国国家人类基因组研究所）于2006年联合启动的项目，收录了各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异，mRNA表达，miRNA

-麦_子-·2023-12-21 16:10

2021-09-04

Aging-US|circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA作用网络研究发现HCC预后标志物原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制大多数患有肝细胞癌(HCC)（最常见的肝癌形式）

图灵基因·2023-12-17 09:12

纯生信发文的新技能，同一份GEO数据可以发两篇SCI

数据可以发两篇SCI，具体操作如下：第一篇纯生信SCI可以这样做：第一步，数据下载处理、合并、矫正、差异分析第二步，进行WGCNA分析第三步，进行取交集的基因第四步，进行GO、KEGG富集分析、PPI分析、构建miRNA-mRNA-TF

SCI狂人团队·2023-12-16 03:18

CeRNA才是人生赢家，一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)

其实简单去理解只要理解一个核心就是，lncRNA可能竞争性结合miRNA，影响miRNA调控mRNA。

医科研·2023-12-15 19:06

#TCGA#利用R包edgeR做miRNA表达谱的差异分析

https://blog.csdn.net/DeepSeaYu/article/details/95729387?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-OPENSEARCH-2.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-OPENSEARCH-2.con

赵会成·2023-12-05 12:01

ggplot2回顾(14): 绘图函数--以平行坐标图为例

ggplot2)library(reshape2)library(plyr)归一化range01testtestRNAX2005X2006X2007X2008X20091piRNA132212mRNA112133miRNA445314lncRNA351245circRNA12111&

TOP生物信息·2023-12-04 20:26

处理ENCORI预测的miRNA-circRNA结果

前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了☞RNA相互作用神器——ENCORI☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系

生信交流平台·2023-12-01 21:21

一文读懂LncRNA

RNA缩略词详解lncRNA：长链非编码RNA（longnon-codingRNA）miRNA：微小RNA（microRNA）circRNA：环状RNA（circularRNA）ncRNA：非编码RNA

Seurat_Satija·2023-12-01 19:31

2022-01-11 常用函数解析

d210))})>ncol(Exp_miRNA)*0.25),]##row.names=1,第一列变行名##check.names=FALSE，读入后杠不会变成点Exp_miRNA<-read.table

小白兔和小毛驴·2023-11-28 05:38

Chapter1-miRNA

miRNAturnoverfig1植物miRNA受HEN1催化的3'端2'-O-甲基化作用而免受降解。拟南芥中HEN1的缺失导致大多数miRNA的积累减少以及miRNA大小异质性。

阿花吖·2023-11-26 00:41

2020年的3+分ceRNA分析长啥样？

大家好，今天小编和大家分享的是1月份发表在FrontiersinGenetics(IF：3.517)杂志上的一篇文章，“DysregulatedlncRNA-miRNA-mRNANetworkRevealsPatientSurvivalAssociatedModulesandRNABindingProteinsinInvasiveBreastCarcinoma

科研菌·2023-11-25 04:17

如何利用cytoscape画ceRNA互作网络图？

看文献的时候，经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。

Seurat_Satija·2023-11-22 11:13

CeRNA纯生信现在还能发5分？速来围观

论文题目：ceRNA网络的综合分析发掘肾乳头状细胞癌（KIRP）的预后特征建立疾病相关ceRNA网络的思路大致是：首先筛选在疾病中显著差异表达的lncRNA（circRNA）、miRNA和mRNA，然后预测它们之间的互作关系

博士苑·2023-10-27 07:54

TCGA数据挖掘（3）：miRNA数据的下载

knitr::opts_chunk$set(collapse=TRUE,comment="#>")knitr::opts_chunk$set(fig.width=6,fig.height=6,collapse=TRUE)knitr::opts_chunk$set(message=FALSE)本文的内容是用GDC下载并整理表达矩阵和临床信息数据。1.从网页选择数据，下载manifest文件数据存放网

呆呱呱·2023-10-22 19:09

lncRNA结直肠预后

此外，还构建了一个lncRNA-miRNA-mRNA网络，以

概普生信·2023-10-20 23:07

R下载合并ENCORI RBP（RNA binding protein）靶基因数据

前面给大家简单介绍了☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞RNA相互作用神器——ENCORI也给大家介绍了如何从ENCORI批量下载miRNA的靶基因，并且合并成表格。

生信交流平台·2023-10-17 07:10

一文理清常见的基因富集分析

事实上，在分子水平的最终落脚点都是在生物学中心法则的核酸水平，确切的说是在基因水平，但是基因的种类有很多，包括蛋白编码基因（mRNA）、非编码基因（miRNA、ln

生信宝库·2023-10-16 13:51

MHDMF：基于多源图卷积网络的深度矩阵分解预测 miRNA 与疾病的关联（Computers in Biology and Medicine）

MHDMF:PredictionofmiRNA–diseaseassociationsbasedonDeepMatrixFactorizationwithMulti-sourceGraphConvolutionalNetworkhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010482522007752?via%3Dihubhttps://

嵌入式开发.·2023-10-14 07:40

MSGCL: 基于多视图自监督图结构对比学习推断 miRNA 与疾病的关联（Briefings in Bioinformatics）

inferringmiRNA–diseaseassociationsbasedonmulti-viewself-supervisedgraphstructurecontrastivelearning源代码：GitHub-rxr0606/MSGCL:MSGCL摘要：潜在的miRNA

嵌入式开发.·2023-10-14 07:40

MMGCN：多视点多通道注意力图卷积网络在miRNA与疾病关联预测中的应用（Briefings in Bioinformatics）

Multi-viewMultichannelAttentionGraphConvolutionalNetworkformiRNA–diseaseassociationprediction|BriefingsinBioinformatics|OxfordAcademicAbstract.Motivation:Inrecentyears,agrowingnumberofstudieshaveprove

嵌入式开发.·2023-10-14 07:39

MDA-CNN：基于学习的神经网络 miRNA-疾病关联识别框架（Bioinformatics）

Alearning-basedframeworkformiRNA-diseaseassociationidentificationusingneuralnetworks源代码：GitHub-Issingjessica/MDA-CNN:thisisthesourcecodeanddatalearning-basedframeworkformiRNA-diseaseassociationidentif

嵌入式开发.·2023-10-14 07:39

MAGCN：基于lncRNA与miRNA相互作用和图卷积网络预测miRNA与疾病的关联（Briefings in Bioinformatics）

PredictingmiRNA-diseaseassociationsbasedonlncRNA–miRNAinteractionsandgraphconvolutionnetworks发表在BriefingsinBioinformaticsPredictingmiRNA-diseaseassociationsbasedonlncRNA–miRNAinteractionsandgraphconvo

嵌入式开发.·2023-10-14 07:08

DAEMKL：基于多核学习的深度自动编码器预测miRNA与疾病的关联（IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems）

DAEMKL：PredictingmiRNA–DiseaseAssociationsThroughDeepAutoencoderWithMultipleKernelLearning（发表于IEEETransactionsonNeuralNetworksandLearningSystems）PredictingmiRNA-DiseaseAssociationsThroughDeepAutoencod

嵌入式开发.·2023-10-14 07:08

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用

彼岸花128·2023-10-13 23:09

miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述

miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述1.miRNA提取建库测序2.miRNA的生物学功能3.miRNA的生信分析模块3.1miRNA鉴定3.2miRNA

彼岸花128·2023-10-13 20:26

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用

彼岸花128·2023-10-13 20:26

miRNA数据分析专题

miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA,其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域的序列完全配对时，诱导mRNA降解，当只有部分序列配对时

生信修炼手册·2023-10-13 20:25

miRNA生物信息数据分析流程初探(一)

snakemake-qiaseq-mirna流程在github的snakemake-qiaseq-mirna[1]流程中，MiRNA的分析步骤如下：Step1:ReadtrimmingandUMIdetectioncutadapt

生信小木屋·2023-10-13 20:18

miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理

miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理1.Rfam数据库1.1Rfam数据库——简单概述1.2Rfam数据库——下载整理：两种情况1.2.1

彼岸花128·2023-10-13 20:46

数据类型的转换2021-01-28

downloadmiRNA_RNA_interaction####################################family=read.table("hg19_all_fimaly.txt",sep="\t")miRNA

流光溢彩426·2023-10-13 16:57

寻找ceRNA机制构建关系网络

寻找ceRNA机制构建关系网络ceRNA机制是lnc/circRNA研究中最常见的机制之一，研究思路比较清晰，找到重要的lncRNA，软件预测结合的miRNA，而后预测miRNA结合的靶基因。

纪伟讲测序·2023-10-13 15:55

那么多的基因，我只想要mRNA和lncRNA（或者miRNA）怎么办？

之前我在上写了一篇"如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count"的教程，原以为没什么人看的。不过这两天上有朋友私信我，如何只下载lncRNA的数据。这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的，因为这个包都是下载全部的RNA数据（包括其他的TCGA工具基本都是只下载RNA数据），具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。我这里想借鉴两种方法，链接在这里：利用R代码从UCSCXEN

欧阳松·2023-10-12 07:47

Topic 1. 临床标志物生信分析常规思路

TCGA和GEO等NGS的数据来讲解，比如我们在做多组学分析的分组差异之后，对筛选之后的差异突变基因，或者差异甲基化基因，又或者差异表达基因，****lncRNA****，micr****oRN****A，miRNA

桓峰基因·2023-10-11 13:03

转录组测序原理

spm_id_from=333.788.videocard.0定义而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA,miRNA,lncRNA进行测序分析的技术。

Peng_001·2023-10-11 04:32

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