跟着Nature Genetics学二代测序数据分析：使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组

论文是
Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce

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这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦

今天我们来试着使用NOVOplasty这个软件来组装生菜的叶绿体基因组

论文的方法部分写道

To reveal the plastid phylogeny of the tested Lactuca species, plastid assembly was generated for each species with 50 million reads by NOVOPlasty (version 3.7.2)⁶², using the rbcL coding sequence (NCBI accession number YP_398337) as the seed sequence.

NOVOPlasty 软件的配置文件是 lettuce2020/NOVOplasty.config.txt at master · popgenome/lettuce2020 (github.com)

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这个配置文件我们自己的数据通常需要设置的地方包括

• k-mer (这个参数通常直接用默认的设置就好)

• 种子序列（叶绿体基因组中的某个基因）

• 参考序列 （这个是可选的）

• 最后就是原始测序数据

首先从NCBI来下载原始测序数据

因为项目名称他写的是s331，那我就下载NCBI上也是331编号的那个样本吧

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使用SRAtools里的prefetch命令来下载

prefetch --max-size 6000000000 SRR13694341 -O ./

因为这个数据超过20个G了，所以需要制定 --max-size参数 ，后面数字的单位可能是 bp

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数据量很大，时间会有些长

下载好以后使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换成fastq格式

fasterq-dump --split-files SRR13694341.sra -p

-p 参数可以显示出转换的进度

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论文中写道只需要用 50 million个reads，fastq文件中4行是一个reads，那么我们直接用head命令取前200 million行就可以了

 head -n 200000000 SRR13694341.sra_1.fastq > reads_R1.fastq
head -n 200000000 SRR13694341.sra_2.fastq > reads_R2.fastq

下载种子序列和叶绿体参考基因组

• NC_007578
• YP_398337

下载NONOPlasty

论文中写的是用到的是3.7.2，但是现在已经更新到4.3.1了，我们直接下载最新版本

https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty

编辑配置文件

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运行NOVOPlasty软件

perl ~/Biotools/NOVOPlasty-master/NOVOPlasty4.3.1.pl -c config.txt

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这个地方遇到了报错

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是因为下载种子序列的时候我下载的是蛋白质序列，应该用的是核苷酸序列

重新下载运行（一不小心就浪费了好长时间）

这个数据量有点大，运行起来还挺慢的，这里就不等结果了

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