生信星球转录组培训第一期Day2--善良土豆

今天主要内容-----linux命令

基础命令请看生信星球学习小组Day2笔记--善良土豆

新知识

wc -l：计算文件有多少行
|：管道操作---将前面的输出内容作为后面的输入，例：cat test.txt | wc -l
xarge：将之前管道的操作结果一个个进行下一项操作

基础命令复习

基于基础和新知识做题：

1.在主目录下面创建/tmp文件夹，并且使其中包含 1/2/3/4/5 格式的文件夹系列

mkdir -p 1/2/3/4/5

2.在创建好的文件夹下面，比如我的是 /home/1/2/3/4/5 ，里面创建文本文件 xi.txt，并输入内容，例如Hello world, Welcome to bioinfoplanet, Nice to see you。三句话分行显示

cat >xi.txt
Hello world
Welcome to bioinfoplanet
Nice to see you
或
vi xi.txt （进入vim后输入i)
Hello world
Welcome to bioinfoplanet
Nice to see you
（输入内容后，Esc，qw）

3.在tmp/下创建 a~e这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 a~e这5个文件夹, 并查看

mkdir -p {a,b,c,d,e}/{a,b,c,d,e}

4.增加一点难度：我想在练习三的每个目录中都放进去一个文件xi.txt，内容还是练习二的内容

echo /home/{a,b,c,d,e}/{a,b,c,d,e} | xargs -n 1 cp -v /home/1/2/3/4/5/xi.txt

5.下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，统计该文件总共有几行，含有 H3K4me3 的是第几行

wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed
wc -l test.bed
less test.bed |grep -n H3K4me3 或
less -SN test.bed （在less显示后输入/H3K4me3，可查看其在第几行)

less -SN 命令

6.下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解压，查看里面的文件夹结构 (提示：了解tree命令)

wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
unzip rmDuplicate.zip
tree

tree

Vim编辑器

参考详细使用说明https://vim.rtorr.com/

Vim编辑器

关于alias的使用

就是设置命令别名，便于操作命令，比如，我们经常要访问home/bioplanet/RNAseq路径，一般我们会使用cd home/bioplanet/RNAseq，每次都输入这么长费时费事
我们，可以VIM打开~/.bashrc（vi ~/.bashrc） ，然后输入alias RNA ="cd home/bioplanet/RNAseq" ，退出重新source ~/.bashrc，这样之后直接输入一个RNA就可以直接进入该目录
根据个人爱好可以设置不同的简便方式

alias使用

服务器检查相关的命令

服务器检查相关命令

今天最重要的内容是一定要掌握Linux三大宝剑awk, sed, grep

强有力学习资料：

生信Linux文本处理三剑客: https://www.jianshu.com/p/f41574563bf5
利用linux处理fq/fa小练习: https://www.jianshu.com/p/45d900d392ba

我学习后也会整理再分享

为了接下来学习，现在自己环境下建立好项目目录

mkdir -p ~/rnaseq/{raw,clean,qc,align,count,script}

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