生信札记
生信札记

SeqLogo的私人定制？你可以的。

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TBtools Amazing Simple SeqLogo示例图之一...(Amazing系列-比如Amazing HeatMap，又多了一个成员)

写在前面

前述，TBtools增加了一个功能，使各个操作系统下，用户均可以正常使用MEME/MAST，进行一定的motif分析（即使你是windows用户，也不需要虚拟机或命令行操作）。
Motif，我个人的理解可参见前述推文。
手上一个课题在分析一些位点的保守性，而事实上，这些位点合并在一起，其实就是所谓的Motif。SeqLogo一个不错的Motif可视化方式。数据可视化，一般有两个用处：

  1. 人是视觉动物，可视化可以辅助发现新的东西
  2. 好看的图片，赏心悦目，有助身心健康

相比于肉眼扫描一堆位点序列文本，绘制一个SeqLogo，或许是最好的解决办法。
目前，似乎很少有本地化的工具来专门绘制SeqLogo，即使有，似乎操作起来并不舒服。直白一点，用起来不爽！。相比之下，存在数个R包可以绘制，包括R包"SeqLogo"，R包"ggSeqLogo"等。这些要求用户有一定的R语言编程基础，输入命令是必要的，而绘制图形的可交互性需要一定的技巧才能达到。直白一点，用起来不爽！。同时，还有不少网页工具，其中包括WebLogo，这是一个优秀的工具，在使用者确实没有R语言基础的前提下。在线工具，优点是不用部署，缺点是资源有限，一方面是网速，另一方面，能支持的序列数目有限。交互性也就不提了。所以，直白一点，用起来还是不爽！。
那用起来不爽怎么办？当然是写一个啊！
~一整个晚上过去了....写完了，用起来爽了。具体如下。

查看示例数据的使用

打开TBtools，找到Graphics，点击Amazing SeqLogo。

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点击Start即可
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于是结果出来了。序列为我们前面已见刊的miR2275文章的部分中间分析结果....
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个性化调整

出图只是第一步，个性化的调整，可能是多数情况下的需要。点击“Show Control Panel”即可弹出控制界面

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其中每个参数，基本含义都写在里面，具体这里摆出几个效果示例。
如果不需要以 信息含量做标准化
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如果想要用实现空心
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如果要显示坐标信息
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如果对字体不满意
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如果你对颜色不满意， 同时你觉得自己的运气很好，
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只要你勾选了“RandomColor”，那么 你就失去了原始的配色，但是，你获得了新的技能，随机生成颜色！鼠标点击一次摁钮“NewColor”，就会生成一个颜色，你可以一直点，直到你觉得当前的配色让你开心为止。
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image.png

是的， 变色一时爽，一直变一直爽！
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当然你也可以加框
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超个性化调整

假设就是选不到一个很好的配色，那么你可以直接利用TBtools的绘图引擎（JIGplot）进行直接变色，注意，GroupElements那么就是改变所有相同字符的...


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可以看到，所有C都变成我刚才选定的蓝色。


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当然，你还可以通过各种操作，比如先设置所有为空心，再手动调整某一个为实心...
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...事实上，还有很多...
具体就看用户朋友的挖掘了...
毕竟，如果你有朋友生日的话...


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输入一下即可....

HAPPY Birthday to You
HAPPY Birthday to You
HAPPY Birthday to You
HAPPY Birthday to You
HAPPY Birthday to You
HAPPY Birthday to You
HAPPY Birthday to You
HAPPY Birthday to You
HAPPY ForEver to You
HAPPY ForEver to You
HAPPY ForEver to You
HAPPY ForEver to You
HAPPY ForEver to You
HAPPY ForEver to You
HAPPY ForEver to You
HAPPY ForEver to You

写在后面

....快乐的时光总是短暂。无论你是否愿意，你都会在某一个时间点，看到你个人的甚至是群体的天花板。大部分人终其一生，似乎是突破不了的。走在大小城市的街头就会有所察觉。往往是反差不够明显，所以你没有意识到，仅此而已。
所以生活是什么？或许是

  1. 做好自己该做的
  2. 做点自己想做的
  3. 尝试将自己想做的变成自己该做的，而不是反过来，毕竟不大可能

那么就祝各位科研顺利了....

题外

课题组每年暑期有内部生信入门培训，主要是对实验室新生开展（以及湿实验为主的成员）培训。一直有收到其他课题组想要了解我们课题组生信数据分析的想法。故，在博导的提议和课题组的讨论后，我们近期计划，在本年度暑期（7~8月份之间）对外增设生信基础培训名额10枚（前面每年只是课题组内培训，而不对外）。具体请见https://mp.weixin.qq.com/s/OtmeTErd9f9rvjJPtBKjMw

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欢迎访问本课题组网站

园艺植物小分子RNA与基因组研究-夏瑞课题组

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课题组主页：http://xialab.scau.edu.cn/

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    PO(persistant object) 持久对象 在o/r 映射的时候出现的概念,如果没有o/r映射,就没有这个概念存在了.通常对应数据模型(数据库),本身还有部分业务逻辑的处理.可以看成是与数据库中的表相映射的java对象.最简单的PO就是对应数据库中某个表中的一条记录,多个记录可以用PO的集合.PO中应该不包含任何对数据库的操作. VO(value object) 值对象 通
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