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科学的高度专门化和专业化，也有可能使科学家脱离“生活世界”，走进学术或技术的象牙塔，从而进一步切断了科学与人文两种文化的关联。
在科学远未达到高度专门化和专业化的时代，科学与人文的距离显然并不遥远，许多业余爱好者凭个人兴趣也可以从事科学研究，甚至有所作为；反之，许多科学家也往往有多种兴趣和爱好，并且往往同时又是艺术家（如达芬奇等）或哲学家（如笛卡尔、莱布尼兹等）。
因此，科学的高度专门化和专业化，势必有可能导致将人们的视野锁定在知识之树的若干分枝及其最新成果上，而看不到知识之树的全貌，更看不到培育这棵树的土壤、养分、空气和阳光。
科学的高度专门化和专业化，往往是由教育的高度专门化和专业化保障和合法的。
无疑，教育的高度专门化和专业化，有助于为社会培养和造就各种专业的高级专门人才，从而促进各种门类、各种专业知识和文化，以及专业化来保障和合法化。
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然而，教育的高度专门化和专业化，对于科学与人文两种文化的分离和对立，也的确有着不可推卸的责任。
教育的高度专门化和专业化，势必助长这样一种倾向，即将本门和本专业的知识、方法和价值评价标准加以规范化、强化和合法化，而对别的门类和别的专业的知识、方法和价值评价标准，则采取无视、排斥、甚至是否认的态度。
从科学观和文化观的角度看，狭隘的科学主义与狭隘的人文主义的对立，是导致两种文化分离和对立的重要根源。
科学主义或唯科学主义的思想、观念和思潮，至少可以追溯到十七世纪的培根、笛卡尔和伽利略那里。
如果说，科学主义的经验主义因素可追溯到培根的话，那么，科学主义的理性主义因素可追溯到笛卡尔和伽利略。
如果说，我们今天所称的“科学主义”或“唯科学主义”在十七世纪已经悄然兴起的话，那么，十八世纪可称得上是“科学主义”或“唯科学主义”高歌猛进的时代。
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到了十九世纪，情况发生了明显的变化：
一方面，“科学主义”浪潮继续向前推进。最有的代表性的事件之一是，以奥古斯特·孔德为代表的实证主义哲学观点的提出。
另一方面，与“科学主义”相对立的“人文主义”也悄然兴起。最有代表性的事件包括：叔本华和尼采提出了非理性主义的意志主义学说；克尔凯郭尔提出了关于“存在”的新概念，从而成为存在主义的思想渊源之一；等等。
关于科学主义与人文主义的激烈冲突和对抗，大约开始于十九世纪与二十世纪之交。尼采就被称之为“世纪之交的人物”。
在尼采之后，包括“生命哲学”、“现象学运动”、“存在主义”、“弗洛伊德主义”、“法兰克福学派”等等在内的人本主义哲学思潮得到了迅猛的发展，并且对科学主义展开了全面的攻击。
同时，语言学的转向，标志着分析哲学的诞生。而分析哲学的诞生意味着哲学科学化运动的进一步升级。
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狭隘的科学主义与狭隘的人文主义的尖锐对立，必然导致或加剧科学与人文两文化的分离和对立。
这是因为，一方面，在逻辑实证主义者看来，科学与人文两种文化分别属于两个截然不同的世界：前者属于科学（认识）的世界；后者属于人文（体验）的世界。
另一方面，现代西方人本主义者对科学的理解似乎也没有超越狭隘的实证主义和功利主义的理解，但是，与科学主义者或科技主义者的立场截然相反，他们强调只有非理性的生命体验（或情感、意志、本能等）才是最真实的存在，是人的本质，而科学与理性只不过是人类意志的工具，并无实在的意义。
从社会历史和现实的角度来看，科学对人、自然和社会的巨大影响（包括积极的和消极的、正面的和负面的影响），也是导致科学与人文两种文化分离与对立的重要根源。
客观的讲，从某种意义上来说，也正是科学的巨大的社会功能以及所取得的巨大成功，为包括科技主义的功利主义、实证主义等等在内的科学主义的盛行奠定了强有力的社会基础。
尽管科学有巨大的社会功能并且取得了巨大的成功，然而，应当看到，由于对科学的不恰当的应用等多种原因，科学技术的异化现象的确是存在的，并且可能已经造成诸多对人、自然和社会的负面影响，而且显然科学所发挥的社会功能越大，它可能或已经造成的负面影响也就越大。
从十九世纪与二十世纪之交开始，越来越多的人看到了科学技术和异化现象和对人、自然与社会的负面影响，同时，也有更多的人将批判的矛头对准了科学。