第一章 只是一个理论？
虽然第一章道金斯洋洋洒洒写了快30页，但是总结起来就是一句话，达尔文主义是一个事实，本书将为达尔文主义提供确凿的证据。
第二章 狗牛和白菜
本章道金斯首先批判了柏拉图的本质论，所谓本质论的意思是说，比如我们所看到每一只兔子都是完美兔子的投影，那只完美的本质兔子悬挂在某处，地球上所有的其他兔子都是它的变异。这当然是大错特错的。
发卡弯思想实验：每一种动物都能和另一种动物相关联，比如兔子和豹子可以通过一连串的中间型动物相联系，这一长串链条上的动物每一个都和紧挨它的另一个非常相似，以至于每一个动物都可以和相邻的邻居交配并生育后代。整个系列构成了从兔子到豹子的连续性桥梁，从兔子到豹子，从豹子到龙虾，每一个动物或者植物到任何的动物或者植物都有相似的桥梁，这就是发卡弯思想实验。
再举一个例子，从最原始的兔子到现代兔子这样一个长长的链条，整个演化的趋势是非常缓慢的，我们几乎无法注意到代际之间的变化，正如我们看不到一名儿童的成长，从儿童变成少年，再变成成年人，我们无法找到一个精确的分界点是一样的道理。如果某一群兔子，越来越不像兔子，越来越像鼱鼩，我们就把这类动物称之为发卡弯动物。
也就是说任何两种动物之间都可以由一个发卡路径联系起来，因为每一个物种都和其他物种共有一个祖先。现代物种根本不会演化成其他的现代物种，它们只是拥有共祖。
在达尔文之前，人类社会就开始自发的培育动物，专业来说这个行为称之为雕刻基因库。
最典型的两个例子，一个是园艺师将野白菜通过选择性育种的方法经过百年的培育变成我们现在熟知的各种蔬菜。另一个是狼被培育成家犬。
基因库思想：我们在一个种群中，所看到的每一只动物个体，都是它所处时代的基因库样本，基因库中的具体基因并无内在倾向去增加或者减少出现的频率。如果出现了某一具体的基因频率系统性的出现了增加或者减少，那就是人工选择或者自然选择的结果。
本章道金斯通过人工育种的实例，比如大白菜，狗，奶牛，让这些事实充分的证明了达尔文生物进化论的正确性。
第三章 报春花的宏进化之路
上一章重点介绍了人工选择对生物演化的深刻影响，这一章，道金斯通过自然选择和性选择的大量实例，继续论证进化论的正确性。
昆虫是最早的驯化者，更确切的说昆虫和花是一种互驯的关系，花粉的传播如果依靠风那么极为不稳定，如果通过吸引昆虫进行授粉，那么对传播花的基因来说更加具有优势，同时只有传播花粉能力强的昆虫才能获得更多能量从而生存繁衍下去，每一方都在驯服着另外一方，选择性地繁殖对方。
雌性与雄性之间也是在进行着选择和繁育，比如雄鸡头顶上的鲜艳的鸡冠，孔雀的尾巴，金丝雀的歌声。这就是性选择。
达尔文通过对小饲料鱼和琵琶鱼之间的互驯得出了自然选择这一伟大的结论。
随后道金斯通过控制变量的对照试验，通过选择繁育高产量的玉米油和系统性培育老鼠抗龋齿的特性来充分的证明自然选择的强大力量。
这一章与上一章，道金斯通过人工育种，自然选择和性选择对基因库的雕刻，从而演化出新物种这一系列事实充分的证明了生物进化论的正确性。
第四章 安静而缓慢的时间
本章主要介绍了放射性时钟这一工具是测量生物演化时间的重要工具，并没有什么重点内容就不多说了。
第五章 就发生在我们眼前
快速演化的事实。
在克罗地亚近岸有两个小岛，我这里将其简称为A和B，A岛上有一种地中海蜥蜴，主食是昆虫，但是B岛却不存在这种昆虫，生物学家将这类蜥蜴也放到B岛上，经过37年，当生物学家再次来到B岛的时候，他们发现这种蜥蜴发生了重大变化，其头部更宽，更大，朝着素食方向的发展，而其祖先，也就是生活在A岛的蜥蜴则是以昆虫为主食的，这二者之间由于环境变化，而出现了重大的分化。蜥蜴这类物种，演化的速度非常快，仅仅37年就发生了大分流，足以证明达尔文生物进化论的正确性。
伦斯基实验
密歇根州大学的理查德 伦斯基拿了一个大肠杆菌的单菌株并建立12种培养基。从那时起的每一天, 每一种培养基的样本已被转移到新鲜的以葡萄糖作为主要营养素的媒介。这个细菌现在经历了从实验开始超过的60000代。
伦斯基的实验带我们见证了以前所未有的细节见证演化。因为样品每隔75天被冻结，团队成员可以回去并精确的识别出他们看到的变化的基础基因突变。
伦斯基实验已成为进化的海报童，引起了试图离开令人信服的证据去解释的神创论者的惊恐。
孔雀鱼实验
孔雀鱼被随机分配到10个池塘中，5个是粗砂石，另外5个是细砂石，6个月后，实验者还往分别往两个粗砂和细砂的池塘放入了捕食者。
实验的结果是，在引入捕食者之前，鱼的个体平均斑点数飞速上升，这就是雌性鱼类性选择的结果，而在引入天敌之后，鱼的斑点数迅速锐减。在没有天敌的池塘中，粗砂的池塘环境斑点大的孔雀鱼占据优势，而细砂的池塘中，小斑点的孔雀鱼占据优势。
雄性鱼类在不同环境的变化是明显的朝更鲜艳的方向发展，这就是雌性鱼类的性选择，在缺失天敌的情况下，雄性鱼类可以毫无顾忌的自由的向这个方向发展。
第六章 缺失的环节？你说的缺失是什么意思？
什么样的证据才能驳倒进化论？最强大有力的证据就是发现一块化石出现在错误的地层，好的科学理论的特征之一就是很容易被证伪，但是目前尚未被证伪。
为什么寒武纪物种大爆发给人一种大量动物突然出现的错觉？因为只有在那个时间点，生物才演化出了骨骼，而只有骨骼才能形成化石。反对达尔文进化论的人一直在追问，既然你们说生物是在不断演化的，那么请给我看证据，给我看每个物种之间的缺环和中间形态，甚至有人会问，既然人是由猴子演化而来的，那为什么现在地球上还有猴子？
首先，没有任何现代物种起源于任何现代物种，千千万万的动物任意两种，都有一个共同祖先，我们和猴子的关系是，我们和猴子有一个共同祖先，只不过在演化的道路上分道扬镳了而已。其次，对于已发现的化石来说，其中每一个都是某一个物种和另外一种的中间型。
接着道金斯使用鱼类化石和鲸类化石来描述他们的演化历程，进一步反驳那些荒谬的观点。鲸类化石展现了其由陆生动物演化为鲸的过程，生物考古学家在非洲，巴基斯坦等地的岩层中找到了大量的过渡型化石，并且可以连成一幅完整的演化链条。
所以根本不存在什么所谓的缺失环节，每一个被发现的化石都可以被视为证明达尔文主义的有力证据。
第七章 缺失的人们？不再缺失
本章重点介绍的是人类的演化，我们的祖先从非洲出发前往世界各地，这样的事情发生过2次，我们不能混淆二者。所谓的直立人，爪哇人，北京人，这些都是第一次从非洲迁出的人类，并不是我们现代智人的祖先，而是我们的亲戚。
随着考古发掘的深入，人类化石链条越来越清晰，从最早300万年前的直立行走的黑猩猩露西，到直立人，爪哇人，北京人，尼安德特人，一直到今天的我们，证据链如此完整，不应该再怀疑所谓的人类的演化了。许多人认为没有中间型，就是对进化的否定，这是大错特错的，这就非常像成年人与未成年人之间的差别，虽然法定的投票年龄是18岁，但是我们都知道成长是一个长期的过程，没有人会在你18岁生日零点钟声敲响前后，真正把你区别对待。从南方古猿到现代智人，人类进化中包含了一系列的毫不间断的，生儿育女的过程，每一个生物学家都会将这些亲代与子代分类，而不会说这是中间型，无法分类。
本章和上一章，道金斯都重点回答了一个问题，根本不存在所谓的缺失环节，生物的演化过程并非一条直线地进行，而是有许许多多的分支分叉。从恐龙到鸟类，中间当然会经过带羽毛的恐龙这个过渡阶段。我们几乎不可能找到今天鸟类的那一个直系的祖先物种，因为概率实在太低。但我们却可以找到许许多多带羽毛的恐龙化石，事实上我们的确找到了成千上万，始祖鸟只不过是其中一个很平庸的成员。虽然这些物种中的很多后来走向了灭绝，但它们的存在足以证明恐龙到鸟的进化过程发生过了。所有带羽毛的恐龙，都是鸟类祖先的亲戚，而且很可能，鸟类的真正祖先就在其中。人类的演化也是如此，南方古猿经过经历各种形态，最终演化成了我们今天的样子。
第八章 你自己9个月就做到了
本章主要论述了生命体的发育机制，从而论证进化的证据。整个影响网络是这样的，基因影响蛋白，一个基因也影响其他基因，蛋白影响基因的表达，蛋白影响蛋白，膜结构，化学梯度，在胚胎中起引导作用的物理性和化学性路径，激素和其他远程媒介的作用方式，已经标记的细胞寻找其他拥有相同或者互补标记的细胞。这就是一个完整的复杂结构影响链。
DNA，这一关键的遗传信息，它所扮演的角色更像是食谱，而非蓝图。什么意思呢，所谓的蓝图，也就是像造房子一样，根据蓝图我们可以造出房子，如果一栋房子造出来了，而蓝图丢失了，我们也可以利用房子来画出蓝图，也就是说蓝图和房子是一一对应的关系。但是DNA与生命体的关系更像是蛋糕和食谱的关系，也就是说基因和身体没有一一对应的关系，就像是食谱和蛋糕的构造细节没有一一对应关系一样，基因可以被视作一个过程的指令，这一系列的指令是为了制造蛋糕。比如，我和你都按照同一张食谱来制作蛋糕，我们做出来的蛋糕一定不会是完全一样的。
根据蓝图建造的东西，整个过程可以逆转，而食谱则不可以，我们不可能根据一个蛋糕来推断出食谱，或许顶尖的师傅可以，但是也不一定可以百分百完全推断出来。
胚胎的发育是一种自下而上的机制，这个机制的核心算法就是基因指令，不是自上而下的蓝图设计，没有总设计师的规划功能。
第九章 大陆方舟
地理隔绝是许多生物开始分道扬镳的重要原因之一，本章就是重点介绍了地理隔绝对生物演化的重大影响。一旦两个基因库达到了不需要地理隔绝就能保持遗传上的独立这种程度，我们也就称他们为两个不同的物种。那些导致了地球上丰富的生物多样性的数以百万级的进化分歧，其中大多数都是始于一个物种的两个种群有机会分离，分列在地理隔离的任何一边。道金斯例举了大量的案例，比如加勒比海的蜥蜴种群，安圭拉的昆虫鸟类，加拉帕歌斯的一种鸟类（生僻字无法，打不出来）等等。
魏格纳的大陆漂移学说再次证明了地理隔绝理论的正确性，地球上动物的多样性表明许多动物不需要横框大洋才能来到别的大陆，因为它们早在远古大陆分裂之前就已经存在，生物考古学家在南极洲附近发现了大量的袋鼠类化石，这正好有力的证明了地理隔绝论对生物演化的重大影响。
第十章 亲缘关系树
由于现代动物是由一个共祖演化而来的，所以他们的骨架之间具有的相似性模式，就完全的呈现在我们的面前。生物学家可以用家系树这样一个方法，做一个简单的分类，所有的树谱都指向一个祖先物种。
接着道金斯用大量案例阐述了趋同演化的概念，由于不同物种在类似的环境中有类似的生活方式，于是它们演化出了大量相似的特征。比如食蚁兽与袋食蚁兽，袋狼与塔斯马尼亚虎等等。在大量的案例面前，道金斯认为在支持进化的真相方面，对比性证据的说服力总是远远地强于化石证据的说服力。
经常被引用的人和黑猩猩共有98%的遗传物质这个数字所指的既不是染色体数目，也不是整体的基因数目，而是人类和黑猩猩的基因DNA中碱基对彼此相匹配的数目。使用DNA或者蛋白质的对比证据可以用来确定动物之间彼此亲缘关系的远近，只要以此为每一个基因构造一棵关于基因相似度的谱系树，就可以成为证明进化论的有力证据。生物学家戴维潘尼教授就进行了此项研究，选择了猕猴，马，羊，袋鼠等等动物，最终成功证明了达尔文的正确性。
第十一章 历史写满我们的全身
本章的重点内容是，通过分析观察生物体的设计来彻底驳斥神创论所说的智能设计论。如果认为喉返神经是一项设计的产物，那么这一设计实在丢人。与“眼睛”相比，但是，就像看待“眼睛”的问题一样，在你忘掉设计，转而思考历史的时候，就讲得通了。为此，我们需要回到当我们的祖先还是鱼的时代。鱼有一个两腔的心脏，不像我们的心脏有4个腔。鱼的心脏通过一个被称为“腹主动脉”的大中央动脉，向前泵出血液。腹主动脉通常会发出6对分支，通向两侧任一侧的6个鳃。然后，血液流过鳃，在那里它变得富含氧气。在鳃之上，血液由6对血管收集的氧气汇入另一个下行至中部的大血管中，这个血管被称为“背主动脉”，负责供给身体的其他部位。这6对鳃上的动脉，就是脊椎动物身体“分节”设计的证据，这一点在鱼类体内比我们体内更清晰、更明显。令人称奇的是，这在人类胚胎中是非常明显的，人类胚胎的“咽弓”显然是来自祖先的鳃，通过观察它们详细的解剖结构，便可得出该结论。当然，它们没有鳃的功能，但5周大的人类胚胎可以被视为粉红色的有鳃小鱼。再一次，我不禁纳闷了，为什么鲸鱼和海豚、儒艮和海牛没有重新进化出功能性的鳃。事实上，它们像所有的哺乳动物一样在咽弓阶段，都具有能发育成鳃的胚胎“基架”，这表明发育成鳃应该不会太困难。
人类胚胎也有血管供给他们的“鳃”，与鱼类的供血血管十分类似。人类胚胎的每一侧
都有两条腹主动脉，带有按体节分布的主动脉弓，供给所在体侧的每个“鳃”，再连接到成对的背主动脉。这些按体节分布的血管，大多数在胚胎发育结束时已经消失，但是它们清楚地表明了“成人模式”是如何从“胚胎设计”中起源的，以及是如何从“祖先设计”中起源的。如果你观察孕后约26天的人类胚胎，你会发现，它对“鳃”的血液供应与按体节分布的对鱼鳃的血液供应十分相似。在妊娠后的几周里，血管模式按阶段简化，并失去了其原有的对称性，在婴儿出生时，其循环系统已变得严重左偏——完全不同于整齐对称、像鱼一样的早期胚胎。
鱼体内的迷走神经分支供给了6个鳃中的后3个，因此，对它们来说，从合适的鳃动脉后面穿过是很自然的。这些分支，没有什么“重返”现象：它们以最直接、最合乎逻辑的路线，抵达了它们的终端器官——那些鳃。
然而，在哺乳动物的进化过程中，脖子伸长了（鱼没有脖子），鳃也消失了，其中一些鳃变成了有用的结构（例如甲状腺和甲状旁腺），其他各种零碎的组织结合起来，形成了喉。那些其他的有用的结构，包括喉的组成部分，所接受的血液供应和神经联接，正是来自那些曾几何时，以有序的序列供应鳃的血管和神经的进化了的后裔。当哺乳动物的祖先与它们的鱼类祖先在进化道路上渐行渐远之时，神经和血管发现它们自己在向着令人费解的方向拉长并伸展，这扭曲了它们之间的相互位置关系。脊椎动物的胸部和颈部变得一团混乱，不再像鱼鳃那样是整齐对称且连续的重复。因此，喉返神经是非同寻常的扭曲变形的结果。
关于喉返神经迂回的长度，其见证是——解剖学家团队的各个成员同时在绵延的神经上进行解剖——靠近头部的喉部、心脏附近的回路以及它们之间所有的节点——却不会妨碍到彼此的工作，也很少需要彼此进行沟通交流。他们耐心地梳理出整个喉返神经的结构：第一次完成这一艰巨的任务。这项工作十分困难，因为神经非常细，甚至于它的回路部分就像缝纫用的线一样。
在气管周围错综复杂的薄膜和肌肉所组成的网络中，它很容易被忽视。在它的下行路线中，神经捆绑在较大的迷走神经上从喉部（其最终的目的地）几英寸处掠过而不入其门，这条神经继续下行，“走”过了整个脖子长度的距离，再掉过头来，返回抵达喉部。
任何一位聪明的设计师都本该拆掉喉返神经的下行部分，用数厘米的捷径取代数米的弯路。姑且不论这么长的神经所引致的资源浪费，我不禁怀疑长颈鹿的发声是否会遭到延迟，就像一个外国通信记者通过卫星线路说话的声音那样（延迟）。一位权威人士曾表示：“尽管拥有发育良好的喉部并且性情适宜群居，长颈鹿却只能发出低沉的呻吟或轻叫。”一只“口吃”的长颈鹿。对于这一整个关于“弯路”的故事，其精要即为——这个范例表明了远古生物远远不是被精心设计的。而对一位进化论者来说，重要的问题是为什么自然选择不像工程师那样：重新绘制设计图，并以一种合理的方式将其重新组装。
随着长颈鹿的脖子在进化过程中被慢慢加长，绕道的成本——无论是经济成本还是“口吃”的成本——都是逐步增加的。每毫米所增加的边际成本是微小的。但随着长颈鹿的脖子逐渐增长到目前惊人的长度，弯路的总成本或许也已经达到了它的临界值——假设在这个临界值时，一个突变的个体如果能将它的下行喉返神经纤维从迷走神经束中分离出来，并使其跳跃微小的距离抵达喉部，那么这个个体将能更好地生存，但要实现这种“跳跃”，这种突变难免会导致胚胎发育过程中出现一个重大变化——甚至是剧变。很有可能这个必要的突变永远不会出现。即使出现了，它也可能具有害处——在一个敏感而微妙的过程中，任何巨变都会不可避免地产生害处。即使截弯取直所带来的优势最终会完全超过这些害处，但是，每增加一毫米的迂回所导致的“边际成本”与现有的弯路 相比是微不足道的。即使，“重回绘图板”的解决方案是一个更好的主意（如果该方案可以实现），但是与之竞争的替代方案只是对现有的弯路进行些许加长，并且这种微小的加长所需的边际成本会很小。
本章道金斯用大量的事实和案例证明，任何哺乳动物体内的返喉神经都是驳斥设计师理论的有力证据。喉返神经只是与这类缺陷的“冰山一角”。事实就是有一股奇异的力量驱使喉返神经绕了一个大弯路，才达到它的目的地。这就是最终会促使亥姆霍兹把它退货的原因。但是，在你考察任何一个大型动物的内部结构时，你都会得到一个不可磨灭的印象，那就是——它是一团混乱！一位设计师，永远不会作出像绕行神经那样的错误设计；一个像样的设计师，也绝不会导致任何像下面这样的混乱局面——动脉、静脉、神经、肠、大量的脂肪和肌肉、肠系膜以及更多结构之间的纵横交错。
第十二章 军备竞赛和进化的神义论
奔跑速度快，体态敏捷的瞪羚，更容易逃脱狮子的捕食，因此瞪羚会向奔跑速度越来越快的方向进化。同样的，速度快，敏捷，爪子锋利，善于隐蔽的狮子更加容易捕食瞪羚，因此狮子也会向速度越来越快，越来越敏捷的方向发展。以此循环，军备竞赛就开始了。
但是这样就出现了一个有趣的问题，瞪羚和狮子的速度会不会一直快下去，甚至超越音速呢？答案当然是不可能的，因为生物在其他方面消耗的资源越多，用来生殖的资源就越少，别忘了，自然选择本质上选择的是增加产生后代成功率的基因，而不是生存率最高的基因。最后，在用来生殖的资源，和用来提高生存率，以提高生殖成功率的资源，会达到一个平衡，而不会无限制的增长下去。
当所有的狮子都竭力自肥、过度捕杀猎物物种至灭绝的边缘，大家的日子就糟糕了，即使最成功的个别狮子，也过不了好日子了。最后，如果所有的猎物都灭绝，整个狮群也将灭绝。计划者坚持认为，自然选择肯定会介入，阻止这种事情发生吧？但是，要再一次叹息——自然选择不会介入。问题就在于：自然选择不会介入——自然选择不着眼于未来，自然选择不对竞争的群体进行选择。如果自然选择对各群体进行选择的话，会有一些机会令“审慎的猎手”得到青睐。达尔文比许多他的继任者更清楚地意识到，自然选择所选择的，是一个种群内的互相竞争的个体。即使在个体竞争的驱动下，整个种群被驱策到灭绝的边缘，自然选择仍将有利于最有竞争力的个体——直到最后一只个体死亡的那一刻为止。自然选择可以驱动一个种群发生灭绝，而同时不断偏袒那些血战到底的有竞争力的基因（注定要成为最后的灭绝个体）。我们假设的计划者，是某一类经济学家——一位福利经济学家，他为某个总人口（或一个完整的生态系统）计算最佳的策略。如果我们一定要拿经济概念做类比的话，我们应该转而按照亚当斯密的“看不见的手”进行思考。
进化的神义论？
这一部分道金斯主要观点是自然选择没有感情，它就是默然的看着在地球上的各个物种，你有本事你就存活，你不行你就被淘汰，根本没有任何感情道德而言，这样的原则是和神学的原则是完全背道而驰的。正因为大自然的残酷性与上帝的仁慈性是有天然的矛盾的，所以生物根本不可能是上帝所创造。
第十三章 生命以此观之，何其壮哉
本书的最后一章非常简单，那就是达尔文的生物进化论是一个拥有大量证据证明的事实，无论这个理论多么残酷，都要承认进化是事实，而不是一个理论。