R语言绘制生存曲线图

本文转载自“中山医院赵博”，仅供学习交流使用。

下图显示内置数据集colon，病人rx处理分为三组（下图第三列），对照组：Obs，处理组一： Levamisole (Lev)，处理组二：Levamisole + 5-fluorouracil (Lev+5FU)

# loads dplyr

library(dplyr)

# core survival analysisfunctions

library(survival)

# recommended forvisualizing survival curves

library(survminer)

#加载内置colon数据集

data(colon)

#list directory contents

ls(colon)

得到如下图：

#创建生存对象

fit <- survfit(Surv(time, status)~rx, data=colon)

#level()是为了看分组水平情况，以确定对照组，一般level（）之后第一个为对照组

levels(colon$rx)

ggsurvplot(fit,risk.table=TRUE,#生存统计统计表

                  conf.int=TRUE,#添加置信区间带

                  palette = c("skyblue","green","red"),#颜色设置

                  pval=TRUE,#log-rank检验

                   pval.method=TRUE)#添加检验text

至于是treatment中的哪一组与Obs相比，显著性，差异性更大，需要查看Lev和obs对比的p值及HR，以及（Lev+5FU）和Obs对比的p值及HR，评价分组的治疗效果

#Cox Regression,评价rx分组后治疗效果

fit1<-coxph(Surv(time, status)~rx, data=colon)

fit1