学习小组Day3笔记--梦幻天堂

今天学习Linux环境下的软件安装，大致浏览了一下，感觉有点难。但是我相信自己肯定能完成作业。下面开始。。。

准备工作

• 检查有没有bzip2。

很幸运，腾讯云有。

Snipaste_2018-10-24_15-26-17.png

如果没有的话开始安装，输入代码为
yum install -y bzip2
百度科普了一下bizp2。

bzip2 是一个基于Burrows-Wheeler 变换的无损压缩软件，压缩效果比传统的LZ77/LZ78压缩算法来得好。可以免费使用。它广泛存在于UNIX && LINUX的许多发行版本中。bzip2能够进行高质量的数据压缩，能够把普通的数据压缩10%至15%，压缩的速度和解压的效率都非常高！支持大多数格式，包括tar、gzip 等等。

• 安装miniconda

自我科普conda和miniconda，引自生信星球。今天主要学习安装miniconda。

conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。也就是Linux应用商店。
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙
miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域

1. 登陆服务器，终于明白只要load以前保存的任务就好（以往都是粘贴IP）。
2. 进入biosoft目录。 忘记用tab键，返回上级目录重新开始，发现tab键确实很好用。
3. 代码wget 加下载链接。找不到3.6版本的，下载3.7版本的。需要注意的是（引自生信星球）

粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

Snipaste_2018-10-24_15-54-42.png

不小心点错了，关闭，再打开发现有自我保存功能，庆幸。。。

4. 开始安装。bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 一路enter，yes，跌跌撞撞到最后，source ~/.bashrc激活。输入conda，看到满屏信息，貌似安装成功，非常顺利，窃喜。
   
   

   Snipaste_2018-10-24_16-07-03.png
5. 添加镜像。引用花花家代码。

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

准备工作结束。Oh，my god！折腾了半天只是准备工作。

开始使用conda

• 安装并卸载fastqc软件

1. 查看安装软件 conda list
   

   

   Snipaste_2018-10-24_16-08-52.png

2. 搜索软件，比如fastqc
   conda search fastqc

3. 安装fastqc软件，加上Y是自动安装。
   conda install fastqc -y
   

   

   Snipaste_2018-10-24_16-37-12.png

4. 卸载软件
   conda remove fastqc -y
   

   

   Snipaste_2018-10-24_16-40-36.png

• 建立不同的conda环境

因为不同项目需要不同版本的软件，为了防止同一软件互相干扰，所以需要建立不同的操作环境。

1. 先看有哪些环境
   conda info --envs
   只有一个环境，如图

   

   Snipaste_2018-10-24_16-42-19.png

2. 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，并安装软件fastqc、trimmomatic。
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   trimmomatic主要是数据过滤的作用，过滤低质量序列。
   

   

   Snipaste_2018-10-24_16-47-06.png

3. 重新查看环境多了一个。

   
   
   

   Snipaste_2018-10-24_16-47-47.png
   
   

   *代表默认环境，没有改变，因为新环境未激活。

4. 激活新环境
   source activate rna-seq
   

   

   Snipaste_2018-10-24_16-50-16.png
   
   输入软件名称看到大段说明文档，欣喜。
   
   

   Snipaste_2018-10-24_16-52-17.png

5. 卸载环境中的软件
   conda remove -n rna-seq fastqc -y
   卸载环境（注意退出当前环境）
   conda remove -n rna-seq --all
   先失活环境
   source deactivate ren-seq
   

   

   Snipaste_2018-10-24_17-01-01.png

思维导图

Linux环境下软件安装.png

今天学习结束。感觉没有那么难！