对于刚做lncRNA研究，特别是做过microRNA研究的的小伙伴来说，对于lncRNA的命名会经常疑惑，特别是对于拿到高通量数据的小伙伴来说，经常会问，为什么我的lncRNA是RP11-252P19.1，ENST00000412680，NR_028388，BC039327这种，而别人的就是MALAT1，HOTAIR等高大上的feel呢？这就是lncRNA的命名所导致的。
实际上，lncRNA的命名还没有统一的原则，就跟lncRNA的功能一样，没有定法，因此我们这一季选择lncRNA这一角度来从不同的层面阐述分子机制研究的研究方法：表达、活性和定位。功能的复杂性使得我们能从不同的角度对lncRNA进行研究，而lncRNA命名的无规则性又使得我们无所适从。有时候一条lncRNA根据不同的命名方式，会有不同的命名。其实，lncRNA命名原则跟给孩子起名是很像的，如果只看一个人的身份证号，我们大部分人也是晕的，不过如果看到毛主席的孙子、马云的秘书、某省的省长等头衔和称谓，那我们就有概念了。说白了，所谓的命名无非是表明身份而已，当然，如果这条lncRNA成名了，比如MALAT1（metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1），我们在做研究的时候就不会局限在肺癌中了，就像朝鲜的现任领导人是最成功的80后一个道理。
好了，闲话不多说了，我们正式说lncRNA的命名原则。
1. 根据lncRNA与疾病的关系，比如：
CCAT1：Colon cancerassociated transcript-1；
MIAT ：myocardial infarction associated transcript，也叫RNCR2 (retinal non-coding RNA 2)；
UCA1：Urothelial carcinoma associated 1 ；
HULC：Highly Upregulated in Liver Cancer。
2. 根据lncRNA与周围基因的位置，比如：
BACE1-AS：BACE1 antisense RNA；
HIF1A-AS2：LncRNA hypoxia inducible factor 1alpha antisense RNA-2；
lincRNA HOTAIR：lincRNA HOX transcript antisense RNA；
HOTTIP：lncRNA HOXA transcript at the distal tip (HOTTIP)；
而lncRNA asf的命名就直接是调控靶基因Fas的字母反过来。
3. 根据lncRNA与基因上下游的调控关系，比如：
BANCR：BRAF-regulated lncRNA 1；
ATB ：lncRNA-activated by TGF-β；
PANDA：P21-associated noncoding RNA DNA damage-activated。
4. 根据lncRNA参与的生物学功能，比如：
LincRNA-ROR：Long Intergenic Non-Protein Coding RNA, Regulator Of Reprogramming；
Xist：X-inactive-specific transcript；
GAS5：growth arrest-specific 5。
5. 根据在细胞内的定位，比如：
Neat1：LncRNA nuclear-enriched abundant transcript 1。
当然，这是我们根据现在查到的分子进行总结的，有的就直接使用我们前面提到的ENST，RP等ID来用，也未尝不可。
文章转载自小张聊科研微信公众号