医学生物信息学文献第1期:ER阳性乳腺癌患者中LLGL2通过促进亮氨酸摄取来缓解营养压力

​乳腺癌是当前影响女性生命健康最重要的一种癌症,根据神刊CA杂志发布的2018年癌症统计报告,在过去的一年中,新增的女性癌症患者大约有860万,其中有24.2%为乳腺癌;因为癌症死亡的女性有420万,其中乳腺癌患者占据15%。由此可见,乳腺癌是众多癌症中新增病例最多,死亡率最高的癌症。

虽然乳腺癌已经严重威胁到女性的生命健康,但是目前能有效治疗乳腺癌的药物并不多,其中最主要的原因是缺乏靶点以及病人异质性导致的治疗抵抗。

根据乳腺癌细胞表面三种重要分子(分别为雌激素受体ER、孕激素受体PR和人表皮生长因子受体2 HER2)的表达情况,可以大致将乳腺癌分为3大类,分别为雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌、人表皮生长因子受体2阳性(HER2+)乳腺癌和三阴性乳腺癌。

今天分享的这篇Nature文章是一项在乳腺癌治疗领域取得重大突破的研究,然而,就是这样一项让人兴奋不已的研究成果却是来源于一场意外,下面我们一起来见证这场美丽的意外吧。

这篇文章于2019年4月17日发表在Nature杂志上,通讯作者是哈佛大学医学院的Senthil K. Muthuswamy教授和丹娜-法伯癌症研究所的Myles Brown教授。

在这篇文章中,作者发现ER+的乳腺癌中LLGL2能通过提高亮氨酸摄取来缓解营养压力。

研究背景:ER+乳腺癌占据女性乳腺癌患者总数的65%-75%,具有较高的发病率,目前针对这种癌症的主要治疗手段是内分泌治疗,其主要的策略就是靶向ER的抑制剂或者是能够与雌激素竞争性结合ER的激素类似物。

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临床上应用较多的药物是他莫昔芬,它就是一种雌激素类似物,但是很多乳腺癌患者对他莫昔芬不敏感,其中的机制目前还不清楚,如何提高他莫昔芬的敏感性也一直是研究的重点和难点。

LLGL2是果蝇中LGL蛋白的类似物,在果蝇中它作为一种肿瘤抑制因子,能够抑制肿瘤生长,但是在哺乳动物中LLGL2是否影响肿瘤的发生发展目前还不清楚,本文就对这个问题进行探究。

为了探究LLGL2对乳腺癌发生的影响,作者检测了不同类型乳腺癌细胞中LLGL2的表达,发现在ER+乳腺啊癌中,LLGL2高表达,并且通过KM plot生存分析也揭示高表达LLGL2的病人,其生存率降低,这暗示LLGL2促进乳腺癌发生。并且通过免疫组化等试验验证了这一点。

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为了确定这个结果,作者在乳腺癌细胞中过表达LLGL2,发现在正常培养基中,细胞的增殖无明显变化(想想此时,作者估计已经泪奔)。

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正常培养基

作者发现在血清饥饿的情况下,过表达LLGL2明显促进了细胞的增殖,这暗示血清对LLGL2功能的发挥至关重要。

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血清饥饿培养基

当我看到这里的时候,我就在想,作者是怎么想到这点的,后面查了一下,作者是在一次偶然的实验中,作者忘了在培养基中加入血清(我也曾经忘了加血清,悲剧的是我没有收到意外结果,却收到了导师的臭骂),却意外的发现了这一现象。

按照功能基因的基本研究套路,有过表达,就有敲低,作者RNAi敲低LLGL2,发现在无血清培养基中,敲低LLGL2能够抑制肿瘤细胞的增殖。

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与过表达一样,敲低LLGL2,在有血清情况下,细胞的增殖不受影响。而无血清培养条件下,增殖受到抑制。

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作者rescue实验进一步证实LLGL2的作用。

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上面这些都是在细胞水平上的实验,作者在动物水平上也进行了验证。

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然而,LLGL2促进增殖是因为无血清条件下诱导的还是LLGL2本身具有调节细胞增殖的能力,需要进一步的验证。敲除LLGL2并不影响细胞的存活,因此LLGL2是细胞增殖的调节因子,而不是在无血清条件下细胞自身血清饥饿诱导产生的抑制作用。

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接下来作者探究血清中究竟何种因子调控LLGL2对肿瘤细胞生长的促进作用。作者将血清过滤掉氨基酸和其他低分子营养物质,但保留了生长因子。10%透析胎牛血清lgl2- kd细胞增殖受损。表明lgl2基因的下调,细胞的增殖依赖血清中低分子营养物质。

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讲到这里,有一个问题,在有血清条件下,无论是过表达还是敲低,细胞增殖都不受影响。在无血清条件下,过表达LLGL2促进增殖,而敲低,抑制增殖。按照敲低LLGL2,细胞在没有低分子营养物质培养基中增殖受到抑制,说明细胞的增殖依赖血清中低分子营养物质,但在无血清条件下,过表达LLGL2促进增殖,这里的培养基中可没有低分子营养物质,LLGL2又是怎样促进增殖的??

作者通过代谢组学的分析,在LLGL2-KD与对照组MCF-7细胞之间差异显著的前50个代谢物中,对照组中必需氨基酸含量较高,LLGL2-KD细胞中必需氨基酸含量低于对照组。

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在9种必需氨基酸中,LLGL2-KD细胞的亮氨酸、异亮氨酸和色氨酸均低于对照细胞,无论是在培养细胞中还是在体内肿瘤细胞中都不同程度地降低了LLGL2-KD细胞中的亮氨酸、异亮氨酸和色氨酸。作者也就发现血清中的这些氨酸在其中起着至关重要的作用。

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作者测试了在营养胁迫下,补充过量的极限氨基酸是否可以挽救生长。结果发现只有过量的Leu才能挽救LLGL2- kd细胞的增殖,说明LLGL2通过促进Leu的摄取来支持细胞增殖。

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与LLGL2-KD细胞相比,对照组细胞对过量的Leu和Gln不敏感,排除了非特异性作用。

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过表达的LLGL2 (LLGL2- oe)足以促进细胞在LQ压力培养基(one-tenth the normal concentration of Leu and Gln)中的增殖。表明LLGL2过表达足以使细胞适应LQ胁迫。这也就解释了前面提出的那个问题!在正常培养基中,LLGL2正常表达或过表达时对过量的氨基酸不敏感。

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而超过10倍的Leu和Gln增强了LLGL2-OE MCF-7细胞的生长,但没有增强对照组细胞的生长,从而确定了细胞LLGL2水平与LQ调控的细胞增殖之间的定量关系。

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进一步研究发现,与亲代细胞或LLGL2-OE细胞相比,LLGL2-KD细胞对细胞外亮氨酸的消耗效果较差。表明LLGL2的细胞内水平影响亮氨酸的消耗。

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接下来作者探究LLGL2促进亮氨酸摄取的机制,由于LLGL2并没有氨基酸转运能力,这表明这个过程可能需要其他蛋白的介导。在10×LQ培养基中,LLGL2-OE或LLGL2-KD细胞的细胞内Leu均呈上升趋势或明显升高;然而,其他氨基酸的水平呈现出不同的模式。

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由于没有细胞极性蛋白影响Leu摄取的先例,并且认识到LLGL2是支架蛋白,我们在极化和生理条件下进行了proximity-dependent biotinylation(BioID)分析。与野生型的LLGL2类似,标记生物素连接酶(BirA*)融合的LLGL2保留了在营养胁迫下促进MCF-7细胞增殖的能力。

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通过质谱检测,作者发现LLGL2能与SLC7A5和YKT6结合形成三聚体,从而将SLC7A5锚定在细胞膜上,SLC7A5是一种氨基酸转运体。并且在5种SLC蛋白中,SLC7A5的相互作用最强。

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然后作者进一步分析发现,在ER + / PR +乳腺癌患者中,高水平的SLC7A5 mRNA与与患者临床预后不良相关。

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共免疫沉淀分析表明,在营养胁迫条件下,LLGL2与SLC7A5和SLC1A5相互作用。此外,SLC7A5和LLGL2在细胞连接处共定位,进一步证实了LLGL2与SLC7A5相互作用促进细胞在营养胁迫下增殖的假设。

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与在氨基酸转运中的作用一致的是,与对照MCF-7细胞相比,LLGL2的敲除降低了mTOR途径靶点s6激酶的磷酸化,这表明LLGL2是氨基酸诱导的ER+乳腺癌细胞mTOR活化的调节器。

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在MCF-7或T47D细胞中敲除SLC7A5(SLC7A5-KD)可在粘附和非粘附条件下损害细胞增殖,rescue实验进一步验证这一结论。

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与对照组MCF-7细胞不同,原位移植SLC7A5-KD细胞不形成肿瘤。

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此外,亲代MCF-7肿瘤在使用选择性抑制SLC7A5的JPH203治疗后显著消退。

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SLC7A5的过表达足以支持细胞在营养胁迫下的增殖。

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总之,这些证据证明了SLC7A5是ER+肿瘤细胞在培养和体内增殖的关键调控因子。

虽然SLC7A5的总蛋白水平不受影响,LLGL2-KD细胞、SLC7A5在细胞间连接中丢失。

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根据表面蛋白的生物素标记,LLGL2-KD细胞中SLC7A5的细胞表面水平(而不是E-cadherin)明显低于Control组或Rescue组。

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乳腺癌组织免疫组化染色证实膜定位SLC7A5在llgl2高ER+肿瘤中表达,而在llgl2低ER -肿瘤中不表达。

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与LLGL2相比,乳腺癌细胞中SLC7A5的总表达量不随ER状态而变化。ER+细胞的生长,而不是ER -细胞的生长,在 2-aminobicyclo-(2,2,1)-heptane-2-carboxylic acid(BCH,选择性SLC7A5抑制剂,破坏亮氨酸转运)反应中明显受损。

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ER -乳腺癌细胞表面SLC7A5水平低8倍。表明LLGL2与SLC7A5细胞表面水平之间的关系与ER+细胞有关。

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尽管LLGL2和SLC7A5以及细胞表面SLC7A5之间的相互作用在养分充足的条件下可以检测到,但两者都是由养分胁迫诱导的,这表明细胞通过增加表面SLC7A5来适应养分胁迫。

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值得注意的是,膜定位缺陷的llgl2多碱基(llgl-pb)突变体保留了与slc7a5相互作用的能力,但未能在营养胁迫下挽救llgl2-kd细胞的生长。

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为了鉴定lgl2 - slc7a5复合物的其他成员,我们研究了YKT6的作用。内生YKT6在养分胁迫下与SLC7A5和LLGL2形成三聚体复合物。YKT6的敲除抑制了营养胁迫下细胞的增殖,并降低了SLC7A5的表面水平,抑制了LLGL2的菲可比性敲除。YKT6是LLGL2-SLC7A5途径的一部分,调节SLC7A5的表面水平和对营养胁迫的适应。

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用雌激素(E2)刺激MCF-7和T47D细胞,诱导LLGL2表达增加。

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我们研究了LLGL2是否是雌激素受体(ER)的靶点,是否参与E2诱导的细胞增殖。对照细胞和LLGL2-KD细胞均不能在缺乏雌激素活性的培养基中增殖。表明LLGL2是E2诱导细胞增殖所必需的。

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E2刺激足以在LQ应激条件下恢复细胞增殖。值得注意的是,LLGL2基因的下调抑制了E2在营养胁迫下拯救细胞增殖的能力,表明e2诱导的细胞增殖依赖于LLGL2

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LLGL2过表达促进E2诱导的MCF-7细胞增殖,提示LLGL2水平与E2调控的细胞增殖之间存在定量关系。

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作者在受E2刺激的MCF-7(基因表达综合登录号GSM1534722)和E2/孕酮处理的T47D(GSM1669014)细胞和乳腺癌标本(GSE32222)的染色质免疫沉淀测序(CHIP-SEQ)数据中观察到一个与组蛋白H3乙酰化(H3K27ac;图4D)的开放染色质区域相一致的ER结合位点(ERE),这表明LLGL2可能是ER介导的转录的直接靶点。为了验证LLGL2在营养胁迫条件下调控E2诱导增殖的特异性,我们利用CRISPR-Cas9基因编辑技术消除了LLGL2基因第2内含子523 bp的ERE。

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E2刺激不能诱导LLGL2中缺少ERE位点的细胞表达LLGL2,但对照细胞没有影响,说明内含子2中的ERE是E2诱导LLGL2表达的重要介质。删除ERE而不是控制区可以阻断E2诱导的细胞增殖,表明E2介导的对营养胁迫的适应需要LLGL2的表达。

在接受三苯氧胺治疗的799例ER+乳腺癌患者中,LLGL2或SLC7A5的高表达与生存率低相关,表明LLGL2和SLC7A5可能与三苯氧胺抵抗有关。在三苯氧胺耐药(TAMR)MCF-7细胞中,SLC7A5的总蛋白和细胞表面水平显著上调,而LLGL2的水平没有任何显著变化。

总结这篇文章,作者意外的发现:在血清饥饿的情况下,雌激素能够与LLGL2基因的第二个内含子结合,促进LLGL2表达,后者在YKT6的协助下促进SLC7A5的膜定位,促进SLC7A5的亮氨酸的摄取,进而提高肿瘤生长,因此,SLC7A5和LLGL2可以作为ER+乳腺癌的治疗靶点。

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