撰文:朱平,电子科技大学生命学院2008级生物技术专业本科,现于北大-清华生命科学联合中心攻读博士,研究方向为表观遗传学。
从08年本科到现在博士即将毕业,我与生命科学打交道将近9年。借此机会,我来讲一讲我与生命科学的几个小故事。
(一) 选择生物学 — 意料之外
我很庆幸我选择了生物学。
我还清楚的记得,高考填报志愿的时候,我想学习电子专业,于是我选择了电子科技大学。当时,电子科大在湖南还招收生物技术专业的学生。作为第二专业,我选了生物技术,理由很简单,我自认为我的高中生物学的还不错。但是,我并没有想过我会被生物技术专业录取上。
生活中总有些你意想不到的事情发生。收到电子科大的录取通知书时,我才发现我是被生物技术专业录取了。
虽说21世纪是生命科学的世纪,但是在电子科大读生物学,我理解不了,我妈更理解不了。为此,我妈还着实批评了我一番。这算是意料之外的事情,但也正是这个意外,才有了后来的故事。换个角度想,这是一件值得庆幸的事。
(二) 电子科大生物技术专业 — 交叉学科
写这篇短文,算是一个回忆的机会。有一个问题一直困扰着我,我该怎么描述我学的生物技术专业?在回想我所学的过程中,我突然觉得一个词特别适合用来描述电子科大的生物技术专业,那就是“交叉学科”。
何以体现交叉?除去传统的生物课程,我给大家列举几门我们学习的必修课:《大学物理》、《有机化学》、《计算机算法与导论》、《C语言基础》、《概率论与数理统计》、《线性代数与解析几何》、《数值计算》、《高等数学》、《微积分》。
暂时回想起这些课程,名称可能有出入,主要内容基本如此。仅这些就包含了物理、化学、计算机、数学4门学科,足以说明电子科大生物技术专业是一门交叉学科。
因为交叉,我既学到了传统的生物知识,也学到了计算机编程和数理统计等知识,为我之后的工作打下了基础。
(三) 生物信息学启蒙 — 与黄健老师的邂逅
相比于传统的生物实验,我对计算机编程和数理统计更感兴趣。所以在本科前两年时间里面,我用大部分时间学习了计算机编程。难道我之后要改行做IT(信息技术)?显然我不希望这样,因为我当时有一个单纯的想法:做一名生物科学家,有朝一日能够做一件影响全人类的事情。
学院有一个好传统,二年级结束之后所有学生需要进入实验室跟着导师做研究,为毕业设计做准备。
在一次学院安排的宣讲会上,每个实验室的负责老师为全院同学介绍自己的实验室。我印象最深的是黄健老师,他在幻灯片上引用了国外一位科学家的话,大意如下:“随着生物学的发展,最终生物学家需要的研究工具就是一台计算机,像数学、物理等领域的研究一样,利用电脑对各个生物过程进行理论模拟,我们就可以解读生命的奥秘”。
当然,目前的生物学研究还无法达到这一理想状态。但是,透过黄老师的报告,第一次,利用计算机对生物问题进行研究的想法深深吸引了我。于是,我联系上了黄老师,开始了我的生物信息学之旅。
(四) 基因组学 — 解读生命的奥秘
我们中国有这么两句话:一是“种瓜得瓜,种豆得豆”;二是“龙生九子,不成龙,各有所好”。我认为这就是人们对于基因组学最通俗且直观的理解。
我们人体是由一个个微小的细胞组成的,有研究估算了组成一个成年人体的细胞数目为数十万亿个。这里的细胞就好像我们建房子用的砖块一样,是最基本的单元。理论上讲,对于一个个体,这数十万亿个细胞里面都包含了一套相同的物质,这就是遗传信息,我们也可以称之为基因组。基因组很有意思,瓜和豆的基因组不一样,所以瓜和豆他们各自的后代仍然是瓜和豆,不会出现瓜的后代是豆,也不会出现豆的后代是瓜。但是,同样是龙,为什么生出的龙子会各不相同呢?这也是基因组决定的!基因组如何决定的呢?这就是我们要研究的基因组学,它蕴含了生命的奥秘。
除了上面简单的例子,我想只要是和生物相关的问题都与基因组相关,这包括我们经常会遇到的人的生老病死。
给大家讲一讲我们实验室之前研究的一个问题。如何避免有遗传缺陷的婴儿出生?比如唐氏综合征、多指畸形等等。
我们知道,孩子的遗传信息是通过爸爸和妈妈共同遗传过来的。如果孩子有遗传疾病,那极有可能是父母中至少一方传给孩子的是带有致病能力的遗传信息。通过体外受精,我们可以同时培育多个受精卵,通过基因组筛查,计算比较,我们可以拿到拥有完全正常遗传信息的胚,然后移植到母亲体内,从而获得健康的小宝宝。通过这种方式,我们可以将患病概率从75%、50%降低到0%,这就是基因组学的魅力。因为这项技术,第一例避免先天遗传疾病的健康宝宝在中国出生。
如果我们将基因组这套遗传信息用文字的形式记录下来,它其实就是一本由四个字母A、C、G、T组成的书。地球上有很多物种,对于不同物种,这本书的大小不一样。人的这本书包含了3个亿的字母,而我们肉眼看不到的细菌可能就只有几万个字母,病毒则更少。怎么解读这本书呢?我们可以利用生物信息学的手段!这也就是我正在做的事情!(听起来好像很高大上)
(五) 路漫漫其修远兮 — 吾将上下而求索
从人类基因组这本书2005年绘制完成,基因组学的研究才算步入了正轨。世界各国尝试绘制不同物种的基因组,希望通过比较不同物种的遗传信息,把基因组翻译成我们人类可以理解的语言,以窥得基因组的冰山一角。之后,我们还需要找到生老病死的根源,真正解读生命的奥秘。
我认为基因组这本书就是一本关于起源的书,一切生命的起源都可以从中找到答案。解读基因组的路还很漫长,我相信我将会在这条路上看到一些独特的风景。
(六) 致谢 — 相遇、陪伴与激励
在电子科大生命科学学院学习是我的幸运,感谢母校和学院老师对我的培养,感谢一路走来所有亲人朋友的陪伴与支持。
借此机会,祝福母校建校60周年,祝愿母校早日成为世界一流学府!祝福生命科学学院成立15周年,愿学院壮大发展,培养更多优秀的人才!
(七) 寄语 — 大胆求知,小心求证
大学四年是美好而难忘的四年,尽管已经过了近五年时间,今天我回想起大学生活时,经历的人和事都还历历在目,记忆犹新。
希望学弟学妹们好好珍惜大学时光。在求知的路上,保持好奇心,大胆去探索。同时,敢于置疑,不一味接受。
2016/10/28
朱平
附朱平已发表论文
共同一作(点击查看):
1. Tracing haematopoietic stem cell formation at single-cell resolution. Nature, 533, 487–492 (26 May 2016)
2. Chemical pulldown reveals dynamic pseudouridylation of the mammalian transcriptome. Nature Chemical Biology11, 592–597 (2015)
3. Profiling DNA methylome landscapes of mammalian cells with single-cell reduced-representation bisulfite sequencing. Nature Protocols10,645–659(2015)
4. The DNA methylation landscape of human early embryos. Nature, 511, 606–610(31 July 2014)
5. Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing. Genome Research,2013,23(12):2126-35
联合作者: