Jimmy的四个GEO分析的万能R包-安装和使用

前期推进和使用了Jimmy的四个GEO分析的万能R包，详情可以参考Jimmy的GitHub和生信技能树公众号。
生信技能树良心佳作-Jimmy的四个GEO分析的万能R包 - https://www.jianshu.com/p/15c772ebcc03

首先是安装和载入

library(devtools)
#安装idmap1
install_github("jmzeng1314/idmap1",force = T)
library(idmap1)
#安装idmap2
install_github("jmzeng1314/idmap2")
library(idmap2)
#安装idmap3
install_github("jmzeng1314/idmap3")

library(idmap3)

使用代码

library(GEOmirror)
eSet=geoChina('*')代表GSE号
eSet
eSet=eSet[[1]]

 
library(idmap2)
library(idmap3)
gset=geoChina('*') #*代表GSE号
gset
a=exprs(gset[[1]])
a[1:4,1:4]
gpl=gset[[1]]@annotation

library(idmap1)
ids  <-  getIDs('*')#*代表GPL号码
#or
ids <- getIDs('gpl')
head(ids)

library(idmap2)
b=idmap2::get_soft_IDs(gpl)
head(b)

ids2=get_soft_IDs('*')#*代表GPL号码

library(idmap3)
ids3=get_pipe_IDs('*')#*代表GPL号码
ids=idmap3::get_pipe_IDs('*')#*代表GPL号码
#or
ids <- idmap2::get_soft_IDs('*')#*代表GPL号码