新学期开始啦,实验室的小白进阶实验大咖,制霸实验室的第一步就是:核酸抽提!
核酸抽提是非常基础的实验,方法有很多,可是选择哪一个能够成功呢?
小编这里给的建议是:买个靠谱的试剂盒……
进口的试剂盒太贵,那就买个靠谱的国产的就好。实验室里自己配试剂抽提DNA、RNA不要太麻烦,超级考验操作熟练程度,结果还不稳定。实验失败了,你上网查了一箩筐的操作指南都不能让你明白到底是哪里出现了问题。所以只要你的导师不是太太太太抠,这点儿小钱花了还是花了吧,毕竟核酸质量高是后续实验的基础。
试剂盒抽提也是有很多技巧的,小编从其明信息实验室弄来了祖传(十几年而已
)的RNA提取实验宝典。
试剂准备
试剂准备:以QIAGEN试剂盒为例
miRNeasy Mini Kit (QIAGEN 货号:217004)
RNase-Free Dnase Set(QIAGEN 货号:79254)
注:其明实验室为保证实验结果,使用的都是进口试剂盒。因此文中提及品牌和货号真的不是广告。
实验前准备
实验前准备:
实验进行之前先用75%的乙醇拭擦实验台,减少实验台面灰尘并消毒。
注意事项:
如果试剂盒是新开启的,请注意按照以下要求加入无水乙醇,并做好已经加入无水乙醇标记。
洗液RWT中需要加入30ml无水乙醇,混合均匀。
洗液RPE中需要加入44ml无水乙醇,混合均匀。
79254(DNaseI)中需加入550ul的水,79254(DNaseI)加水后,试剂在4度只能保存一个月。如果一个月内使用不完,请根据用量分装,保存于-20℃。
开始提取RNA
RNA抽提过程分为几个步骤:样本处理(样本裂解)、氯仿萃取、RNA吸附于吸附柱、DNA消化、洗涤、洗脱。
01
样本前处理
常见样本裂解分为三种情况:细胞、组织、全血。
细胞:一般6次方细胞加入1ml的QIAZOL裂解液, 用移液器反复吹打裂解细胞,待无细胞沉淀后室温放置10分钟。
组织:液氮研磨组织后,加1ml的QIAZOL裂解液,室温裂解10分钟。
全血:将抗凝血加入到3倍体积QIAZOL裂解液中,室温裂解10分钟。
注意:裂解液可以稍多一点,但是绝对不能加少,裂解不完全可能会导致RNA降解或无法得到预期结果。
02
氯仿萃取
样本裂解完全后加入氯仿,每1mlQIAZOL加入200μl氯仿后剧烈震荡,室温放置3min,然后4℃ 13000rpm离心15min。剧烈震荡是为了使萃取更充分。
03
含RNA水相过柱
离心结束后将样本管取出,此时一般会发现管内液体分为3层:上层为无色透明的水相,中层为白色的蛋白层/组织层,下层为与裂解液颜色类似的酚相。将上层水相吸出至一新的2ml离心管,注意绝对不要扰动中间层,一旦碰到必须重新离心,否则会导致结果有蛋白污染。
▲液体分层(图片来自其明信息实验室)
向吸出的水相中加入1.5倍体积的无水乙醇,混合均匀,将溶液转移至吸附柱(吸附柱放置在2ml收集管中),10000rpm离心30秒,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中;如还有样本剩余,重复以上步骤。经过这一步RNA会吸附在吸附柱的膜上。
向吸附柱加入350μl RWT,10000rpm离心30秒,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中,之后在膜上进行DNA的消化。
04
DNA酶消化
70μl的RDD加入10μl的DNaseI. 由于DNasel比较脆弱,需轻柔混合,尽量避免产生气泡。向吸附柱加入80μl DNaseI混合液,室温放置15min。注意DNA酶一定要现配现用。
05
洗涤
消化结束后进行洗涤操作,加入500μl RWT,10000rpm离心30秒,倒掉收集管中的废液;
加入500μl RPE洗涤液洗涤,每次10000rpm离心30秒,弃废液,之后再用500μl RPE重复洗涤一次。
弃掉收集管废液,13000rpm,空管离心2min,去除痕量乙醇。
06
洗脱
最后把吸附柱移到新的1.5ml无RNase收集管中,然后加入30μl的RNase-free Water,13000rpm离心1min洗脱,得到RNA溶液。为增加收率,可将RNA溶液再次加入吸附柱上,13000rpm离心1min,收集样本,保存于-80℃低温冰箱。
按照以上操作,就得到想要的RNA样品了,后续你可以通过各种方法检测RNA的质量和完整度,判断其是否满足后续实验要求。
文中使用的RNA提取方法是Trizol裂解液法(QIAZOL),理论都是一样的,只是不同试剂盒的用量和操作步骤略有不同。
大家都知道RNA酶无处不在,RNA非常容易降解。下一期会将专门给大家讲一讲RNA抽提过程中的注意事项。
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原创: 小菜鸟