1981年，阿肯色州的立法机关通过了一项法案，要让"科学创造论"与"进化科学"得到同等的待遇。反对这法案的人立刻上诉，要求法院宣告该法案不符合联邦宪法，因而开始了一场并非势均力敌的决斗。
阿肯色州的这项法案出自一些不太精明的行动主义者，他们不知道怎样在他们非常狭隘的原教旨派之外取得同情与支持。结果他们面对的是要维护科学及自由派宗教人士的联合反击，因为后者深怕极端性宗教有太大的影响。这联合阵线不但包括教育家和科学家，也包括美国公民自由联盟，以及令人注目的基督教及犹太教中主要宗派的领袖和团体。
联合阵线也得助于美国最大的一家法律公司中专门从事法庭辩护的律师们。这些专家很精巧地训练科学家和宗教领袖出庭作证，要说服法官同意一件事，就是"科学创造论"是荒谬的，是不值得考虑的。这样正统科学界在这场诉讼中大获全胜。
在法院的判决书中，威廉·奥弗顿法官把作证人的内容综合起来，尤其是用一位相信达尔文主义的科学哲学家迈克尔·鲁斯的见证，来说明"科学"一词的定义，鲜明地否认"科学创造论"为科学。奥弗顿法官一开始就说明科学乃是"科学界所接纳的任何事物"，当然他指的是官方科学界。这个定义本身非常不清楚，但法官继续指出科学的五项基本特征：
（1） 是被自然规律引导的；
（2） 是用自然规律解释的；
（3） 是在经验领域中可以试验的；
（4） 它的答案是暂时性的，不一定有终极答案；
（5） 它是可以被证伪的（falsifiable）。
根据奥弗顿法官的看法，"科学创造论"不能满足这些标准，因为它要依靠超自然，因此是无法试验的，无法被驳斥推翻，无法靠自然定律来解释的。奥弗顿特别引用了支持"科学创造论"的一位科学家杜昂·吉什的一段话，来说明"科学创造论"其实是非科学的：
我们不知道上帝如何创造，用什么方法创造，因为上帝用的方法在今天自然宇宙不再使用。这就是为什么我们要称上帝的创造为"特创"（Special
Creation）。我们无法借科学研究来发现上帝所使用的创造手段。
同时奥弗顿法官愤慨地否认科学创造论者的主张："相信一位创造者与接受进化论为科学理论，是水火不相容的"，奥弗顿认为这意见"触犯了很多人的宗教观"。
有些科学哲学家感到奥弗顿的定义非常不妥，他们暗示说：鲁斯教授和其他作证的专家这次用哲学的花言巧语就把这位法官迷惑了！这些评论家指出，科学家们很少承认他们的科学信念（包括他们对进化论的信仰）是"暂时性的"，而且很多时候科学家也研究一些自然定律无法解释的现象，万有引力就是一个例子。最后，评论家看到"科学创造论"也有非常具体经验性的主张（诸如地球年龄短少、全球性的洪水、特创论），而主流科学界却认为这些说法已被证实为错误。同一个学说怎能又是错误，又无法"被证为错"呢？
如果说哲学家对法官及鲁斯教授的定义不满意，这定义却使当前科学界雀跃。具有首席地位的《科学》杂志兴奋地把法官的意见全部登载出来，这篇文章把科学家如何看待他们行业的观点作了个总结。当我们讨论科学包括什么和排斥什么的时候，可以以此文章为出发点。
我对那些照圣经字面解释的创造学说不感兴趣，我对创造观念的看法也不像杜昂·吉什那么狭隘。如果有一位万能的造物主，他可能在短短的一周内创造万物，也可能在亿万年的悠长岁月中让生物进化出来。他可能用科学无法知晓的手段来创造，也可能用一些方法，一些经过科学研究而略知一二的方法。
创造最重要的特色不是时间的长短或造物主采用的手段，而是有设计和目的性。宽泛的说，"创造论者"就是相信宇宙（特别是人类）是经设计而有，是具有某种目的而存在的。如果我们把辩论的题目如此拟定，问题就变成：主流科学是否反对自然界是经设计而来，是带有目的性的？如果反对的话，根据是什么呢？
奥弗顿法官被说服，认为广义的"创造"与科学的"进化"并没有冲突。这点他错了，或说他误解了。当进化论生物学家用"进化"一词时，他们并非指一个曾经被超自然的造物主（或可能被造物主）控制的过程。他们明指的是一种自然主义的进化，纯粹是唯物的过程，没有方向，也没有目的。举例来说，辛普森用下面的语言来表达"进化的意义"：
虽然有些细节还待研究澄清，但已经有足够的证据告诉我们，生物界的客观现象是可以用纯粹自然主义来解释的，甚至我们能恰当地用一个被滥用过的名词--唯物主义来解释。这些现象很容易从生物群类中有别的繁殖增长看出来（这点是现代观念中自然选择原则最重要的因素）。另外，这些现象的产生也是由于遗传过程中偶然机遇的相互作用……人类是一个毫无目的的自然过程的产品，这过程从来就没有把人类的出现当作一个最后的目标[着重号为引者所加]。
科学界在这种论调上有深谋远虑的计划，故意使这观念有点混淆不清，所以我一定要强调，辛普森的观点并非是他专门研究的科学以外的个人观点。相反的，他只是清楚地阐明达尔文主义对"进化论"的定义而已。同样的论调在无数书报文章中表达出来，就算不是很直接明显的表达，其含义也是无处不被透露的。我们千万不要误解：在达尔文主义的观点，也就是主流科学界的官方观点中，上帝在进化中是毫无作用的。
【注一：辛普森的《进化论的意义》一书的第二章澄清了自然主义与无神论的关系。科学的自然主义并不一定反对"上帝的存在"，只要把上帝定义为一位高不可达的"初因"（First
Cause），却不可把上帝当作一位在自然界及人类历史中运行的造物主。辛普森说："在生命来源，人类出现，或任何宇宙的悠长历史中，我们不必，也不应该主张有一种非物质的事物介入影响作用。然而，宇宙的来源及其历史的促成因素原理，我们无从了解，科学也无能为助。这就是神学及哲学所寻找的隐藏的'初因'。在我看来'初因'使人类永远无法知道的。如果我们觉得有心愿，尽管可以用我们的方式膜拜它，但我们却对它毫不理解。"】
"有神进化论"或"神导进化论"被达尔文主义者完全排斥，因为他们把科学与一套称为"自然主义"的哲学观点连在一起。【注二：在文章书报上有不同的名词用来代表我称之为"科学自然主义"的哲学观点。在本书中，下面的各词却是同义的：科学自然主义、进化自然主义、科学唯物主义、科学主义。所有这些名词都表明，科学研究是唯一可以到达知识的途径，或至少是最靠得住的途径。只有自然现象或物质现象才是真实的；科学不能研究的东西，就等于没有真实性可言。】自然主义认为，自然界是一个完全由物质因果关系支配的封闭系统，不受任何"外来"非物质因素的干涉。虽然自然主义并不明目张胆地否认神的存在，但却否认一位超自然的主宰会影响任何自然事件（例如进化过程），也否认它可以与我们这些自然界生物有任何的沟通来往。科学自然主义有同样的看法，它的大前提可以简述如下：仅仅研究自然现象的科学方法，是唯一可靠的知识来源，换句话说，一位没有什么作用的上帝，就是我们无法可靠地认识的上帝，实在毫不重要。
自然主义不是达尔文主义者可有可无的东西，因为他们整个科学系统就是以它为基础。我们已经看到，要说达尔文主义的进化能创作崭新的生物种类，或曾经创作新的种类，基本上毫无证据可言。达尔文主义者认为变异及选择的功能可以产生翅膀、眼睛或头脑，不是因为有任何可以观察到的证据，而是因为引导他们的哲学不允许有任何其他的能力来成就这一切。因此，达尔文主义最基本的出发点是：宇宙中没有造物主。
奥弗顿法官对科学定义的头两点阐明科学委身于自然主义，其他三点则表达科学效忠于经验主义。一个优秀的经验主义者坚持他的结论必须建造在观察与实验的基础上，如果没有这类证据作为支持，即使最珍爱的理论，也必须抛弃。有时自然主义与经验主义被误认为是同一样东西，其实是大不相同的。在达尔文主义领域中，科学的这两项基本原则是冲突的，互不相容的。
冲突的起因，是达尔文主义的进化所带来的"创造"，与上帝的超自然创造一样，是无从观察的。当然，自然选择的功用的确存在，但没有人能拿出任何证据来证明可以成就达尔文主义者标榜它能成就的千变万化的功能。不管"进化"到底如何发生过，整套化石记录作证，它绝不是达尔文主义者所想象的渐进式的使生物种类繁殖产生的过程。在某个族类中细微的修饰变更上，达尔文主义还算符合经验主义的理论。至于解释复杂的生物如何从最原始的东西演变而来，达尔文主义只不过是空谈而已。
如果经验主义有无上的价值，达尔文主义很久以前就该专心限于"微进化"的研究，但这种研究却丝毫不会产生任何在神学或哲学上重要的影响。当然，这种自限，不表示就等于接受创造论（就算是最宽泛的创造论）。而这种自限却暗示，科学界在1859年以后产生了过分冲动的热忱，以为已经解决整个自然界的奥秘，没有想到只是略知皮毛而已。如果达尔文主义者接受经验主义的重要性，他们仍然可以寄望以后有一天能用自然主义解释一切，然而如今他们却非承认自己错误不可。
这种勇于认错的态度迟迟仍未出现，因为经验主义到底不是他们最看重的价值。他们不顾一切地要保持自然主义的宇宙观，同时还要保持被标榜为唯一知识来源的"科学"至上的名声。没有达尔文主义，自然主义的科学无法描述自然界万物的产生。操纵及垄断自然主义科学界的达尔文信徒认为在这事上不能让步，否则他们藐视的"假先知"或"江湖郎中"就会趁科学大门大开之际蜂拥而进。
为了防止这大难临头，维护自然主义的人必须排除一切与自己哲学不同的学说，来执行所谓科学研究规条。在此之后，下一步最关键的行动乃是把"科学"提高到与真理同等的地位，而宣告"非科学"等于幻想。然后，他们就可大耍手段，使那些本来就被他们预先排除的学说理论，让人们误认为已被科学驳斥了。既然自然主义的科学家设立了规条，他们可以不用理会那些要求达尔文主义拿出证据来的评论家，因为后者被认为根本"不懂科学的运作"。
在此我并不是暗示自然主义的科学家这样做是故意欺骗。反之，普遍来说。由于他们长久浸淫于自然主义的假定前提中而对他们理论中专断的成分毫不自觉。举例来说，让我们仔细考察以下这段话，引自海因茨·帕格尔斯所写的《理性之梦》--一本讨论科学推理的书：
[科学实验]方法的能力非常强大，科学家对自然界几乎所有的知识都来自该方法。他们发现，整个宇宙的构造，的确是建筑在我称之为"宇宙密码"（cosmic
code）的看不见的普遍性的规律上的，是按一位神明（Demiurge）的蓝图而造成。【注三：该书作者所指的神明，是早期基督教中伪智派（Gnosticism）异端及希腊哲学中的观念。伪智派认为物质是罪恶的，因此上帝不会去创造物质。物质的创造来自一个位低一等的神明，称为Demiurge。伪智派有时甚至认为旧约中的上帝就是这位神明。】这些规律的例子包括量子学说及相对论、化学分子结构及化合的原则。当科学家发现这些密码时，他们其实就是翻译该神明的隐藏信息，以及他创造宇宙的秘诀。没有任何人间智慧能把信息整理得如此有条不紊，有如此奇异的想象力，有时甚至简直就是诡异！这一切必定来自一位自然界以外的智慧者！
……到底上帝就是这信息，或者他写下了信息，或者这信息自己书写，对我们的生命都毫不重要。我们可以安心地抛弃传统的神明观念，因为没有科学证据说明自然世界有一位造物主，没有任何科学证据指出在自然法则背后有一种旨意或一个目的。甚至连地球上的生物现象，虽然好像强烈地显示是有一位造物主所设计的，但这些都能够用进化论来解释。（帕格尔斯在此叫读者考察古尔德和道金斯的书来寻找证据。）总之，我们有了"信息"，却没有发信者。
上面引述的头一段告诉我们，宇宙一切看来好像按计划设计而来，明显到连像帕格尔斯这样的无神论者都注意到，甚至对之礼赞，将造物主称为某种"神明"。然后在第二段却不经意地说，并没有任何科学证据指出造物主的存在。这两段引述的文字是很好的例子，让我们了解自然主义科学家的心态，因为帕格尔斯提出了最具关键性的要点：本来好像是创造主存在的证据，却是一文不值。因为他认为在自然律以外的事物，就算有证据，却是被当作彼此矛盾的。但是反过来说，所谓"进化"的证据（就算仅包括微进化及自然生物的分类学关系），却把"设计"的可能性排除了。自然主义的哲学把帕格尔斯的心思完全控制到这个地步，甚至当他面对及描述智慧设计的证据时，竟然视若无睹。
一般来说，"造物主的旨意"时完全处于自然科学的范畴之外的。更清楚地说，科学并不能告诉我们，在自然定律之外有没有一种超越的旨意或目的。然而，对一个科学自然主义者而言，"超出科学之外"等于是在实在之外。
因此，自然主义的科学家一面可说他们并无意牵涉上帝或宗教的讨论，但一面却毫不犹豫地宣告宇宙是毫无目的的，他们觉得这说法并没有违背良知。别人认为不了解某些奥秘的原因，是科学受限制的缘故，但这却被自然主义者扭曲为现实的限制，他们觉得若在科学领域之外另有实在，是不可思议的。
这种思想的来由，出自科学家惯于用"范式"（paradigm）来指引他们的研究方针。根据研究科学哲学的学者托马斯·库恩的著名模式，科学的进步与古尔德和埃尔德里奇的"间断平衡"进化论相似，库恩的"常规科学"（normal
science）经过了一段稳定时期，就被"范式转换"所中断，换言之，一种思考问题的方法取代了另一种。正如其他哲学理论，我认为库恩的模式要小心地应用才行。但不管这模式在描述科学原则时有什么不周到之处，它很清楚地让我们看到达尔文主义的方法论。
库恩最重要的观念就是"范式"，它不仅仅是一种理论或假设，而是一种兼受文化偏见及科学观察所影响的意识形态。根据库恩的看法，"任何时期科学界共同持守的信念，总免不了包涵被个人经验和历史事件所左右的专断的成分在内。"科学家也与常人一样，他们关于现实的观念，受到产生科学"模式"的假设和思想的影响。
当"范式"为多数科学家接受之后，便成为科学研究的全盘操作的方法。这就是说，它决定了要问什么问题和收集什么资料。当"范式"还没有被批判被挑战时，"常规科学"就可以致力于作出理论的和实践的结论，甚至也要解决一些与本身"范式"并不相符的困惑问题。科学于是在这期间大为进步，因为科学家都同意要做的是什么，及应如何进行去作这些研究，他们不会因一些对基本假定的悬疑而受干扰。根据库恩的看法：
我们如果细心察看，就可发现，无论以前或现在的实验室里，"常规科学"好像总要把自然万象装入一个事先塑造好的相当没有伸缩性的箱子里，这箱子是根据当时的"范式"而制成的。这时科学的目标完全不想去发掘新的现象；实际上，那些不能装入该箱子的东西，常常根本不会被注意到。科学家也不想去发明新的理论，他们也常常不能容纳别人发明的理论。因此"常规科学"的研究只不过是要更清晰表达当时"范式"所带来的现象及理论。[着重号为引者所加]。
有些"困惑"越来越难解决，因此慢慢地变成为例外或反常的事物（anomalies）。只要科学研究还能成功地解决其他的问题，这些例外并不威胁当时称霸的"范式"。有时一项可能使人觉得不是很适合的"范式"，却也可以引导一门科学前进。如此经过很悠长的时日，科学家才肯相信，目前"范式"所具备的观念，无法解决一些非常重要的科学难题。然而，照库恩所说的，全盘委身于某一"范式"虽然为科学带来成功，也带来危机：
因为"假定"了科学界知道宇宙是怎么一回事，就促成了科学家花费很多时间从事其"常规科学"的研究。科学事业很多的成功，是因为科学界花很大的代价去维护上述"假定"。"常规科学"经常压抑一些基本的新发现，因为害怕妨碍了它对某些"范式"的忠心。但是，只要对"范式"具有专注的热忱，常规科学的研究必定不让新发现被压抑得太久。
人们最后不得不承认，依照目前的常规范式去作研究，会带来很多棘手的问题。这时危机就出现了，科学研究领域好像显得很混乱而多有困惑。然而再过一段时期，当新的"范式"取代了旧的，常规科学又得以信心百倍地继续前进。
上文提到奥弗顿法官为科学下定义时，引用波普尔的一项原则，就是说科学理论应该可以用科学方法证伪（falsifiability），然而库恩的说法却不完全同意这一点；因为要去试验察看每一项假设或每一项理论，看它是否可以用科学证伪，是不可能的事。每一项假设或理论的背后均有其假定的大前提，库恩称之为"范式"的，就是这些大前提的总和，也就是当时流行的"世界观"（world
view）。
"范式"本身并非一项独立的假设，因为如果实验证明不了，假设可以抛弃掉；"范式"是综合性地对宇宙的看法，连那些例外的事物，科学家也通过"范式"的眼睛去观察。根据库恩的说法，例外的事件从来不会推翻一项"范式"，因为维护它的科学家会用尽巧计临时增添新的假设来解释那些例外的证据。一个"范式"会如此称霸科学界，一直到有新的"范式"代替它为止。不然的话，"拒绝一个范式，却没有别的去取代它，就等于拒绝科学"。美国国家科学院在联邦最高法院所援用的针对"消极辩论"（negative
argumentation）的规则，就是运用这套逻辑。
当一个新的"范式"成立，不只是能解释以前的例外事物，它甚至造成整个科学界的观点改变，使人觉得本来以为是例外的事物，实际上是不可缺少的、不需解释的"同义反复"，即被认为非如此不可的真理。所以我们不必奇怪，为什么有些著名的科学家会推崇达尔文主义的理论是一种高深莫测的同义反复，或者干脆宣布它是一个不需要经过实验证明、逻辑上不言自明的命题。对他们来说，该主义的学说是"非如此不可"的真理。既然如此，任何对达尔文主义不利的反证，他们都一概不感兴趣。
库恩接着描述一些从实验得来的证据，让我们知道一般人都按照所受的训练去看一切事物；而他们认为不应该出现的，即会视若无睹，连最好的科学家也不例外；反之，因为他们要靠推理来解释那些极其难以观察的事物，他们因此更容易受"范式"影响而产生错误的观念。
库恩又举出另外一些例子，有关天文界能看到的一些现象，一直到哥白尼创导的天文学"范式"巩固之后，才正式地被"观察"到而得到解释。当然，假若库恩用生物进化论作为个案，他一定被定罪为"创造论者"。我们已经在第四章看到，化石记录显示非常广泛持久不变的常态，而达尔文主义者却闭口不提，认为没有发表的价值。这种"坐井观天"的思维不会因科学越来越高明而丧失。反之，因为资助研究的经费越来越受政府的集中控制，科学家只好集中精神从事被眼下"范式"所左右的研究工作。
新的"范式"并不单单对一些科学问题提出不同的答案或不同的解释。新的"范式"会建议问一些完全不同的问题，寻找完全不同的资料。因此，互相冲突的"范式"从某方面说是"没有共同衡量标准的"。就是说，一种"范式"的信从者很难与对方作理解性的沟通。当一项"范式"不止是特殊的科学理论，更是非常广泛的哲学观点时，库恩的"范式"解释更显得真是确凿了。
我再从个人经验中举一个例子，我觉得与一个自然主义的科学家讨论新达尔文主义进化论究竟是否正确，是毫无意义的。我得到的回答多半是：既然新达尔文主义是我们唯一的科学解释，它必定与真理最为接近。自然主义者通常会承认任何理论都可以改善，总有一天我们会对自然进化论有更清楚的了解。反过来说，要追问自然主义进化论本身是真是假，他们会说这是无稽之谈，自然主义进化既是唯一可以构想的对生命的解释，而生命是显然存在的，那么理论当然正确了。
我们很容易看到为什么科学自然主义对科学家而言是一种非常有吸引力的哲学。它让科学几乎完全垄断了知识的生产，担保没有任何重要的问题是科学研究不能解决的。然而我要问的却是：这种哲学观点是否仅为科学家职业的偏见（虽然是可以理解的偏见），抑或是了解自然界最客观的有效方法？有人不断把自然主义进化论渗透到社会的各个角落，使大众成为进化论的信徒，其关键就在于此。
如果科学自然主义要在当代文化中占优势，除了提供物质世界的信息之外，它必须有别的贡献，必须说明自然"创造"故事在精神上及道德上有什么后果。
简言之，进化论必须成为宗教。在以下几章中我们可以看到这是如何完成的。