转录组入门学习（一）

今天进行了转录组学习的第二课：生物信息软件的安装

Linux下conda的特性：

1. 开源

2. package管理系统

3. 环境管理系统

4. 跨平台使用（windows, MacOS, Linux）

5. 基本涵盖所有编程语言（Python, R, java）

下载并安装Miniconda（conda精简版，类似app store）: https://conda.io/miniconda.html

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh #'-c: 支持断点续传’

导入重要channel（类似应用分发市场）：

我的理解是：channel类似分类通道，一类软件或package就在一个channel下。

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda #conda下，针对生信软件安装的集成安装软件

# 添加清华开源软件镜像（使下载速度加快）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 

软件安装升级及卸载

1. 查找：

conda search fastqc #查找软件是否能在conda中下载

2. 如果存在：

conda install fastqc

3. 如果没有：通过编译自行安装（是个大坑，慎入！！！）
4. 旧版本软件升级：

conda install samtools = 1.41 #安装samtools 1.41版本
conda update samtools #升级为samtools最新版本1.6.0

5. 软件卸载：

conda remove samtools

编译安装生信软件

1. 如何编译

1.1 C语言samtools

1. 配置：

./configure --prefix =

2. 编译：

make

3. 安装：

make install

4. 如果报错，配置prefix
5. 重新编译：

make clean

2.2 java

软件可以直接使用，无需编译

2. 添加环境变量

vi .bashrc
export PATH='/home/leon/miniconda2/bin:$PATH'
#存储退出后
source .bashrc #或者'. .bashrc'