cytoscape及APP(插件)使用手册

写在前面：

对于我们大多数来说，用图形或图表更比数据本身更能说明问题，更容易让人理解，并且可以赏心悦目。细胞内部，大量的分子时刻都在发生着变化或相互作用。对于我们来说，了解这种相互作用是非常重要的。但就像中国地图，如果抽象的描述东部的东部是谁，一定让人头大，但如果在地图上指出来那效果是完全不一样的。cytoscape就给我们提供了一种这种分子地图的可能性，即蛋白互作网络，当然这种网络可以由多种定义形式来产生多种分类形式，比如基因调控网络，蛋白互作网络，基因共表达网络，遗传互作网络等；也可以产生多种排布形式（看个人需要）。所以我觉得这是一个必备的技能，不只会出图，更要会知道出什么样的图，怎么解释这种图。这样就需要知道作图背后的知识。所以我翻译并加了自己的理解注释，完成了这份手册。

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Cytoscape的使用

1 Cytoscape中文教程（1）

2 Cytoscape中文教程（2）

3 Cytoscape中文教程（3

Cytoscape APP的使用

1 Centiscape

2 CytoHubba

3 Enrichment Map(1)

3 Enrichment Map(2)

4 iRegulon

5 DisGeNET 1

5 DisGeNET 2应用实例

6 CluoGO+Cluepedia