最快60秒完成新冠病毒核酸对比 阿里云向社会免费开放基因计算服务

全球疫情肆虐，各大科技公司都在竭尽全力抗击疫情。3月13日，阿里云对外宣布，将向医疗科研机构、疾控中心等一线病毒研究机构免费开放基因计算服务，可大幅提升宏基因组测序、疫苗研发相关的处理效率，最快只需60秒即可完成新冠病毒的核酸对比工作。

实时荧光定量PCR（RT-PCR）和宏基因组测序（mNGS）是目前用于确诊新型冠状病毒感染的常见方法，PCR操作流程简单、成本低，但准确率较低，mNGS虽然操作较为复杂，但准确率很高，两者结合可进一步提升检测结果的准确性，有效防止病毒变异产生的漏检。

实验数据显示， mNGS检测新冠病毒准确率高达95%，但其中核酸序列比对非常耗时，以某患者为例，计算机需要对超过30亿个碱基进行一一比对，相同片段超过额定数量，才可判定为确诊，通常这一过程需要30分钟或更久。

此次阿里云免费开放的基因计算服务AGS（Alibaba Genomics Service），基于GPU和容器技术，可大幅提升核酸比对的速度，疾控中心、各大高校、医院、基因企业等一线病毒研究机可在阿里云上轻松实现包括新型冠状病毒SARS-CoV-2和39种BetaCov RNA的病原体基因组的检测，同时也支持科研人员上传和比对自定义病毒库。

以一组的宏基因组数据量为3.2Gbase（22M reads）的宏基因组测序数据为例， 科研人员只需在阿里云上通过命令行AGS rna-mapping API 启动比对过程，随即阿里云容器服务调度GPU云服务器启动加速计算，60秒内即可得到高质量匹配reads的数据和初步质量报告，为多种病原体检测，和进一步的新冠病毒蛋白质研究及变异研究提供快速准确的数据支撑。

此前，阿里云在疫情发生第一时间就宣布向新冠疫苗研发科研机构免费提供一切AI算力，目前已收到了包括浙江大学医学院、GHDDI全球健康药物研发中心、清华大学医学院、北京大学医学院等国内外数十家权威科研机构的申请，第一批申请的算力资源已部署上线，为疫苗研发提速加码。