将已经分割好的文件进一步分割

我将一个序列文件分割成了52个，由于targetp要求比较bt，它要每个序列文件的数目都在1000以下，而为了将来方便处理信息，我该如何将文件一点一点来进行处理呢？
以下是我处理的脚本。
1.第一步，为52个文件创建52个文件夹于fungi_data2目录。直接用shell指令就行。以下不是指令，你可以写个python生成从0到51的数字的字符串，复制粘贴即可。

mkdir 0~51

2.将fungi_data2目录下面的52个file分别放到52个dir下面：

import os
dir = 'fungi_data2'
for parent,dirnames,filenames in os.walk(dir):
    for i in range(52):
        f = dir+'/'+filenames[i]
        dir1 = dir+'/'+dirnames[i]
        os.system('mv '+f+' '+dir1)
        os.system('mv '+ dir1+' '+f)

3.将52个dir里面的文件分别进行切割，并行处理：

#!/bin/bash
start=`date +%s` #定义脚本运行的开始时间

for dir in ~/huangle/fungi_annotation/fungi_data2/*
do
{
   cd $dir
   mv $dir/${dir##*/} $dir/1
   split -l 1000 $dir/1
   rm $dir/1

        echo 'success split '$dir' !';
 }&
done
wait
end=`date +%s`

echo "TIME:`expr $end - $start`"