企业清算的所得税处理，是指企业在不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产等经济行为时，对清算所得、清算所得税、剩余资产分配等事项的处理。
企业发生股东决议注销、破产清算、企业重组注销等情况需要进行清算的，应该按照税法的规定进行清算所得税处理。一般包括如下常见情形：
1、公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；
2、股东会、股东大会或类似机构决议解散；
3、企业因公司合并或者分立需要解散的；
4、依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；
5、被人民法院依法予以解散或宣告破产的；
6、企业重组中需要按清算处理的企业。
一、清算环节企业所得税处理
（一）企业清算的所得税处理包括以下内容：
1、全部资产均应按可变现价值或交易价格，确认资产转让所得或损失；
2、确认债权清理、债务清偿的所得或损失；
3、改变持续经营核算原则，对预提或待摊性质的费用进行处理；
4、依法弥补亏损，确定清算所得；
5、计算并缴纳清算所得税；
6、确定可向股东分配的剩余财产、应付股息等。
（二）清算开始日的确定及清算期间
一般来说企业清算开始之日为企业实际经营终止之日，比如：
1、公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现的，为董事会等权力机构宣布解散的决议日；
2、股东会或者股东大会等其他类似机构决议解散的，为股东会或者股东大会等其他类似机构的决议日；
3、依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销的，为相关行政机关文件签发日；
4、宣告破产的企业，为被人民法院予以解散或宣告破产之日；
5、企业重组中需要按清算处理的，为经董事会等权力机构批准的企业重组协议或合同的签约日；
6、其他需要清算的情形，为相关证明文件的生效日。
清算期间是指自企业实际生产经营终止之日起至办理完毕清算事务之日止的期间。进入清算期的企业应对清算事项，应当报主管税务机关备案。
企业在年度中间终止经营活动的，应当自实际经营终止之日起60日内，向主管税务机关办理当期企业所得税汇算清缴，结清税款。
（三）清算所得确定
企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。
企业清算中发生的财产盘盈或盘亏、变价净收入、无力归还的债务或无法收回的债权，以及清算期间的经营收益或损失等，计入清算损益。
计算公式如下：
清算所得=资产处置损益+负债清偿损益-清算税费±其他所得（支出）
其中：
1、资产处置损益是指企业全部资产的可变现价值或交易价格减除其计税基础的余额。
资产的计税基础是指取得资产时确定的计税基础减除在清算开始日以前纳税年度内按照税收规定已在税前扣除折旧、摊销、准备金等的余额。
2、负债清偿损益，是指企业全部负债按计税基础减除其清偿金额后的余额。
负债的计税基础为负债的账面价值减去未来期间计算应纳税所得额时按照税收规定予以扣除金额的余额。
企业清算前已确定不需支付的应付款项，应并入生产经营所得征税。企业清算期间确定的不需支付的应付款项，需并入清算所得征税。
原则上企业清算期间应支付但由于清算资产不足以偿还的未付款项，无需并入清算所得征税。但是实务中，有的税务机关并不这么执行，所以建议大家在具体操作中注意灵活处理。尤其在欠大股东较大金额的未付款项时，可考虑大股东先增资，被投资企业再还款，然后再清算注销。
3、清算费用及税费
（1）清算费用是指企业清算过程中发生的与清算业务有关的费用支出，包括清算组组成人员的报酬，清算财产的管理、变卖所需的评估费、咨询费等费用，清算过程中支付的诉讼费用、仲裁费用及公告费用等。
（2）相关税费，是指企业清算过程中发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。
（四）应纳税额
应纳所得税额=（清算所得±纳税调整额-弥补以前年度亏损）×法定税率（25%）
企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得，适用法定25%的企业所得税税率，不能适用营业期间的优惠税率。
企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。依据国税函[2009]684号规定，企业应当自清算结束之日起15日内，向主管税务机关报送企业清算所得税纳税申报表，结清税款。
企业未按照规定的期限办理纳税申报或者未按照规定期限缴纳税款的，税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定加收滞纳金。
企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。
被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
二、清算环节个人所得税处理
自然人股东从被清算企业分得的剩余财产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得，按照“股息、红利所得”计征个人所得税；剩余财产减除股息所得后的余额，超过投资额的部分，应按照“财产转让所得”项目计征个人所得税。
其中自然人股东为外籍人员的，能确认为股息金额的部分，符合《财政部 国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》(财税字[1994] 20号)第二条第八款规定或者双边税收协定的规定条件的可以依法享受有关减免税政策；凡不能区分其中的股息金额的，不能享受减免税的优惠政策。