标签的颜色与条形的颜色顺序一致性，可以加入Order命令
library(plyr);
ggplot(agcd,aes(a,weight=value,fill=bq))+geom_bar(position="stack",aes(order=desc(bq)));
library(RColorBrewer);
newpalette<-colorRampPalette(brewer.pal(12,"Set3"))(length(unique(eee$name)));
p+scale_fill_manual(values=newpalette);
library(RColorBrewer);
newpalette<-colorRampPalette(brewer.pal(12,"Set3"))(length(unique(eee$name)));
library(grid);
library(plyr);
tiff(filename="bac_genus.tiff",width=20,height=18,units="cm",compression="lzw",bg="white",res=600);
ggplot(eee,aes(bq,weight=value,fill=name))+geom_bar(position="stack",aes(order=desc(name)))
+theme(legend.title=element_blank())+ylab("丰度")+xlab("样品")+scale_fill_manual(values=newpalette)
+theme(panel.background=element_rect(fill=NA,colour="grey"),axis.text.x=element_text(size=15),
axis.text.x=element_text(size=15),axis.title.x=element_text(size=20),axis.title.y=element_text(size=20),
legend.key.height=unit(0.5,"cm"),legend.text=element_text(size=8));
去掉背景与图注的标题
theme(panel.background=element_blank(),panel.grid.minor=element_blank(),
axis.line=element_line(size=0.5),legend.title=element_blank())
调整x轴坐标位置与大小
theme(axis.text.x=element_text(angle=45,colour="black",size=15,hjust=1));
##注意hjust的值为0~1,用与调整横坐标与轴的距离
手动添加颜色
scale_fill_manual(values=c("grey","black"))
或者scale_fill_manual(values=c(1,5))
调整y轴的大小
+theme(axis.text.y=element_text(colour="black",size=15)
修改坐标标题
xlab("古菌属水平Archaea genus level")+ylab("丰度Abundance (%)")+theme(axis.title.x=element_text(size=15),axis.title.y=element_text(size=15))
调整纵坐标的范围
ylim(0,60)
根据order来排序
aes(reorder(genus,as.numeric(order))