如何从ncbi上下载sra数据

如何从ncbi上下载sra数据

• 我参考了网上的一个贴子http://www.plob.org/2014/02/16/7338.html，里面描述了如何用aspera来进行下载，在使用它下载单个数据的时候成功了，批量下载一个文件中所有数据时未能成功，后来我尝试使用wget命令；

• 根据我要寻找的sra数据去ncbi上进行搜索，

选择send results to run selector，之后下载accession list，这个list是个文本文件，里面包含所有样本号信息。例如：ERR260132

• 如果我们要下载单个sra文件时，需要知道ncbi数据库ftp中的相应地址，一个例子如下：

wget -i ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/ERP/ERP002/ERP002469/ERR260132/ERR260132.sra

• 同样可以将所有url放入一个文件之内，进行批量下载，使用wget命令:

文件中的格式如下所示，每一行表示一个URL地址：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/ERP/ERP002/ERP002469/ERR260132/ERR260132.sra
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/ERP/ERP002/ERP002469/ERR260133/ERR260133.sra

wget -i sralist3.txt 

-i表示读取文件中的url，sralist3.txt是包含所有uRL的文件；

你可以切换当前目录到你需要下载到的目录，这时候默认下载目录就是当前目录。

• 参考帖子：http://www.plob.org/2014/02/16/7338.html