ncbi

Mitochondria

SRASearchterm:(mitochondria)AND"Homosapiens"[orgn:__txid9606]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?

浩瀚之宇·2024-09-12 18:31

NCBI BLAST+：分析生物内在编码的工具

在生物信息学的广阔领域中，NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）开发的BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool

belldeep·2024-09-02 23:52

101条UX原则 - #08 给按钮一个合适的大小，并按功能将它们组合在一起

美国心理学家PaulFitts于1954年写了一篇论文，名为“人体运动系统控制运动幅度的信息能力”（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/13174710），该论文发表在

Tomi_Wong·2024-08-29 16:29

【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件！

前言：众所周知，NCBI对我朝的局域网不甚友好，对于国内的生信玩家来说，想要下载SRA数据库的.sra或者.fastq经常遇到网速问题，慢到你怀疑人生有木有！

卡布达b1·2024-08-26 11:19

高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2

博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。

lantary·2024-03-08 09:58

实战2：爬虫爬取NCBI

爬取ncbi寻找对应的gid号。

wo_monic·2024-02-20 20:31

开心回归～复习下之前的学习内容

时隔半月，有点忘记，但是重新学一次，又能学到新知识，还是不错的数据准备:数据地址在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE6331

刘小泽·2024-02-20 06:34

简并碱基

以下简并碱基所代表的字母在NCBI-Blast，primerpremier,oligo等软件中能够被识别，故可放心使用。

我想养只猫zhl·2024-02-14 15:10

DatistEQ之抽取文本内容

ftp连接串：ftp://anonymous:guest@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:125/gdgdsg/wrwq在C语言中可以用scanf函数，在DatistEQ如何实现呢？

了无_数据科学·2024-02-09 06:30

下载微生物16S rDNA序列并用MEGA-X构建进化树

整理：王采荷一、下载同一种属不同species下的微生物16SrDNA使用NCBI网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/选择nucleotide，搜索框输入"Reckettsia16S

Dayueban·2024-02-06 11:28

利用Geneious对叶绿体基因组进行注释及查看

使用软件：Geneious目的：对组装好的叶绿体基因组进行注释，注释好后进行查看，无误后绘制圈图【注释部分】1.首先从NCBI上下载一段与要注释的物种（目标序列）同源的物种的叶绿体基因组序列（参考序列）

恭弥家的凤梨君·2024-02-05 15:15

一个按检索条件从NCBI下载序列的Perl脚本

NCBI我想大家是再熟悉不过的了，有时候我们需要按照自己的想法来下载一些序列在比对一下，网上也有很多点来点去的教程，但是面对数据量大一点的序列他们往往不太灵。

周运来就是我·2024-02-02 22:59

肺癌文献小总结

LungcancerRoySHerbst,JohnVHeymach,ScottMLippmanPMID:18815398DOI:10.1056/NEJMra0802714https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

不会生信哟·2024-02-02 19:03

FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file

最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识，其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的

小明的数据分析笔记本·2024-02-02 11:45

NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记

SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在rawreads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：studies--研究课题experiments--实验设计runs--测序结果

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:22

网站合集

核酸数据库[NCBI][https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/][EMBL][https://www.ebi.ac.uk/ena][DDBJ][https://www.ddbj.nig.ac.jp

多啦A梦的时光机_648d·2024-01-31 22:21

生物信息网站集合

1.常用门户：美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome

庐山星晖·2024-01-30 16:27

用Modules优雅地管理你的环境变量

应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用conda创建多个环节，用sourceactivatexxx启动该环境使用export/path/to/ncbi-blast-x.x

xuzhougeng·2024-01-30 14:54

Prefetch

prefetchSRR19729171、prefetch下载的数据在home目录下的ncbi目录里。

YX_Andrew·2024-01-30 02:26

基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析

本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析2.基因家族鉴定与基本特征探究2.1基因家族鉴定2.1.1软件下载鉴定基因家族需要使用到

逐鸿·2024-01-27 00:54

2020-08-17 数据下载记录

随便看一套数据吧（1）NCBI-GEODataSets：选择想要的数据进入SRARunSelector勾选需要的SRA数据（SRRXXX）---Selected---AccessionList---生成

Zheng_xy·2024-01-26 23:27

抗性基因数据库(1)

整合了来自NCBI和SwissProt数据库的13,254个耐药基因信息，经过数据过滤和去重后，保留4,554个完整非冗余的耐药蛋白数据。这些蛋白数据和GO、CDD、COG、物

Zoeyer·2024-01-26 10:44

DU6：记录下载sra数据的几种方法

一、从NCBI获取SRA编号获取SRA编号SraAccList.txt二、用不同方法进行下载1、aspera下载#安装wgethttp://download.asperasoft.com/download

纳灰灰·2024-01-25 09:17

ensembl等基因id简介及转换

想了解ID转换的ID类型，打开ncbi，类型下拉选择gene，搜索tp53，随便进入一个，如https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157，各类型ID尽收眼底imageimageEnsemblID

Seurat_Satija·2024-01-20 16:20

分子生物学数据库和软件

GenBank美国国家生物技术情报中心（NCBI，NationalCent

weixin_30892987·2024-01-20 14:14

2019-09-30-学习记录

=F)#切换工作目录如果有必要的话#Anovelmicroglialsubsetplaysakeyroleinmyelinogenesisindevelopingbrain##https://www.ncbi.nlm.nih.gov

程凉皮儿·2024-01-20 01:07

生物学实验--查找基因的序列

查找途径网站一：根据基因的名字查找基因序列https://www.ncbi.nlm.nih.gov/NCBI--选择Gene--输入基因名字--search网站二：根据基因的Loc号码查找基因的序列（水稻

kekoukele777·2024-01-19 06:38

2021-02-14 ascp下载ENA数据库文件

因为ENA跟NCBI的SRA数据是互通的，所以根据NCBI的SRP号就可以在ENA搜到相应的数据。

diyidaoguang·2024-01-18 20:25

无参转录组起步

这次先从数据下载做到得到组装的转录本数据来源DefiningthetranscriptomiclandscapeofCandidaglabratabyRNA-Seq.http://www.ncbi.nlm.nih.gov

刘小泽·2024-01-18 06:46

蛋白质基础分析

NCBI数据库常用四个子库:PubMed、BLAST、Nucleotide、Protein.对于一个蛋白质的基础分析:1.获得蛋白质序列：NCBI2.预测信号肽:SignalP4.1Server3.等电点和分子量

BioLearner·2024-01-18 04:53

使用Diamond比对NR数据库获取物种注释

宏基因组物种注释-CSDN博客不信邪，再用NR库试试参考：将NR数据库diamond比对结果做物种注释_diamond物种注释-CSDN博客NR下载nohupwget-t0-c-bhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:56

Python爬虫获取geneID对应的NCBI注释

本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。Sampleinput：输入文件如下，是一列geneID。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka

Prokka在预测基因组CDS区域时采用了多种数据库，内置的三个核心数据库包括ISfinder数据库，NCBI细菌抗性数据库和UniprotKB数据库。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

组装细菌基因组

2.用prefetch下载该文件；prefetchSRR9678926下载完成，下载文件大小为85M序列下载3.将下载的sra文件进行解压fastq-dump--gzip--split-files~/ncbi

Orphans_2333·2024-01-14 19:19

医只蜗牛·2024-01-14 14:11

生物信息学软件：两种风格

基于网络的或图形用户界面（GUI）中心资源：NCBI，EBI,DDBJ。基因组浏览器：NCBI,UCSC,Ensembl。GUI软件：MEGA,Rstudio,BioMart,IGV。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

NCBI的primer picker设计qRT-PCR染色法引物

搜索基因的mRNA序列选择gene，搜索框中输入基因名称、human/其他物种，然后search注意选择人类的基因，点进去选择mRNA向下滑动到mRNAandprotein此处有NRxxxxx数字，为NCBI

盘山路·2024-01-03 22:34

生信软件安装

1.sratools下载及安装sra-tools软件（NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本）2.fastqc3.trim4.bowtie2wgethttps

梁兄_小白·2024-01-01 03:29

HLA分型工具--OptiType

OptiType只能分型HLA-A,HLA-B,HLA-C三种类型文章2014年发表：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4441069/截止2022

11的雾·2023-12-31 09:08

ChIP-seq笔记

文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考基因组的index2.4质量检测

sunyu_03·2023-12-29 19:43

NCBI线下blastn-short比对

ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-12-28 03:33

HLA--polysolver

文章来自：Comprehensiveanalysisofcancer-associatedsomaticmutationsinclassIHLAgeneshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov

晓佥·2023-12-27 01:41

RNA-seq数据库（ChatGPT）

以下是一些常见的RNA-seq数据库的例子：NCBIGeneExpressionOmnibus(GEO):网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/提供了广泛的基因表达数据

素材积累·2023-12-24 07:11

blast安装及简单使用

一、安装blast1.Ubuntu环境#下载blastwgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast

陈年小趴菜·2023-12-23 14:15

Linux本地化运行NCBI blast+

blast程序参数：blastpng.png1.下载并安装BLAST+打开下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

谢俊飞·2023-12-23 00:39

从比对到MA-plot

这次的流程是从ncbi的数据库上下载了别人发表的二代测序数据，先用subreads进行了比对，之后用subreads里面自带的featurecount进行了表达量统计。

小男神马克·2023-12-19 09:18

数据上传 | GEO数据上传操作指南

科研工作者在发表paper的时候，如果文章中涉及高通量测序数据分析，就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而，如何向NCBI提交这些序列？提交什么序列？总是提交失败怎么办？

诺禾致源·2023-12-16 18:21

生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计

使用NCBI进行目的基因的引物设计全文概述利用生信工具进行目的基因的引物设计，使用了NCBI进行筛选与设计引物，使用idtdna对筛选出的DNA进行检查。

lietobrain·2023-12-16 12:34

R plot图片背景设置为透明_万能转换：R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等...

你和PPT高手之间，就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名，30%相关Nature文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或baseR图保存到MicrosoftWor

weixin_39851008·2023-12-06 07:12

省事地获取已公开测序数据的下载链接（.sra|.fastq.gz）

主要遇到的问题是NCBI的数据，似乎有时候能下载到，有时候却下载不到。或许网速是一个原因，但我更多地开始认为或许NCBI并没有存储所有的短读段测序数据。DDBJ也是一样。相反ENA似乎存储全面，只是传

生信石头·2023-12-05 02:00

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