sra

Mitochondria

SRASearchterm:(mitochondria)AND"Homosapiens"[orgn:__txid9606]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?
浩瀚之宇·2024-09-12 18:31

【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件！

前言：众所周知，NCBI对我朝的局域网不甚友好，对于国内的生信玩家来说，想要下载SRA数据库的.sra或者.fastq经常遇到网速问题，慢到你怀疑人生有木有！
卡布达b1·2024-08-26 11:19

高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2

博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。
lantary·2024-03-08 09:58

2022-09-16-10X-single cell 上游分析流程

step1_从网站上下载.sra文件：#asper下载id=”批量链接“catid|whilereadid;do(ascp-v-QT-l400m-P33001-k1-iasper安装路径/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
小小_4dbf·2024-02-08 17:41

NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记

SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。
盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:22

Prefetch

我们下载一个SRA数据，SRR1972917，直接输入SRAID即可。prefetchSRR19729171、prefetch下载的数据在home目录下的ncbi目录里。
YX_Andrew·2024-01-30 02:26

2020-08-17 数据下载 记录

随便看一套数据吧（1）NCBI-GEODataSets：选择想要的数据进入SRARunSelector勾选需要的SRA数据（SRRXXX）---Selected---AccessionList---生成
Zheng_xy·2024-01-26 23:27

C++中srand（）和rand（）的关系

srand（）用于设置供rand（）使用的随机数种子（可以理解为基于这个数字，也就是刚才说的种子可以生成一批随机数）第一次调用rand()之前如果没有调用srand()，那么系统会自动调用sra
codeman-math·2024-01-26 13:38

DU6：记录下载sra数据的几种方法

一、从NCBI获取SRA编号获取SRA编号SraAccList.txt二、用不同方法进行下载1、aspera下载#安装wgethttp://download.asperasoft.com/download
纳灰灰·2024-01-25 09:17

推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition

PlantBioinformaticsMethodsandProtocols》thirdedition我看了下是2022年出的是最新的一版，全书总共28章第一章UsingGenBankandSRA介绍了genbank和sra
小明的数据分析笔记本·2024-01-22 17:11

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586
周小钊·2024-01-21 15:18

15.4折半查找(二分查找)：仅仅适用于顺序表

voidinitTable(Table&table,intlength){table.ele=(ElemType*)malloc(sizeof(ElemType)*length);table.length=length;sra
一杯清酒.·2024-01-19 21:05

16.4冒泡排序

voidinitTable(Table&table,intlength){table.ele=(ElemType*)malloc(sizeof(ElemType)*length);table.length=length;sra
一杯清酒.·2024-01-19 21:02

2021-02-14 ascp下载ENA数据库文件

因为ENA跟NCBI的SRA数据是互通的，所以根据NCBI的SRP号就可以在ENA搜到相应的数据。
diyidaoguang·2024-01-18 20:25

15.3顺序查找(线性查找)，顺序表用指针方式实现

voidinitTable(Table&table,intlength){table.ele=(ElemType*)malloc(sizeof(ElemType)*length);table.length=length;sra
一杯清酒.·2024-01-16 01:00

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

来自SRA的转录组数据，很多文章方法描述简单，无法判断是否为链特异性数据，导致在mapping和rawreadscount时参数不知如何选择。
生信助手·2024-01-15 07:29

circNet:人类环状RNA数据库

还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下http://syslab5.nchu.edu.tw/CircNet/数据库构建的流程如下所示从SRA
生信修炼手册·2024-01-14 19:38

组装细菌基因组

1.首先上GenomeAnnouncements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号，这里随便找一篇，找到的SRA号为SRR9678926；2.用prefetch下载该文件；prefetchSRR9678926
Orphans_2333·2024-01-14 19:19

SRA Toolkit安装以及配置流程

先反思之前的问题：之前下载了SRA数据后，进行分割，运行如下命令/home/whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fastq-dump-orig.2.10.0
柠檬精_8780·2024-01-10 06:51

2019-01-25

https://page.om.qq.com/page/OySVThK6srA1D_V3Hz9X1OGw0?source=omapp&appbar=omapp
雅俗奇缘·2024-01-03 02:28

叶绿体基因组组装

databasesget_organelle_config.py--addembplant_ptNCBI测试数据下载从网上随机找了一篇文章进行组装文章链接#downloaddataprefetchSRR15255748.sra
就叫啵啵吧·2024-01-01 16:17

生信软件安装

1.sratools下载及安装sra-tools软件（NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本）2.fastqc3.trim4.bowtie2wgethttps
梁兄_小白·2024-01-01 03:29

ChIP-seq笔记

文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考基因组的index2.4质量检测
sunyu_03·2023-12-29 19:43

CHIP-Seq数据分析流程

文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转
美丽的lemon·2023-12-29 19:41

Ubuntu查看内核和当前版本

UbuntuDescription:Ubuntu18.04.4LTSRelease:18.04Codename:bionic使用命令：uname-a查看（显示自己的内核版本）Linuxwangwensong-X10SRA5.4.0
桂花很香,旭很美·2023-12-27 18:07

2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

来源：https://www.jianshu.com/p/da75f0753178高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢，比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载下载数据库优先选择快速下载fq格式的数据，EBI数据库下载。从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码，复制到本地服务器，可
__一蓑烟雨__·2023-12-22 10:07

kill命令批量终止后台进程

因为数据量太大，大概一次执行太多了，总共727个样本，.sra文件每个平均大概5个G。一次批量转成200个样本到fq格式，结果内存爆了。所以需要终止进程。
Y大宽·2023-12-20 19:15

猜数字小游戏（猜错了会关机推荐让室友帮你玩）

这就要用到C语言中的rand函数，但是rand函数的返回值（0到2^31-1）好像不是那么的随机，因为每次的起点都是一样的，所以我们需要给它一个随机的起点，而给rand函数设置起点就需要用到srand函数，sra
马儿们的Trainer·2023-12-20 13:02

windows下SRA Toolkit下载原始数据

打脸时刻来了~~~~之前在Linux下用SRAToolkit下载数据效果不好，所以，果断的将它拉入了黑名单。但是最近下载数据，用windows版本的SRAToolkit，啊~真香~~1、下载image.png然后解压缩。2、安装D:\1系统软件安装包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\vdb-config--interactive会出现以下界面，有点懵逼。image.png但
谢京合·2023-12-15 17:00

组装细菌基因组

一、在GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/）找到一篇细菌基因组文章1.标题如下image.png2.有多个SRA号，只选择其中一个SRR9209170image.pngimage.png
努力再努力_cf77·2023-12-15 04:00

一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:44

一个完整的转录组分析流程

/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:09

省事地获取已公开测序数据的下载链接（.sra|.fastq.gz）

写在前面课题需要，前述，在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能。在这个功能的辅助下，我们较快的完成了阶段任务。筛选数据完成了，但是下载数据却出现了问题。主要遇到的问题是NCBI的数据，似乎有时候能下载到，有时候却下载不到。或许网速是一个原因，但我更多地开始认为或许NCBI并没有存储所有的短读段测序数据。DDBJ也是一样。相反ENA似乎存储全面，只是传
生信石头·2023-12-05 02:00

生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher

支持从公共数据库（ENA、NCBI、SRA、AmazonAWS和GoogleCloud）获取序列文件及其元数据注释。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

Tools:aspera上传数据到SRA数据库

1.先注册NCBI账户,然后访问https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，创建新的提交image.png按照步骤，一步步填写内容，第5和6步骤比较费时间，需要下载模板
wo_monic·2023-11-30 22:17

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

现在测序技术发展快速，序列数据越来越多，NCBI中SequenceReadArchive(SRA)数据库中的reads成倍地增长。
乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

转录组学习第三弹-下载SRR数据并转成fastq

下载数据前面已经安装好了需要的软件，那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。从SRA数据库下载数据有多种方法。
长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

基因组组装练习

上GenomeAnnouncements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号；QQ图片20211108211549.pngimage.png从SRA
月时有青天·2023-11-28 05:54

SpringBoot异步请求时获取ServletRequestAttributes为空，request空指针问题

异步之前开启子线程共享设置值：ServletRequestAttributessra=(ServletRequestAttributes)RequestContextHolder.getRequestAttributes();sra.setAttribu
Cy@Liang·2023-11-21 12:38

Chipseq单端测序数据分析

工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile
bred·2023-11-21 09:50

组学数据上传（六）|GEO数据库数据上传实操

除SRA数据库之外，GEO
bioyigene·2023-11-13 16:02

STM32流水灯程序---2种方式

每一块区域都有它特殊的用途，如block0主要用于设计芯片内的Flash(闪存），Flash掉电不遗失数据，所以经常作为单片机的程序储存器，我们编写的程序就存储在这里面，block1主要用于设计芯片内部的SRA
意大利的E·2023-11-07 03:58

通用高速缓存原理

与DRAM相比，SRA
yuzhong_沐阳·2023-11-04 13:21

RNA-seq 分析流程 —— 概述

short-readlong-readdirectRNA-seq而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法，基本上都是基于short-read（短读长）技术所产生的数据文件目前，我们可以从ShortReadArchive(SRA
名本无名·2023-11-03 17:45

公共数据下载和格式转换SRA-Toolkit

SRA-Toolkit简介sra是公共数据库，如NCBI的一种基本数据格式，而SRA-Toolkit主要用于数据下载和格式转换，能将sra格式的文件转换为.fstaq.gz，sam，abi，sff等常用格式
吴十三和小可爱的札记·2023-11-01 07:18

Deberes 29

2021.2.1复习：Puedocorrermásrápidoquetúporqueestoymejordesalud.Peronosepuedecorrerenclase.¡Hola!
查理斯啊·2023-10-31 12:37

RISC-V IDE MRS无感远程协助模块详解

RISC-V/ARM等内核MCU的嵌入式集成开发环境MRS(MounRiverStudio)从V1.90版本开始内置无感远程协助模块（SensorlessRemoteAssistantModule，以下简称SRA
MounRiver_Studio·2023-10-30 14:11

LoongArch 指令集实验exp6

1.2.4.5.6.还需要改一个（）assignsr64_result={{32{op_sra&alu_src1[31]}},alu_src1[31:0]}>>alu_src2[4:0];//rj>>i5
码尔泰·2023-10-29 14:19

Chip-seq分析笔记

目录前言一、软件安装二、创建环境及安装软件1.创建环境chipseq2.chipseq环境下安装软件三、具体分析步骤1.数据来源2.下载数据并重命名3.fastq文件转换（--sra-id此步骤把SRR
xsq420281·2023-10-28 16:50

SRA原始数据高速下载

curlxjf@ubuntu:~$sudoaptinstallcurl#下载SRAtoolkitxjf@ubuntu:~$curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra
谢俊飞·2023-10-28 04:48
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