Cytoscape作图，边和节点的颜色设置

Step1:导入数据。数据至少有三行

其中第列行和第二列为基因名称（SNP名称），第三列为权重。在同一行中表示第一列和第二列相互作用，而且权值为第三列的数据，如下图，第一列选source 第二列选target，第三列选edge attribute。

step2：导入进来后自动画出图如下

step3：将上图进行美化

style选项卡里选择自己虚幻的样式

step4：改变节点大小作为权重，节点的连通度越高，节点越大

（1）首先，计算节点的连通度：Tools--Network Analyzer---Network Analysis--Analyze Network---treat the network as undirected

我们只保存name和degree这两列

将这两行内容复制到EXCEL中，EXCEL中选中第一列，选择数据--删除重复项

将此表格导入cytoscape,

Tools--Network Analyzer---Network Analysis-----Generate Style from Statistics

可进行如下设置：值越小点越小，值越小边越细

到此为止，观察可见，连通度越大则点越大

（2）点击上方的view---show graphic details;则可显示节点的标签

（3）将节点调整成我们想要的颜色

column选择Degree，Mapping Type选择Continuous Mapping，点击剪头所指的地方即可重新设置颜色

点击左边剪头所指的下指剪头即可调整颜色

如图所示，即可将节点的颜色调整好

step5：调整边，不同颜色表示的权重不同

进行如图所示的设置

如图，我们将节点和边的大小和颜色设置好了

step6：对个别顶点进行设置：

点击图中将要设置的顶点即选中，按住shift键连续点击即可选择多个顶点。

点击style选项卡中剪头根部的地方，即可对选中的节点重新设置颜色。

最终结果如下图所示：