RDKit | 计算化合物描述符

描述符

Descriptor：通过量化部分结构特征和物理化学性质来表达化合物的化学特征。

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导入库

import rdkit
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors
from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors

载入数据

suppl = Chem.SDMolSupplier('minidatabase.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]

定义描述符列表

descs = [desc_name[0] for desc_name in Descriptors._descList]

化合物数目

print(len(mols))

描述符数目