RDKit | RDKit中的药效团特征

提取与蛋白质可能残基相互作用的配体结构的（空间和电子）特征，

1. 功能组类型
2. 相对位置

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RDKit中药效团的特征

 

创建特征

将FDef文件中的信息用于药效团识别

导入库

import os
from rdkit import RDConfig
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit import Chem

载入FDef文件

fdef = AllChem.BuildFeatureFactory(os.path.join(RDConfig.RDDataDir,'BaseFeatures.fdef'))
print(fdef.GetNumFeatureDefs())

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功能族

功能和特性的家族为一个更广义的分类