RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSD

Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)点击打开链接

 

有时我们需要计算两个（或更多）分子之间的RMSD，可以用来判断两个构象的接近程度。

RDKit一款免费开源的化学信息学与机器学习软件，提供了C++和Python的API，利用其Python脚本很容易计算多个分子或构象之间的RMSD。

 

软硬件环境

系统：CentOS 7.3（64位）

软件：RDKit Python2.7

 

RDKit的RMSD计算脚本

 

#!/usr/bin/python
'''
calculates RMSD differences between all structures in a file

@author: JP 
'''
import os
import getopt
import sys

#