RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学

 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学

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导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit.Chem import rdDepictor
rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from IPython.display import SVG
import rdkit
print(rdkit.__version__)

载入数据

diclofenac = Chem.MolFromSmiles('O=C(O)Cc1ccccc1Nc1c(Cl)cccc1Cl')

绘制分子

d2d = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(350,300)
d2d.DrawMolecule(diclofenac)
d2d.FinishDrawing()
SVG(d2d.GetDrawingText())

绘制带有原子索引的分子