RDKit | RDKit（2019.09）新增相似性图函数

RDKit（2019.09）新增相似性图函数

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
from IPython.display import SVG
import numpy as np
import rdkit
print(rdkit.__version__)

2020.03.1

绘制分子

atorvastatin = Chem.MolFromSmiles('O=C(O)C[C@H](O)C[C@H](O)CCn2c(c(c(c2c1ccc(F)cc1)c3ccccc3)C(=O)Nc4ccccc4)C(C)C')
rosuvastatin = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)\C=C\c1c(C(C)C)nc(N(C)S(=O)(=O)C)nc1c2ccc(F)cc2')
Draw.MolsToGridImage((atorvastatin,rosuvastatin))

基于Morgan指纹的相似图

d = Draw.MolDraw2DSVG(400, 400)
_, maxWeight = SimilarityMaps.Ge