RDKit | 基于RDKit绘制黑白颜色的分子

基于RDKit绘制黑白颜色的分子

 

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导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
import rdkit
rdkit.__version__

2020.03.1

载入数据

ms = [Chem.MolFromSmiles(x) for x in ('Cc1onc(-c2ccccc2)c1C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[C@@H](C(=O)O)C(C)(C)S[C@H]12','CC1(C)SC2C(NC(=O)Cc3ccccc3)C(=O)N2C1C(=O)O.[Na]')]

绘制分子（默认颜色）

Draw.MolsToGridImage(ms)

绘制分子（黑白颜色）

IPythonConsole.drawOptions.useBWAtomPalette()
Draw.MolsToGridImage(