RDKit：化合物亚结构（Substructure）搜索（基于Python3）

 

代码示例：

#导入依赖包
#!/usr/bin/python3

from rdkit.Chem import AllChem as ch
from rdkit.Chem import Draw as d

#载入分子库

suppl = ch.SDMolSupplier('drugbank.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
print (len(mols)) #获取分子数目

#载入substructure结构

pattern = ch.MolFromSmarts('[CX3](=O)[OX2H1]')

#亚结构匹配

matching_molecules = [m for m in mols if m.HasSubstructMatch(pattern)]
print (len(matching_molecules)) #统计匹配分子数目

#输出匹配的前十个分子

result = [m for m in matching_molecules[:10]]
map(ch.Compute2DCoords, result)
img = d.MolsToGridImage(result, kekulize=False, subImgSize=(400,400),
                        legends=[mol.GetProp("GENERIC_NAME") for mol in result]