对于chemshell的学习

下一步应该就开始学习chemshell了。今天记录一下了解：

chemshell相当于一个平台。
QM/MM的计算是对QM区域和MM区域同时进行计算的，DL-POLY和高斯之间可能没有给对方留接口，意思就是你想用高斯算QM，想用DL-POLY算MM是行不通的，也就是说DL-POLY和高斯不能同时使用，不能同时对QM/MM进行计算。这个时候，chemshell的出现，解决了这个问题。chemshell作为一个平台，对高斯有接口（可以调用高斯），对DL-POLY也有接口，在计算QM/MM的时候，chemshell会同时调用高斯来对QM进行计算，以及调用DL-POLY对MM进行计算。

 

Tutorial的chemshell官方网站：

http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/chemshell/manual/

http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/chemshell/tutorial/

 

好像似乎有点难度。后续再记录。

说说最近做的一些事：

solvation这一步需要做五次，加水、跑平衡、加水、跑平衡。。。。每次加水是越加越少的。不知道为什么，不过我觉得这是很科学的。虽然文件一样，但是之后也是不断优化不断加水吧。

最后一个平衡就用于加离子（neutralizing），使之中性化。加离子时需要用到一个addions.str的文件，需要读取。加完之后离子就在表面。

离子加完之后就需要跑一个优化，也要加热300k，然后再做一个中心原子外30A的优化，选定好QM区域。