R-可视化(九):简单热图

  • 创建数据
test = scale(mtcars[,3:7])
  • 绘制热图
pheatmap(test)

R-可视化(九):简单热图_第1张图片

  • 修改颜色
pheatmap(test, color = colorRampPalette(c("#00AFBB", "#FC4E07", "#E7B800"))(50))

R-可视化(九):简单热图_第2张图片

  • 取消行列聚类
pheatmap(test, cluster_row = FALSE, cluster_cols = FALSE)

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  • 取消图例
pheatmap(test, legend = FALSE)

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  • 显示文本
pheatmap(test, display_numbers = TRUE)

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data = matrix(ifelse(test > 0.5, "*", ""),nrow = nrow(test))
pheatmap(test, display_numbers = data)

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  • 行列注释
annotation_col = data.frame(
  group_1 =  c('KK','KK','JJ','JJ','JJ'), 
  group_2 = 1:5
)
rownames(annotation_col) = colnames(test)
annotation_row = data.frame(
  vs = factor(mtcars$vs)
)
rownames(annotation_row) = rownames(test)
pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, annotation_legend = FALSE)
pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row)

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  • 改变列名文本角度
pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row, angle_col = "45")

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  • Gaps in heatmaps
pheatmap(test,annotation_col = annotation_col,cluster_rows = FALSE,gaps_row = c(10, 14))

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