利用Python绘制韦恩图

写在前面

 

上一篇文章VCF文件的正确打开方式 介绍了如何利用python模块处理VCF文件，当时为什么要写这篇文章呢？主要是因为工作中需要比较两个VCF文件的共有和特有的突变位点，必然要做的事情就是VCF文件的解析，所以才有了上一篇文章。现在比较结果出来了，结果是一个表格，WTF，表格，也太low了吧，最主要是不直观啊！所以决定继续完善脚本，将输出的结果顺便画个图，直观明了。

 

懂你，就给你想要的

 

你想要的当然是代码咯！

代码之两组数据：

码之三组数据：

 

结果示例图

 

 

授之以渔不如授之以渔

 

古人云，授之以鱼不如授之以渔。代码虽然很简单，我们还是有必要深入说一下具体的做法。

 

python画图我们首先想到的是matplotlib库，强大的画图库，python当然也有很多其他的画图库，但大部分都是依赖matplotlib的。然而，matplotlib库本身并不能绘制VENN图，需要借助第三方库---matplotlib_venn，当然matplotlib_venn库也是依赖matplotlib库的。我们分别利用matplotlib_venn库的venn2和venn3函数来绘制两组数据和三组数据的VENN图。venn2和venn3的用法几乎一样，下面我们以venn2为例说一说韦恩图是怎么画出来的。

 

venn2(subsets,set_labels=('A','B'),set_colors=('r','g'),alpha=0.4,normalize_to=1.0,ax=None,subset_label_formatter=None)

 

venn2主要有以上几个参数，但最常用的是前三个：

1. subsets：也是必须的参数，即绘图所需的数据集，subsets接受三种格式的输入数据：

    1.1 一个list，包含两个set元素，set中包含两个数据集集体的数据，即上述代码使用的方法；

    1.2 一个三个key字典，{'10': 1, '01': 1, '11': 2}，key是两个字符的二进制编码方式，所以三个key必须是“10”，“01”和“11”，value分别代表对应区域的大小；

    1.3 一个包含三个数字的list，三个数字分别代表图形三部分的大小。

推荐用第一种方法，给原始数据即可，不需要计算数据集的大小。

 

2. set_labels

    设置数据的标签，即图形中两组数据的名称

 

3. set_colors

    设置图形的颜色

 

以上就是matplotlib_venn库的venn2模块的简单介绍。到此重点讲完，下面说几点细节：

1. 图形加Title，图片设置大小等功能是由matplotlib库实现的而不是matplotlib_venn本身。

2. 实际工作中，我们往往希望把画出来的图片保存成文件，而不是直接展示出来，这是plt.show()就不合适了，需要改成plt.savefig('test.png')才行(test.png为要输出的图片名)。

3. matplotlib_venn库只能实现两组或者三组数据的韦恩图的绘制，更多数据集暂时不支持（此处，尴尬而不失优雅的微笑）。

 

                                                                                              欢迎关注