生信初步|PyRosetta蛋白质多肽链折叠

学习资料

1. 教程（需要）：
   http://www.pyrosetta.org/tutorials ，
   http://www.meilerlab.org/index.php/jobs/resources
2. 值得参考的博客博主：https://www.jianshu.com/u/e0610017c276
3. 在线计算平台：
   Robetta（多肽数>27） http://robetta.bakerlab.org/
   新Robetta平台 http://new.robetta.org/
   I-TASSER server http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/

PyRosetta在linux下的安装

#解压注意要提前安装bzip2的解压文件
tar -vjxf PyRosetta-.tar.bz2.

# 创建安装文件夹并进入
cd PyRosetta4

#source
source SetPyRosettaEnvironment.sh
#或者在.bashrc中自定义安装路径
source /your/path/to/PyRosetta/SetPyRosettaEnvironment.sh

#安装
cd setup && sudo python setup.py install 

PyRosetta进行多肽链折叠计算

from pyrosetta import *
init()

##创建原始蛋白质AA序列：PVEIFGNLQ
pose = pose_from_sequence(PVEIFGNLQ)
##pymol查看
from pyrosetta import PyMOLMover
pmm = PyMOLMover()
pmm.apply(pose)

##蒙特卡洛算法随机初始状态
random.randint() 
random.gauss()#如果没有则下载random包
pmm.apply(pose)#更新pymol文件
...未完待续
翻译自https://graylab.jhu.edu/pyrosetta/downloads/documentation/pyrosetta4_online_format/PyRosetta4_Workshop2_PyRosetta.pdf