#可视化#Pymol 选择速查手册

此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结，完全的内容可以查看PymolWiki。

pymol.png

原子选择的命名

#表达式
select selection-name,selection-expression

#例子
select bb,name c+o+n+ca    #创建名称“bb”的原子，包括“C”，“O”，“N”或者“CA”的原子
color red, bb   #给bb赋予红色
hide lines, bb  #隐藏线状representation
show sticks, bb  #棒状展示
zoom bb   #聚焦bb

单字母选择

--单字母--	--短选择--	--描述--
all	*	PyMOL中加载全原子
none	none	啥也不选
hydro	h.	所有氢原子，足以后面有.
hetatm	het	加载HETATM标签
visible	v.	选择所有可见的原子
polymer	pol.	聚合物
backbone	bb.	骨架原子
sidechain	sc.	侧链原子
center		居中
origin		旋转
orgainic	org.	所有非聚合的有机化合物（如:配体，buffers等等）
inorganic		非有机分析
metals		金属离子（PyMOL1.6.1以上）
solvent		溶剂分析，包括HOH，WAT，H2O，TIP，SOL

#示例

color blue, all   #所有颜色标记为blue
color blue, *

hide hydro    #所有氢原子都隐藏
hide h.

show spheres, hetatom   #所有定义为HETATOMS的原子
show spheres, het

特征选择

--匹配参数选择--	--短字符--	--例子和解释--
symbol	e.	一到两个化学特征字符select polar,symbol O+N
name	n.	最高4个字符的蛋白或者核酸原子select carbons,name CA+CB+CG+CD
resn	r.	残基名select aas, resn ASP+GLU+ASN 核酸名select bases,resn A+G
resi	i.	残基编号select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10
alt	alt	alternate-conformation-identifier-list select altconf,alt A+""
chain	c.	选择相应的链select firstch,chain A
segi	s.	选择片段特征select ligand,segi lig
flag	f.	从0到31的单整数select f1,flag 0
numeric_type	nt.	单个整数select typel, nt. 5
text_type	tt.	type-stringselect subset,text_type HA+HC
id	id	单整数外部索引select idno,id 23
index	idx.	单整数内部索引select intid,index 11
ss	ss	二级结构select allstrs,ss H+S+L+""

数字选择表

--数字选择--	--短字符--	--参数和例子--
b	b	beta因子select fuzzy,b>10
q	q	占有率值select lowcharges,q>0.50
formal_charge	fc.	形成电荷值select doubles,fc.=-1
partial_charge	pc.	部分电荷值select hicharges,pc.>1

# 例子
select nterm,resi 1+2+3
select nterm,resi 1-3
select unstruct,ss " "

选择操作和修饰表格

--操作--	--短字符--	--影响--
not s1	!s1	不包括select sidechains,!bb
s1 and s2	s1&s2	选择既在s1又在s2中的原子select far_bb,bb&farfrm_ten
s1 or s2	s1|s2	选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和 s2原子）select all_prot,bb|sidechain
s1 in s2		选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中对应的原子select same_atms,pept in prot
s1 like s2	s1 |.s2	选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi) 符合s2中对应的原子select similar_atms,pept like prot
s1 gap X		选择那些原子，其van der Waals半径至少和s1的 van der Waals半径相差Xselect farfrm_ten,resi 10 gap 5
s1 around X	s1 a.X	选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所 有原子 select near_ten,resi 10 around 5
s1 expand	s1 x.X	选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1 扩展至该新的范围所包含的所有原子 select near_ten_x,near_ten expand 3
s1 within X of s2	s1 w.X of s2	选择以s2为中心，X为半径，并包含在s1中的原子 select bbnearten,bb w. 4 of resi 10
byres s1	br. s1	扩展完整的分子select complete_mol, bm. bbnear10
bymolecule s1	bm.s1	故名思义，下同
byfragment s1	bf. s1	select complete_frag, bf. bbnear10
bysegment s1	bs. s1	select complete_seg, bs. bbnear10
byobject s1	bo. s1	把选择扩展到全部object select near_obj, bo. near_res
bycell s1
byring s1		1.8.2新功能select rings,byring (all)
neighbor s1	nbr. s1	选择直接和s1相连的原子.select vicinos,neighbor resi 10
bound_to s1	bto. s1
s1 extend X	s1 xt. X	selecr connect_x,near10 extend 3
pepseq SEQ	ps. SEQ	select 1tvn and ps. FATEW
rep rep		select sele,rep spheres

大量快速选择

select pept and segi lig and chain b and resi 142 and name ca

可以压缩成如下格式:

select /pept/lig/b/142/ca

更多原创精彩视频敬请关注生信杂谈: