2019-06-03-物种树构建的软件consense的Linux版本使用简介

[软件原文地址：file:///C:/Users/ds0007/Desktop/consense.html]

consense简介

consense 是属于phylip软件的一个子程序，用于支持基因树构建物种树。consense读取文件中的树的集合并输出一颗consensus tree。包括了strict consensus （严格共识）和majority rule consensus （多数共识）。输出的树上每个叉都有一个数字，比如我们读了15棵树，然后在某一叉上显示的数字是15 ，代表这个物种在每一棵树中都存在。strict consensus 是指物种在genetree中出现的概率是100%。
the majority rule consensus tree 包括的物种是在genetree中出现超过50%的物种。或分类单位OTU。所以出现概率在50%-100%的物种都被使用。所以选择物种的gene时候，不要选择哪些只有35%的gene的物种，否则这些物种就不会出现在你的物种树上。

input ，output，和options

input是tree file（默认识别intree）包含了一系列的newick格式的genetree。每一行有一颗树，每棵树可以有weight。参数的列表如下

image.png

options C

C（consensus method）：包括4种建树的方法。默认的是extended majority rule method （eMRC）方法。每一次输入C都换改变我们的选项，比如我们想要第四种consensus method 我们就键入3次C就可以了。
strict ：输入的物种必须出现在all input trees中，那么才会出现species 中。
majority rule （extend）：出现在input trees 中超过50%，剩余的species如果与后面的补充图，也会被放进物种树中。（The program then considers the other sets of species in order of the frequency with which they have appeared, adding to the consensus tree any which are compatible with it until the tree is fully resolved. This is the default setting. ）原文，不是很懂。
M1：可以自己设置物种出现所占genetrees 的比例0.5-1之间就可以，strict consensus 和majority 分别是两种极端的情况。可以自己设置。
majority rule ：物种将会出现在consensus tree中如果在genetrees中出现的概率是大于50%的。

options R

R（rooted）：系统默认输入的树是无根的树，R用于改变默认的参数。否则树将会被重新定根，将第一颗树上的第一出现的物种作为外群定根。

options O

O：外群定根的选项，只有选择R无效才会生效。就是如果选择R参数，这参数就会消失，（Linux系统下，consense软件是交互式运行的）。如果我们想选择的物种是从左到右的第3 个，就输入3就好了。

输出是species 的列表（顺序是他们出现的第一颗树中的顺序），出现在consensus tree 中的列表。

consensus tree 的branch length

不是传统意义上的branch length。而是每一个物种出现在input trees中的次数？？不是非常懂。
（就是如果想要正确的分支长度，需要寻找其他的方法）