三代测序数据超快组装软件--大牛Li heng 力作

三代测序数据超快组装软件--大牛Li heng 力作

 (2017-06-19 16:53:46)

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分类： 三代

1：软件链接：https://github.com/lh3/miniasm

 

2：文章链接：https://arxiv.org/pdf/1512.01801.pdf

 

3：组装软件miniasm，还需要用到比对软件Minimap

4：输出格式为gfa格式，在网上搜一下该格式可以直接转换为序列文件就是组装结果

5：咱们知道三代数据一般需要consensus步骤，因此这里推荐racon，文章链接：http://genome.cshlp.org/content/early/2017/01/18/gr.214270.116

6：使用帮助：

https://github.com/isovic/racon

7：软件确实组装快但是效果怎么样确实不敢说，测试中。

8:另外racon除了可以对组装结果进行consensus意外，还可以用于对初始三代测序的矫正。另外对于三代测序的矫正还有Sparc，但是针对于大基因组而言，Miniasm+Sparc比较慢。

 

参考文献：

Vaser R, Sović I, Nagarajan N, et al. Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads[J]. Genome research, 2017, 27(5): 737-746.

Li H. Minimap and miniasm: fast mapping and de novo assembly for noisy long sequences[J]. Bioinformatics, 2016: btw152.