华山分手之后，郭襄禀明父母，遍游天下，寻找杨过，在终南山古墓中寻人不获，古墓中出来几个侍女说神雕大侠夫妇外出未归，郭襄在古墓里等了三天还没消息，然后自南而北游历。
接着是何足道与少林觉远事件，荒山之中，郭襄，张君宝，无色禅师夜听觉远颂九阳真经。
神雕与倚天之间的故事开始了：襄阳大战后十三年，蒙古开始重新进攻南宋，襄阳城首当其冲，是年郭襄与郭破虏二十九岁，蒙古养精蓄锐十数年，自然来势汹汹，攻城野战，骑兵火炮轮番上阵，郭靖黄蓉坚守抗敌。
此时，东邪西毒南帝北丐老顽童都已做古，黄药师数年之前心伤弟子之死，修改了九阴白骨爪，并把秘籍送到黄蓉手上。杨过虽避而不见郭襄，但仍关心小妹子武功，托人将玄铁剑送至襄阳，告知此剑为练剑神器，让她好生琢磨，终可使剑法名扬天下。
蒙古攻打襄阳其时郭襄正在西川游历，因此是郭破虏与武氏兄弟辅佐郭靖守城，耶律齐率领丐帮弟子和武林的一些热血人士守护着郭大侠这面旗帜。
元军势大，终不可守，城破之前，郭靖黄蓉把杨过留赠给郭襄的玄铁剑铸成屠龙刀，君子剑与淑女剑铸成倚天剑，又花两月心力纂写九阴真经与兵法，让人埋于桃花岛的洞内，接着在屠龙刀与倚天剑内放置桃花岛武藏的地图铁片。黄蓉命人在武林之中传播“宝刀屠龙，号令天下，倚天不出，谁与争锋”的口号。自王重阳华山论剑夺得九阴真经之后，江湖中已甚久无宝物出现，学武之人一定热衷武藏，号令天下的宝物岂同泛泛。
襄阳城破，郭靖奋勇杀敌，或许是战至体力不济倒下的，寡不敌众的南宋豪杰也阵亡甚多，黄蓉会在郭靖身边自杀。但是之前会安排郭破虏突围，毕竟郭家的唯一男丁，可惜他武功有限，郭破虏于千军万马之中或许被元军高手击毙或者被乱箭射死，屠龙刀成为战利品。耶律齐在上一次襄阳大战中已经表明他不怕战死，但是以郭靖黄蓉的高瞻远瞩，身为丐帮帮主的耶律齐关系重大，不可轻易战死，日后南宋抗敌还需要他重整旗帜。耶律齐学全了降龙十八掌，以他此时五十岁左右的年纪，武功要突围自然不难。
耶律齐没有殉国的证据是日后倚天中降龙十八掌的出现。襄阳大战之前，耶律齐整顿丐帮帮务，当了十三年帮主，虽然可能提携了某些可造之材，但是他方当盛年，不可能选定新帮主，降龙十八掌与打狗棒法为丐帮帮主两大奇功，不是那么好教，那么好学，襄阳突围之后，耶律齐感于年岁已增，南宋摇摇欲坠，才树立传人。
武修文与朱子柳之子逃往西域昆仑山，创立朱武连环庄。武修文到武青婴是传了五代。杨过与武修文年纪相当，到黄衫这一代应该是传了四代。古墓中的驻颜功效只限于小龙女一人，因为她师父从小教她无情无欲，加上古墓派武功才有此功效，杨姐姐谈笑风生显然遗传了杨过的个性，黄衫女子，武青婴，朱九真，卫壁，宋青书应该都是年纪相当的人，都比张无忌大几岁。
郭襄听闻襄阳战事吃紧，急忙从西川归来，可惜赶回来的时候，襄阳已经攻破，父母殉国。蒙古人敬仰英雄，厚葬郭靖夫妇。郭襄悲痛交集，只能从丐帮那里打听姐姐与姐夫的消息。郭襄接着又在江湖上游历了十一年。这期间自然是一边勤练武功，一边帮助义师抗击蒙古。
杨过深居终南山，自然不清楚俗世之事，黄蓉于城战之际，也不可能想到托孤于杨过，毕竟她也清楚杨过是以情为重之人，小龙女重于一切。所以日后联络杨过的，自然是耶律齐，他少年之时曾经到过古墓，轻车熟路，如今五十岁的耶律齐与五十岁的杨过自然在终南山有一番长谈，也许托孤丐帮于杨过，也许把他的女儿托付给杨过，也许日后的黄衫女子便是杨过儿子与耶律齐女儿的后人。黄衫女子的侍女是会弹琴又会洞箫的，小龙女只会弹琴，杨过是不会乐器的，耶律齐的女儿家学渊源，洞箫自然是东邪拿手的。还有黄药师是会写乐谱的，黄衫女子家的音乐盛会是需要个会写谱的人组织。
何足道回西域了，苦练武功，后来收罗门墙，光大昆仑派。
三分九阳，郭襄四十岁在峨嵋出家，钻研一套体系的武功之后才收弟子，峨嵋派出现。张君宝在武当修行十余年，遍游天下，开始成名，后改名张三丰，中年时扫荡群魔，到六十岁时才开始收徒。无色禅师光大少林，一跃成为入元以来第一大派。
襄阳大战后数年，南宋灭亡。抗元运动此起彼伏，明教开始崛起，郭襄五十三岁，张三丰五十岁那年，明教开始与丐帮大战，明教的石教主不敌丐帮高手，圣火令被丐帮之人夺走，日后为到中原的波斯商贾买走。石教主传位于衣教主。
郭襄四十岁创立峨嵋之后，江湖上的年轻人材除了比她小三岁的张君宝，崆峒派创立七伤拳的木灵子，就是此时比他们小二十岁左右的阳顶天，百损道人（玄冥二老的师父），少林三渡成长起来了。
郭襄出家的原因，一是二十年来寻杨过无获，难破情关，二来父母殉国，南宋接着也灭亡了，也许此时耶律齐郭芙夫妇也已做古。郭襄收了一个女弟子，为纪念遇到杨过，取名风陵。日后郭襄遍寻屠龙刀下落。
郭襄五十八岁，张三丰五十五岁，在中原活动的阳顶天以大九天手打伤小昭的爷爷韩老英雄，二十余年后，小昭的父亲韩千叶赴光明顶报仇。
郭襄六十二岁，张三丰五十九岁，二十五岁的成昆收十岁的谢逊为徒，谢逊在初到冰火岛之时为四十一岁，比九十岁的张三丰小了四十九岁。成昆比张三丰小三十四岁。
郭襄六十三岁，张三丰六十岁在武当山收徒，十一岁的宋远桥拜入门下。
郭襄六十五岁，张三丰六十三岁，新任明教教主阳顶天迎娶成昆师妹，二十八岁的成昆怀恨参加喜宴，成昆师妹是年二十五岁，比阳顶天小二十岁。
郭襄七十三岁圆寂，传位与风凌师太，告诉屠龙刀秘密并嘱咐寻找屠龙刀。张三丰七十岁，听闻或者见闻百损道人死去，以为玄冥神掌失传。
两年后，张三丰七十二岁，二十三岁的谢逊出师，前往西域，受封明教护教法王，是为金毛狮王。同年，十岁的方姑娘拜入风陵师太门下，就是日后的灭绝师太。
张三丰七十六岁，五十几岁的渡厄挑战五十几岁的阳顶天，渡厄战败，被打瞎一只眼。回少林拉两个师弟闭关。阳顶天武功是为仅次张三丰的天下第二高手，阳顶天干吗不挑战张三丰呢？一来武当还不成气候，二来张三丰是修道之人，比较低调。阳顶天其绝招是大九天手，威力无比，至于他日后只练到乾坤大挪移第四重，并不能说明他武功水平，乾坤大挪移与一般武功练法是不同的，阳顶天应该是凭借大九天手扬名武林的。他在世时，任何门派包括世仇丐帮都不敢轻易来招惹。阳顶天失踪时，范遥还疑心是否丐帮之人下手，擒获几个高手拷问。
张三丰七十六岁，黛绮丝从波斯来到明教光明顶，受封紫衫龙王，韩千叶来光明顶找阳顶天，接着小昭父母成婚。
张三丰七十七岁，成昆与师妹在明教秘道约会，气死阳顶天。成昆发誓要歼灭明教。此时明教分裂。黛绮丝想入明教秘道寻找乾坤大挪移受阻而破教而出。十五岁的灭绝被风凌师太决定立为新掌门，开始传授峨嵋九阳功。
二十八岁的谢逊回到中原，成昆来访，发生成昆师徒反目成仇事件。
张三丰八十岁，宋远桥出师，为庆祝师傅生日，救了一个跳井的妇人。谢逊遍访名师，苦练三年武功，找成昆报仇不敌。殷天正在江南创立天鹰教。二十五岁的杨逍与峨嵋的孤鸿子比武，夺取倚天剑又扔下，气死孤鸿子。倚天剑落入元朝官府中。十八岁的方姑娘心伤师兄之死，出家为尼，改名灭绝师太，开始仇恨明教。
张三丰八十一岁，谢逊夺取七伤拳拳谱，开始武林腥风血雨的逼成昆现身行动。成昆拜空见为师，改名圆真。
张三丰八十五岁，谢逊在洛阳遇见出手惩治恶霸的宋远桥，伺机偷袭，然而却遇见空见接着空见神僧为谢逊打死。范遥为寻阳顶天来到大都，发现成昆与玄冥二老酒楼相聚，日后偷袭成昆未果，远赴花拉子莫，成为苦头陀，日后进入汝阳王府。风陵师太去世，传位于灭绝师太。并嘱咐寻访屠龙刀，告诉其中秘密，要其光大峨嵋。二十三岁的掌门灭绝师太开始寻访杨逍下落，为师兄报仇，并于汝阳王府取回倚天剑。
张三丰八十八岁，丐帮帮主金银掌史火龙因苦练降龙十八掌，内力不济伤身，而携妻遍访深山寻找灵药。史火龙极有可能是神雕侠侣中的狮虎山庄的史氏兄弟后人，与神雕后人保持着联系，深山采药到了终南山，顺便拜访一下。其时，黄衫女子杨姐姐可能刚出生。张无忌遇见黄衫的时候，新修版是写二十六七岁，张无忌生于张三丰九十一岁，到丐帮遇见黄衫的时候，张无忌是为二十三岁，黄衫比张无忌大三四岁。倚天里有一个细节，史夫人找到神雕后人的时候，黄衫女子并不识得打狗棒，所以问了史夫人很多话，还拿了打狗棒去了好一会，显然是问她的长辈。
张三丰九十岁，倚天屠龙记开始。