ubuntu下安装NetCDF之HDF4/HDF5对NetCDF的支持

零、小序

最近要把windows写的NetCDF代码转移到linux下使用，发现linux下和windows下NetCDF的使用差别还是很大的，需要配置的东西挺多的。由于自己之前没有接触过NetCDF，许多资料与知识都是从官方网站上一点一点看的。同样的代码解析同样的文件在windows下可以解析，在linux下竟然不识别文件，最后看了官网才知道是NC文件还分好几种数据集格式。本篇文章主要讲解HDF4/HDF5对NetCDF的支持。

一、环境

ubuntu14.4下面安装和使用

二、HDF5对NetCDF的支持步骤

1、需要下载的文件
netcdf4.5、HDF5 1.8.9、zlib 1.2.5、curl 7.18.0版本不能低于这几个文件的版本，我使用的文件版本是netcdf4.5、hdf-1.10、zlib1.2.11、curl-7.57。
netcdf下载地址：https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/index.jsp
HDF5下载地址：https://www.hdfgroup.org/downloads/
zlib下载地址：http://www.zlib.net/
curl下载地址：https://curl.haxx.se/download.html
文件格式截图如下：

下载时需要主要要下载源码。

2、使用tar -zxvf +文件解压所有的文件。

3、进入zlib的解压目录，编译安装zlib，输入下面的指令：

$ZDIR=/usr/local/
$sudo ./configure --prefix=${ZDIR}
$sudo make check 
//make check检测环境是否满足安装的要求，如果检测有错误，注意查看是否是你必须的，有些错误不用管，下同。
$sudo make install 

4、进入curl的解压目录，编译安装curl，输入下面的指令：
$CURLDIR=/usr/local/
$ sudo ./configure --prefix=${CURLDIR}
$sudo make check
$sudo make install 

5、进入HDF5的解压目录，编译安装HDF5，输入下面的指令：
$H5DIR=/usr/local/
$ sudo ./configure --with-zlib=${ZDIR} --prefix=${H5DIR} 
//此处官网后面加了--eanble-hl，我的编译不过，去掉就可以啦，没有发现什么影响
$sudo make check
$sudo make install 

6、进入NetCDF的解压目录，编译安装NetCDF，输入下面的指令：
$NCDIR=/usr/local/
$ sudo CPPFLAGS=-I${H5DIR}/include LDFLAGS=-L${H5DIR}/lib ./configure --prefix=${NCDIR}
$sudo make check
$sudo make install 
这一步可能会出现undefined reference to `curl_easy_init'错误，解决办法：makefile 中加入   LIBS+=-lcurl
至此NetCDF就安装好啦，并且也支持HDF5啦。

三、HDF4对NetCDF的支持步骤

1、需要下载的文件：HDF-4.2、libjpeg-6b，截止到本文下载的都是官方最新的。
hdf4下载地址：https://support.hdfgroup.org/products/hdf4/
libjpeg-6b下载地址：http://www.linuxfromscratch.org/blfs/view/6.3/general/libjpeg.html
文件格式截图：

下载时需要主要要下载源码。
2、使用tar -zxvf +文件解压所有的文件。

3、进入NetCDF文件目录，编译安装HDF4。
$sudo ./configure --enable-shared --disable-netcdf --disable-fortran --prefix=${H4DIR}
$sudo make check
$sudo make install

4、编译安装HDF4对NetCDF4的支持，命令如下：
$sudo CPPFLAGS="-I${H5DIR}/include -I${H4DIR}/include"  LDFLAGS="-L${H5DIR}/lib -L${H4DIR}/lib" ./configure --enable-hdf4 --enable-hdf4-file-tests --disable-fortran
$sudo make check
$sudo make install
这一步安装上可能就没有那么顺利啦，会出现很多的问题，问题和解决办法总结如下：
1》、出现错误：cannot compile a simple Fortran program 安装时可以忽略，上面指令中已经忽略啦，加红部分。
2》、出现错误：cannot find yacc utility 安装sudo apt-get install byacc。
3》、出现错误：cannot find lex utility 安装sudo apt-get install flex。
4》、出现错误：couldn't find jpeg library 缺少库libjpeg-6b，之前下载好的在这个地方用到了。
安装方法，进入libjpeg解压目录执行下面命令，可能会出现5》的问题，解决办法看5》：
xxx/jpeg-6b$ sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --enable-shared && make
xxx/jpeg-6b$ sudo make install
5》、make: ./libtool: Command not found  安装sudo apt-get install libtool
拷贝下面的连个文件到libjpeg解压目录下，注意下面指令后面的点（点指的是当前目录即libjpeg所在目录
）：
cp /usr/share/libtool/config/config.sub .
cp /usr/share/libtool/config/config.guess .
xxx/jpeg-6b$ make clean
xxx/jpeg-6b$ sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --enable-shared && make
xxx/jpeg-6b$ sudo make install

这一步还可能出现6》的问题，解决办法看6》。
6》、./ncgen: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory
解决方案：http://blog.csdn.net/dumeifang/article/details/2963223 || http://blog.csdn.net/david_xtd/article/details/7625626/
我的指令如下：
/etc/ld.so.conf.d$ sudo vi libjpeg.conf 
/etc/ld.so.conf.d$ sudo chmod u+rwx libjpeg.conf
文件中加入：/usr/local/lib并保存
运行/etc/ld.so.conf.d$ sudo ldconfig刷新

5、当你看到下面的下面的信息时，说明HDF4对NetCDF4支持成功啦，截图：

说明：上面是我遇到的问题和解决办法，可能每个人遇到的问题会不一样，耐下心总有办法解决的。
文中用到的文件资源下载地址：http://download.csdn.net/download/toby54king/10189850。